Демократичні процеси у країні не могли не зачепити проблем міжнаціональних взаємовідносин. У цей час проявилися деякі суперечності між чехами і словаками, які в тоталітарний період приховувалися. Рішенням Федеральних зборів про подвійну назву держави (Чеська і Словацька Федеративна Республіка та її словацький аналог - Чехословаччина) послужило причиною бурхливих демонстрацій у Словаччині й викликало неоднозначну реакцію у Чехії та призвело до прийняття у грудні 1990 Закону про розмежування компетенції між федерацією і республіками. Згідно із новим законом у віданні центральних органів залишалися лише питання оборони, зовнішньої політики, фінансів і створення умов для єдиного ринку, що значно посилило відцентрові тенденції у державі. Впливові політичні організації Словаччини, зокрема Рух за демократичну Словаччину, почали вимагати перетворення федерації на конфедеративне утворення двох народів. На поч. 1991 суспільно-політична ситуація ще більше загострилася у зв'язку з вимогою лідерів політичних організацій і рухів Моравії та Сілезії реорганізувати Ч. у федерацію трьох республік: Чеської, Моравсько-Сілезької та Словацької. Цій проблемі був присвячений “круглий стіл”, проведений у березні

1991 у Брно з участю 25 партій і рухів. У той час, коли моравська проблема не набрала дальшого розвитку, у Словаччині виникла політична криза. Словаччина не була задоволена прокламованими ухвалами центральних органів і вимагала підписання державного договору з Чеською республікою. Невирішеність цього питання, добровільна відставка президента у 1992 фактично визначили розпад Чехословацької федерації. Наприкінці 1992 чехословацький парламент прийняв рішення про розділ федерації і утворення з 1.1.1993 двох незалежних держав - Чеської і Словацької республік (див. також Словаччина).