Після смерті останнього представника роду – воєводи трокського Станіслава Гаштольта (у 1542 р.), Сигізмунд Август від посадовців канцелярії офіційно перейняв майно, що належало роду Гаштольтів. Від матері Станіслава, дружини воєводи віленського Зоф'ї Гаштольтівої разом з маєтками чоловіка і його майном були отримані "привілеї і записи королівські"[14]. Швидше за все, хоча б частина цих привілеїв і записів у тому ж 1542 р. була записана в судну книгу Литовської Метрики: "на [записані реєстри] спомин Гаштольтів, які молодому королю дісталися: перш за все, реєстр доходів і податей володінь пана Гаштольта, там же і реєстр витрат; інший реєстр – пожитків пана Гаштольта; реєстр грамот і привілеїв пана Гаштольта; реєстр купівлі боярських земель; копії грамот Комаровських, Алексєєвих та інших на маєтки їх, які вони у панів Гаштольтів заслужили; реєстр внеску в дім панів Гаштольтів каштеляновичівни віленської". Схоже, що переймаючи в 1542 р. архів Гаштольтвв, Сигізмунд Август одержав приватні документи, які знаходилися в архіві. Можливо, королю дісталася тільки частина архіву покійного воєводи: у 1569-1570 р. останній господар з Ягеллонів стурбовано шукав якісь "реєстри Гаштольтів", не раз просив канцлера знайти їх у пожитках. Ймовірно, йшлося не про приватні грамоти Гаштольта, вони навряд чи знадобилися господарю в 1570 р. – у той час Сигізмунд Август прикладав всі зусилля для того, щоб сейм визнав землі, що належать господарю, династичними, успадкованими, добивався підтримки пізніших виборів господаря. Саме з цими питаннями якимсь чином повинні були бути пов'язані розшукувані "реєстри Гаштольтів". Тому в складеному у Вільні секретарем господарським Матвієм Савицьким 17-го грудня 1569 р. з 19-ти статей перебуваючому в Меморіалі канцлера ВКЛ Миколая Радзивілла Рудого спеціально виділений окремий пункт "Про реєстри Гаштольтів". За вказівкою господаря Радзивілл і підскарбій з "великою ретельністю" шукали в пожитках необхідні документи, але знайти їх їм так і не вдалося, хоч вони і запевняли, що шукатимуть ще раз. 8-го лютого 1570 р. король, відповідаючи на Меморіал Радзивілла, виразив здивування з приводу нерезультативності пошуків, оскільки знав, що документи "були віддані в пожитки"[15], хто і коли їх узяв, так і залишилося неясним. 

Взагалі-то, про нестачу документів, що відносяться до часу, коли Гаштольт виконував обов'язки канцлера, інші канцлери XVI ст. не згадують, і бояри, які шукали потрібні їм копії документів цього періоду, завжди знаходили їх у Метриці. В усякому разі думка Сигізмунда Августа була непохитна – документи державного значення повинні зберігатися тільки в пожитках. У 1547 р. на Віленському сеймі Сигізмунд Август не погодився з вимогою бояр вилучити з пожитків земські привілеї і зберігати їх у іншому місці. І все-таки, цю вимогу короля ігнорував ні хто інший, а канцлер, який згідно своєї посади зобов'язаний був зберігати державні документи. 

Більше всього проблем сучасникам і нащадкам принесла практика двох канцлерів – Чорного і Рудого Миколаїв Радзивіллів. Після закінчення каденції цих двох хранителів печатки дуже часто бояри, знати і навіть господарі скаржилися, що не можуть знайти потрібні документи. Миколай Радзивілл Чорний у грудні 1550 р. одержав посаду канцлера, через декілька місяців – посаду воєводи віленського, і в той же час зберігав посаду земського маршалка. Таким чином, в його руках опинилися основні і найважливіші посади ВКЛ. Крім того, користуючись майже беззастережною довірою Сигізмунда Августа, Радзивілл став головним радником господаря, король повіряв йому свої таємні плани, довіряв найтаємніші і найважливіші місії. Звідси і легендарний привілей 1551 р., важливий для історії Литовської Метрики. Сигізмунд Август начебто на Віленському сеймі дав право Радзивіллу, його брату Яну та їх нащадкам зберігати державний архів ВКЛ в будинках, що належали їм. Хоча факт фальсифікації цього привілею вже достатньо об?рунтований, реальний необмежений вплив Радзивілла на державу зачепив і його відношення до документів канцелярії. Він практично поставив знак рівності між своїм приватним архівом і архівом великого князя. Виконуючи обов'язки канцлера, Радзивілл Чорний у своєму маєтку, швидше за все – Лукишському, починає зберігати публічні документи ВКЛ. Підчас виконання ним посади канцлера з канцелярії могли зникнути багато важливих державних документів. Після смерті Радзивілла в 1565 р. державні документи повинні були бути повернені в пожитки Віленського замку і передані Радзивіллу Рудому, що посів посаду канцлера