На поч. 1939 словаки поставили перед центральним урядом ряд політичних вимог, що послужило приводом для розпуску 10.3. автономного словацького уряду і запровадження на території Словаччини воєнного стану. У відповідь на ці заходи Праги 14.3. за підтримки Німеччини був скликаний Словацький сейм, який проголосив самостійну і незалежну Словацьку державу. Новостворену державу незабаром визнало 33 країни світу. 15.3.1939 Сейм Карпатської України проголосив повну державну самостійність Карпатської України на чолі з Президентом А.Волошиним (див. Карпатська Україна). У цих умовах керівництво фашистської Німеччини вирішило остаточно покінчити із залишками державності Ч. 15.3.1939 гітлерівські війська зайняли територію Чехії і Моравії, і Чехословацька республіка остаточно припинила своє існування. Карпатську Україну окупували війська хортистської Угорщини. На окупованих чеських землях було утворено формально автономний “Протекторат Богемія і Моравія”, який перебував у складі німецького райху Президентом “протекторату” став Е.Гаха, а головою уряду Р.Беран. Їх влада поширювалася лише на чеське населення, німці ж -вони одержали німецьке громадянство -підпорядковувалися особливим адміністративним органам. З утворенням “протекторату” його економіка повністю працювала на райх. Більшість великих і середніх підприємств були включені до німецьких монополістичних об'єднань, сотні тисяч чехів вивезені на примусові роботи до Німеччини та в захоплені нею країни. Маріонетковий словацький уряд, підписавши у 1939-40 з Німеччиною договори про воєнно-політичний союз (у листопаді 1940 приєднався до Антикомінтернівського пакту) і економічне співробітництво, втягнув Словаччину у війну на боці країн гітлерівського блоку.

Жорстокий окупаційний режим, терор та репресії викликали наростання антифашистських настроїв. Під час розгортання загальнонаціональної боротьби проти окупантів сформувалися два політичних центри та викристалізувалися дві ідейні платформи визвольного руху. Одним з цих центрів був Лондон, де знаходився емігрантський чехословацький уряд Е.Бенеша (ств. 194Q), другим - Москва. де перебувало керівництво Компартії Ч. не чолі з К.Готвальдом. Важливою справою діяльності зарубіжних центрів чехословацького руху Опору стало створення військових частин на території Франції, Англії та СРСР. Московські переговори 1943 між керівництвом Компартії Ч. і президентом Е.Бенешом сприяли істотному зближенню позицій двох основних центрів чехословацького руху Опору, формування широкого антифашистського національного фронту. Проте масові арешти підпільників-антифашистів у чеських землях влітку 1944 зірвали спробу організаційного об'єднання патріотичних сил в еміграції та на батьківщині. У кін. серпня-жовтні 1944 словацькі антифашисти під керівництвом Словацької національної ради підняли повстання проти окупаційного режиму і незабаром визволили бл. ^ території Словаччини. Однак у другій пол. жовтня гітлерівці, стягнувши значні сили, заволоділи основними опорними пунктами повстання.

Наприк. березня 1945 у Москві відбулися переговори між представниками трьох основних політичних сил чеського і словацького руху Опору: президента, уряду в еміграції, Словацької національної ради (вищий керівний орган словацького руху Опору) і чехословацької Компартії. Підчас переговорів було досягнуто політичного компромісу і організаційно оформився Національний фронт чехів і словаків. До його складу увійшли представники чехословацьких політичних партій - національно-соціалістичної, соціал-демократичної, народної і комуністичної. На цій зустрічі досягнуто угоди про створення уряду Національного фронту. Склад нового уряду на чолі з З.Фірлінгером та його програму оголошено 4.4.1945 у м.Кошице; одночасно пішов у відставку емігрантський уряд у Лондоні.

Звільнення чеських земель від гітлерівських військ відбувалося у взаємодії частин Червоної армії та чехословацьких збройних формувань, утворених на території СРСР. Одночасно із західного напрямку просувалися англо-американські війська. На поч. травня розпочались збройні виступи проти окупантів у ряді чеських міст, а 5.5. вибухнуло повстання у Празі. Чеська національна рада, утворена з ініціативи Компартії Ч., об'єднала основні сили внутрішнього руху Опору і проголосила про перехід усієї влади на чеській території до уряду Національного фронту, представником якого вона себе вважала. Проте повстанці не розрахували свої сили, і німецьким військам вдалося оволодіти значною частиною міста. На допомогу повстанцям прийшли радянські війська, що і забезпечило звільнення Праги від гітлерівців 9.5.1945.

Розроблена урядом Національного фронту програма відображала нове співвідношення політичних сил у країні, передбачала проведення глибоких демократичних перетворень. У національно-політичному плані в програмі відзначалося, що Чехословацька республіка є державою двох рівноправних народів - чехів і словаків. Згодом питання державотворення були предметом тривалих переговорів між чехословацьким урядом, представниками чеських політичних кіл та Словацькою національною радою - вищим органом словацького народу. Наслідком цих переговорів стало укладення трьох Празьких угод, які мали значення тимчасової конституції Ч. 29.6,1945 між Ч. і Радянським Союзом було підписано договір, за яким Закарпатська Україна возз'єднувалась за побажанням населення зі своєю споконвічною батьківщиною - Україною і включалася до складу Української РСР.

У травні 1946 відбулися вибори до Національних зборів Ч., які проходили окремо у чеських і словацьких землях. У чеських землях найбільше голосів (40%) здобули комуністи, що позначилося на складі й програмі нового уряду, який очолив комуністичний лідер К.Готвальд. Після парламентських виборів 1946 політичне становище у країні ускладнилося. Комуністи, які у виборах на території Словаччини зазнали невдачі, вирішили взяти всю повноту влади у свої руки і всі свої зусилля перенесли на позапарламентські форми боротьби. Обстановка в країні сягнута кульмінаційної напруженості у лютому 1948. Намагання комуністичних керівників повністю поставити під свій контроль органи поліції спричинило гостру урядову кризу. Вивівши на вулицю своїх прихильників, комуністи шляхом проведення численних позапарламентських акцій