Першою значною політично-адміністративною реформою була міська. Початок їй покладено двома указами 30 січня 1699 р. Перший із них, повідомляючи, що торгово-промисловому і всьому посадському населенню Москви створюються „приказные волокиты” і збитки, через що „окладные многие доходы учинились в доимке”, вилучав московських гостей, торгових людей гостиної сотні і жителів палацових і чорних слобод з відання приказів (їх було вісім) і воєвод і передавав у відання у відношенні збору всіх податків і суду виборним з їхнього ж середовища особам – бурмістрам, що входили в самостійний орган управління – Бурмістерську палату. Остання ставала і центральним органом управління для посадського населення всієї Російської держави. З листопада того ж року Бурмістерська палата одержала назву Ратуші.

Другий указ 30 січня 1699 р. проголошував утворення органів міського управління на місцях, мотивуючи їхню необхідність прагненням звільнити посадське населення від утисків, неправд і насильств із боку воєвод і дрібних приказних чинів, через що знову ж таки порушувалося планомірне надходження податків у скарбницю і їхнє зростання. Однак, на відміну від першого указу, що засновував Бурмістерську палату незалежно від волі населення Москви, вибір бурмістрів і заснування земських ізб на місцях передавалися на розсуд самих торгово-промислових людей міст, палацових і чорних сіл і волостей з одною обов'язковою умовою, що за „милость и призрение великого государя”, тобто за створення органів самоврядування, посадське населення на місцях повинно сплачувати прямі податки в скарбницю в подвійному розмірі. Опитування міст виявило незабаром, що переважна більшість з них відмовилися прийняти реформу на таких умовах. Через такий поворот справи уряд відмовився від збору податків у подвійному розмірі, але указом 20 жовтня 1699 р. реформа була зроблена обов'язковою і введена повсюдно [64; c. 232-233].

Ця реформа мала на меті збільшення доходів казни шляхом впорядкування збору прямих і непрямих податків, а також пожвавлення ремесла, промисловості і торгівлі. На думку Молчанова, створення центрального органу міського самоврядування – Бурмістерської палати, чи Ратуші, означало появу головної державної каси, куди надходили збори з міст всієї країни і звідки вони потім витрачалися за вказівкою царя на загальнодержавні потреби, головним чином на підготовку і ведення війни [67; с. 129]. За словами ж Ключевського, московська ратуша звітувала відразу царю, минаючи прикази, і стала чимось на зразок міністерства міст і міських зборів [55; с. 140].

Крім міської реформи, яка запровадила нові установи, Петро І зі своїми прибічниками зайнялися й старими. Вважаємо, що найважливіші зміни прослідковуються у вищому ешелоні влади – Боярській думі. В цілому Дума зберегла традиційне значення аристократичного органу влади. Проте змінився кількісний і якісний склад Боярської думи. Так, в 1691-1692 рр. в її складі нараховувалось 182 особи, в 1698-1699 рр. стало 112 осіб, а на 1 січня 1702 р. залишилось тільки 86 осіб, тобто за десятиліття чисельність Думи зменшилась більше, ніж вдвічі [71; c. 107]. Старі бояри та інші помирали, нові ж призначення майже не відбувались. Боярська дума, таким чином, вимирала природним шляхом. Крім того, на засіданнях були присутніми далеко не всі, зазвичай 30-40 осіб, так як одних посилали з дорученнями по країні, інших просто не запрошували. Найголовніше ж в тому, на нашу думку, що Боярська дума вирішувала другорядні питання, важливі справи розглядав і вирішував сам цар. Повідомляли про його рішення іменні укази [28; с. 57]. Ще один показник зміни Боярської думи – перетворення її складу. В аристократичну за своєю суттю установу проникало все більше представників неродовитого дворянства і приказних ділків [71; c. 107].

З року в рік зростала роль Ближньої канцелярії, створеної в 1699 р. Ця установа вважалась канцелярією Боярської думи, але фактично заміняла Думу. В Ближню канцелярію входили довірені люди царя, керівники приказів, що не мали думного чину – їх було 8 осіб. Вони створили „Конзілію міністрів”, що була безпосереднім попередником Сенату [51; с. 230].

Відомості про засідання Думи обриваються десь близько 1704 р., хоча вже з 1701 р. її функції як вищого урядового органу стала виконувати „Консілія міністрів”. Вона зосередила у своїх руках всю владу на час відсутності в Москві царя, що перебував переважно на театрі воєнних дій. Конкретно – вона займалася управлінням приказами і канцеляріями, організовувала забезпечення армії всім необхідним, відала фінансовими питаннями і будівництвом. В діяльності „Консілії” ми чітко бачимо риси всезростаючої бюрократизації управління. Вона виявлялася в стабілізації складу „Консілії”, у встановленні режиму роботи, строгому розподілі обов'язків і відповідальності між її окремими членами. На нашу думку, саме прагненням домогтися бюрократичним шляхом ефективності і відповідальності „Консілії” пояснюється знаменитий указ Петра І від 7 жовтня 1707 р. на ім'я Ромодановського: „Изволь объявить при съезде в Полате всем министром, которые в Конзилию съезжаютца, чтоб они всякие дела, о которых советуют, записывали и каждой бы министр своею рукою подписы-вали, что зело нужно, надобно и без того отнюдь никако-го дела не определяли, ибо сим всякого дурость явлена будет” [21; с. 151-152].

Реформи торкнулися і приказної системи – наприкінці XVII ст. в ній відбувалися звичні в адміністративній практиці зміни: деякі прикази із зникненням в них необхідності ліквідовувались, інші з’являлися [71; c. 106]. На 1 вересня 1699 р. нараховувалось більше чотирьох десятків приказів. Як і раніше, проводилось їх об’єднання: за близькістю, однорідністю доручених їм справ, за традицією. Наприклад, в лютому 1700