У травні 1935 відбулися парламентські вибори, внаслідок яких основні партії урядової коаліції зберегли свої позиції. Аграрії виявилися найсильнішими у правлячій коаліції, хоча і втратили абсолютну першість. У листопаді 1935, зважаючи на домінуюче становище своєї партії у коаліції, аграрії без попереднього узгодження з іншими партнерами замінили главу уряду. Новопризначеним прем'єром став лідер словацького відділення партії М.Годжа (1878-1944). У листопаді 1935 подав у відставку з посади Президента республіки Т.Масарик. Цією ситуацією вирішили скористатися аграрії, щоб провести на посаду глави держави одного із своїх лідерів, або, у випадку невдачі, малопомітну політичну фігуру. Після тривалих міжпартійних дискусій єдиним претендентом на посаду президента виявився Е.Бенеш, міністр закордонних справ в усіх урядах Чехословацької республіки. У грудні 1935 Е.Бенеш, якого підтримала більшість впливових політичних партій, здобув перемогу під час президентських виборів.

Певне місце у внутрішній політиці чехословацького уряду займала українська проблема, зокрема його ставлення щодо етнічних українців Закарпаття (400 тис. чол.) і політичних емігрантів (20 тис. чол.). Чехословацький уряд підтримував насамперед демократичні течії в середовищі еміграції. З допомогою урядових і громадських кіл Ч. та за ініціативою провідних діячів української еміграції в 1920-30-ті роки в республіці були створені й успішно діяли десятки українських наукових установ, навчальних закладів, організацій, об'єднань, зокрема Український вільний університет (перенесений з Відня у 1921,), Український високий педагогічний інститут ім. Драгоманова (з 1923), Українська господарська академія у Подебрадах (1922) , Музей визвольної боротьби України (засн. 1925), Центральний союз українського студентства (1922), Український громадський комітет (1921-25), Український комітет у ЧСР, Чесько-український комітет допомоги українським і білоруським студентам. Прага у міжвоєнні роки стала одним із центрів українського громадського, культурного і наукового життя. Однак з кін. 1920 - поч. 1930 років політика чехословацького уряду щодо української еміграції почала зазнавати істотних змін. Ряд українських організацій та установ втратив урядову підтримку, чимало з них було розпущено. Одна з головних причин цього - посилення самостійницьких течій в українському суспільному середовищі, насамперед на території Закарпаття, що розцінювалося урядовими чиновниками як загроза територіальній цілісності Чехословацької республіки. Проте до 1945 Ч. продовжувала залишатися найактивнішим осередком української еміграції.

Після парламентських і президентських виборів 1935 загострилося національне питання в республіці. У березні 1938 уряд М.Годжі запропонував проект його вирішення. У липні 1938 проект був схвалений під назвою “Національні положення”. Документ містив статті про рівноправність громадян без огляду на їхню національність у всіх сферах суспільно-політичного, економічного і культурного життя. У галузі державного управління Чехословацька республіка поділялась на чотири землі з власними сеймами: Чехія, Моравія та Сілезія, Словаччина, Підкарпатська Русь. Сеймам надавалися законодавчі права в межах даної території. Таке вирішення питання не влаштовувало лідерів Судето-німецької партії на чолі з К.Генлейном, які виношували ідею включення Судетської області до складу Німеччини. У вересні 1938 вони влаштували збройний путч, який був швидко придушений. Однак уряди Англії та Франції в ультимативній формі запропонували Ч. почати з Берліном переговори про передачу Німеччині прикордонних районів, де німці складали більше половини населення, обіцяючи взамін гарантію недоторканності нових кордонів Чехословацької республіки. Дії західних держав викликали у країні загальний політичний страйк, який призвів до зміни уряду. Однак новий уряд зайняв позицію очікування. У таких умовах 28-29.9.1938 у Мюнхені відбулася конференція з участю глав держав Англії, Франції, Німеччини та Італії, на якій без участі чехословацького представника прийнято рішення про розчленування території Чехословацької республіки - Німеччині передавалися західні райони Чехії, Польщі - Тешинська область, а Угорщині - південні райони Словаччини і південна частина Підкарпатської Русі. Таким чином Ч. втратила третину своєї території і населення, більше 40% промисловості, значну частину сировинних і паливних ресурсів, важливі комунікації та потужні оборонні споруди на кордонах. Глибока політична криза, яка охопила країну, призвела до відставки президента. Е.Бенеш на знак протесту проти дій західних держав 5.10.1938 подав у відставку і покинув країну. У серед, листопада 1938 всі чеські політичні партії, крім комуністичної, оголосили про свій саморозпуск. Натомість було створено Партію національної єдності на чолі з лідером аграріїв Р.Бераном. На основі Соціал-демократичної партії створена Національна партія праці, яка перебувала у лояльній опозиції до правлячої Партії національної єдності. 30.11. новим президентом Ч. став Е.Гаха (1872-1945).

У Жиліні всі словацькі партії підписали угоду, за якою визнавали платформу Глінківської Словацької народної партії та поставили вимогу негайного надання Словаччині автономії. З такою ж вимогою виступили українські політичні партії. Центральна влада у Празі змушена була змиритися з фактичним створенням автономних урядів у Словаччині на чолі з Й.Тісо і в Закарпатті на чолі з А.Бродієм. 22.1.1938 празький парламент ухвалив конституційний закон про автономію Карпатської України, після чого Чехословаччина перетворилася на федеративну державу чехів, словаків і карпатських українців. У листопаді 1938 Національні збори затвердили закон “Про автономію