Але імператор не наважився відразу ж ввести міністерську систему управління. Тому були встановлені лише посади міністрів, між якими були розписані колегії. Зайончковский П.А. Правительственный аппарат самодержавной России в XIXв.- М.: Мысль, 1978.-С.57.Цей перехідний період був необхідним, тому що для повного переходу до єдиновладдя був необхідний досвід і більша впорядкованість самого державного апарату.

Закон про введення міністерств від 8 вересня 1802 року визначив поліційні функції Міністерства внутрішніх справ: "Посада міністра внутрішніх справ зобов’язує його піклуватись про добробут народу, спокій, благоустрій імперії". Ерошкин Н.П. История государственных учреждений дореволюционной России.- М.: Высшая школа, 1983.- С.156. У обов’язки цього міністерства крім каральних функцій відносилися і деякі адміністративно-господарські справи.

Під його керівництвом опинилися різноманітні інститути: місцеві адміністративно-поліцейські інститути, станові органи дворянства і міських прошарків, органи благодійності, управління іноземними поселенцями, продовольча справа, Медична колегія, Головне поштове управління, Управління деякими галузями промисловості – соляними конторами, і мануфактур-колегією. Значення цього міністерства в системі урядового апарату підкреслювалося тим, що міністром був призначений один з членів Негласного комітету – В.П.Кочубей, а його товарищем - П. Строганов. Предтеченский А.В. Згадана праця.- С.137.

З ініціативи В.П.Кочубея в червні 1803 року були скасовані колегії, які знаходилися в складі міністерства, і був утворений постійний на принципах єдиновладдя департамент міністерства. Ерошкин Н.П. История государственных учреждений дореволюционной России.- М.: Высшая школа, 1983.- С.159.

Центральний апарат встановленого Міністерства юстиції виріс з канцелярії генерал-прокурора. На це міністерство було покладене завдання управління системою суду і прокуратури (слідкував за особистим складом та діяльністю судів). Апарат цього міністерства складався з міністра, його помічника, ради ("консультації"), канцелярії міністра і департаменту. Приходько М.А. Реформа центральных учреждений государственного управления в России в I трети XIXв.// Правоведение.- 2000.-№5.-С.192.

Міністерство фінансів включало до свого складу різноманітні господарсько-фінансові колегії та інші фінансові інститути, зокрема монетний департамент, експедиція о заготівлі і зберіганні вексельного паперу, державні банки. Також в підпорядкуванні знаходився контроль над фінансами. Вага міністерства фінансів збільшилась також і в розробці бюджету. Кожне міністерство не пізніше, ніж 15 листопада повинно було віддати міністру фінансів свої прорахунки, які зводились до єдиного реєстру прибутків і витрат і повинні були зводитись на обговорення в раду, а після цього поступала на затвердження до імператора. Марней Л.П. Формирование структуры министерства финансов в России в первой четверти XIXв// Вестник Московского университета.- Серия 8 "История".-1998.-№6.-С.45.

Отримуючи такі великі повноваження в керівництві державним господарством, міністр фінансів був зобов’язаний піклуватись про те, "щоб джерела державних прибутків не тільки не зменшувались, але й, навпаки, наскільки це можливо, робилися більше, а розповсюдження прибутків відбувалося з огляду на відповідні державні розпорядження". Хрестоматия по истории России/ Под.ред. А.С.Орлова.- М.: МБОЮЛ, 2001.- С.223.

Отже, для фінансового керівництва країни маніфест 1802 року мав велике значення: він закладав основи централізації і більш-менш систематичної організації фінансових інститутів.

Тим-не-менш міністерство фінансів не охоплювало своєю компетенцією всі фінансово-господарські інститути. Велика кількість фінансових і господарських справ велась Міністерством комерції. Це було найбільше відомство, яке включало до свого складу камер-колегію, яка булла утворена ще за Петра І і займалась справами зовнішньої торгівлі і митного контролю. Передумовою для створення міністерства комерції були намагання посилити активний зовнішньо-торгівельний баланс. Ерошкин Н.П. Самодержавие первой половины XIX в. и его политические институты// История СССР.- 1975.- №1.- С.51

Утворення Міністерства військово-сухопутних справ було викликано намаганням запровадити централізоване керівництво армією та покласти край самостійності таких військових інституцій, як Військово-похідної Його Імператорської величності канцелярії та генерал-аудиторіат. Отже, Маніфестом від 1802 року були зроблені певні кроки у формуванні нових і реорганізації старих структур. Так, була дещо упорядкована робота колегії, яка була розподілена на вісім експедицій, був утворений департамент міністра військово-сухопутних сил (особиста канцелярія міністра і зв’язуючий ланцюг між колегією і міністерством), була почата робота по утворенню інженерного департаменту, що було важливим етапом у висуненні інженерних частин в самостійні війська. Після введення Військової колегії в якості дорадчого органа в структуру Міністерства військово-сухопутних справ було дещо ускладнено запровадження принципу єдиновладдя. Особливе місце займала Військово-похідна канцелярія, яка ще виникла за імператора Павла І. У зв’язку з тим, що вона дублювала імператорські накази, які ігнорували міністри, цей інститут був відданий військовій колегії. Коваленко А.Ю. О роли Военного министерства в системе управления русской армией в первой четверти XIXв. //Вестник Московского университета. –Серия 8 "История".- 2002.-№2.-С.44-45

Міністерство військово-морських сил включало до свого складу Адміралтейств-колегію. Спочатку при Військово-морському міністерстві була утворена Військова канцелярія з флоту, а вже в 1803 році було утворено Адміралтейський департамент, якому було передано завідування всією науковою і інженерно-будівельною частиною морського відомства. До складу Морського міністерства входив також Морський кадетський корпус – Єдиний військово-морський заклад Росії. Ерошкин Н.П. История госсударственных.-С.172

Згідно з реформою 1802 року до складу Міністерства іноземних справ була включена Колегія іноземних справ. З цього часу роль цієї колегії стала зменшуватись, а велику кількість питань у відносинах з іноземними державами було передано в канцелярію міністра, а в самій колегії було залишено лише господарські питання. Зайончковский П.А. Правительственный апарат самодержавной России