Міністерства були перетворені двома наказами – маніфестом 12 червня 1810 року про розподіл державних справ на окремі управління і "Загальним запровадженням міністерств" 25 липня 1811 року. Сперанський використав при розробці законопроектів не тільки восьмирічний досвід діяльності міністерств, але й готові перевірені на практиці, зразки організації, діловодства і діяльності міністерств наполеонівської Франції.

За новим розпорядком скасовувалося одне із восьми попередніх міністерств, а саме, комерції. Справи цього міністерства розподілялись між міністром фінансів і внутрішніх справ. Але із-під юрисдикції міністерства фінансів і внутрішніх справ були виведені справи внутрішньої безпеки, для яких утворилося окреме міністерство поліції. Крім цього, було засновано декілька особливих відомств під назвою "головних управлінь" із значенням окремих міністерств: "головне управління ревізії державних рахунків" (або державний контроль), "головне управління духовних справ іноземних сповідань", і, нарешті, ще раніше у 1809 році, "головне управління шляхів сполучення". Таким чином, окремих центральних відомств, між якими були розподілені справи виконавчому, тобто адміністративному порядку, було вже одинадцять замість попередніх восьми. Ключевский В.О. Згадана праця.- С.224.

Кожне міністерство отримало наступну структуру: на чолі міністерства стояв міністр з товаріщем, при міністрі знаходилась канцелярія і рада. Працюючий апарат міністерства складався з декількох департаментів, які ділились на відділення, а вони в свою чергу на столи. Ерошкин Н.П. История государственных учреждений дореволюционной России. - М.: Высшая школа, 1983.- С.157.

В основу організації кожного міністерства був покладений принцип однокерівництва. Директора департаментів підпорядковувались безпосередньо міністру, керівники відділень – директорам департаментів, а столокерівники – керівникам відділень Ерошкин Н.П. Крепостническое самодержавие и его политические институты: Первая половина XIX века.- М.: Мысль, 1981.- С.135.хрестоматия по истории России./ Под ред. А.С.Орлова.- М.: ПБОЮЛ.- 2001.- С.222 Рада міністрів складалася із керівників основних структурних частин міністерства і мала значення органу "для розгляду справ, що вимагали негайного розгляду у зв’язку з важливістю їх загального обговорення".. В департаментах і відділеннях значення рад грали загальні присутності. На ці засідання дозволялось запрошувати фабрикантів, купців, інженерів, вчених тощо. В склад міністерств входили і так звані "особливі установи" :канцелярії, розрахункові відділення, навчальні комітети, лабораторії, допоміжні установи фінансового, технічного і іншого спеціального призначення. Всі ці питання докладно розглядались в першій частині "Загального запровадження міністерств", яке мало назву "Утворення міністерств".

В другій його частині – "Наказ" визначався ступінь та межі влади міністрів, їх відношення до вищих законодавчих, адміністративних і судових установ, до підзвітних інституцій. Тут же встановлювалися обов’язки чиновників. Міністри призначалися імператором і відповідали тільки перед ним. Закон приписував міністерствам віддавати щорічні фінансові звіти в Міністерство фінансів і Державну раду, а про пропозиції по вдосконаленню повідомляти самого імператора. Минаева Н.В. Правительственный конституализм и передовое общественное мнение России в н. XIXв. – Саратов: Издат. Саратовского университета, 1982.- С.115-116.

Принцип однокерівництва в центральному управлінні викликав зміни в характері діловодства: колегіальне діловодство замінювалось міністерським - "виконавчим". Був регламентований порядок ведення справ: визначені форми реєстрації, рух документа в середині міністерства з вказівками строків виконання, відправка документів, перевірка виконання ("ревізія") і звітність. Ключевский В.О. Згадана праця.- С.224. Отже одноманітність в організації діловодства і принципах діяльності міністерств було елементом пристосування управління Росії до нових соціально-економічних умов.

На початку 1811 року Сперанським було підготовлено проект перетворення Сенату. Цей проект був заснований на суворому розподілі адміністративних і судових справ, які змішувались в попередньому устрої Сенату. Згідно з цим Сенат було запропоновано перетворити на дві особливі установи. Одна з цих установ була названа урядовим Сенатом, він зосереджував в собі урядові справи і повинен був складатися з міністрів з їх товаріщами і керівниками особливих (головних) частин управління, це попередній комітет міністрів. Інша установа під назвою Сенату судового поділялась на чотири місцеві відділи. Ці відділи знаходились в чотирьох головних судових округах імперії: в Петербурзі, Москві, Києві, Казані. Особливістю цього судового Сенату була розувєнність його складу: одні його члени призначались імператором, інші обирались дворянством. Саме в цьому особливо блиснула іскра тих ідей, на яких був побудований загальний план перетворень Сперанського. Томсинов В.А. Светило российской бюрократии. Исторический портрет М.М. Сперанского.- М. Молодая гвардия,м 1991.- С.158.

Цей проект викликав різке заперечення в Державній раді. Більш за все було незадоволення щодо права вибору дворянством членів Сенату, вбачаючи в цьому намагання обмежити самодержавну владу. Тем-не-менш, при голосуванні в Державній раді, більшість її членів висловилися за проект. І імператор дав згоду ввести його в дію. Але різноманітні зовнішні та внутрішні перешкоди заважали здійсненню нової реформи. І, навіть, сам Сперанський запропонував її відстрочити. Завдяки цьому Сенат зберіг попереднє змішання відомств, тим самим вносячи деяку нестрункість в загальний стан центрального управління. Приходько М.А. Реформа центральный учреждений государственного управления а России в первой трети XIXв.// Правоведение.- 2000.- №5.- С.190.

2 лютого 1810 року почалося здійснення складеного Сперанським плану перетворень в галузі фінансів. Воно знаходилося у край важливому стані, яке було спричинене війнами і торгівельними скрутами, викликаними континентальною системою. По кошторису 1810 року всіх запущених в обіг асигнацій налічувалося 577 млн., а зовнішнього боргу – 100 млн. Кошторис прибутків на 1810 рік обіцяв суму в 127 млн. асигнаціями. Кошторис витрат вимагав суми у розмірі 193 млн. Отже, нестачі нараховувалось у розмірі 66 млн., а це складало більше половини всієї суми державних прибутків. Таке скрутне становище і намагався