1864 р. центральним стало питання про завершення з'єднання Сибірської і Сир-Дар’їнської ліній. Практичні кроки були зроблені вже в 1863 р., коли з боку форту Перовського під керівництвом Черняєвабули зроблені рекогносцировки нагору за течією Сирдар'ї, в околиці міцності Туркестану і до півночі від хребта Каратау. Було з'ясовано, що з'єднання лінії і створення стійкої границі держави на південно-сході не представить особливих труднощів.

Рекогносцировки показали, що найбільш зручною є лінія, що проходить через Сузак, Чулак-кур-ган і далі — через гори Каратау до Аулис-Ата. Такий напрямок давав можливість досягти мети навіть без оволодіння Ташкентом і Туркестаном. За планом Черняева, необхідно було в 1864 р. військовими силами Західного Сибіру зап'ять Ауліє-Ата й улаштувати і Пішпеке або Чалдиварє проміжне зміцнення для повідомлення з Кастеком і таке ж проміжне зміцнення створити між Ауліє-Ата і Чулак-курга-ном. З боку Оренбурга необхідно було зайняти постійним загоном Сузак і Чулак-Курган і з'єднати них через посади з Джулеком.

1 серпня 1863 р. міністри закордонних справ і військовий, що вже прийшли до єдиної думки про необхідність з'єднання ліній у 1864 р., представили свій проект Олександру II, що наклав резолюцію: «Виконати». 12 серпня 1863 р. військовим міністром були дані відповідні інструкції генерал-губернаторам Оренбурга і Західного Сибіру.

Відповідно до отриманих указівок Дюга-мель розпорядився зосередити у Верном війська, що навесні 1864 р. повинні були опанувати міцністю Ауліє-Ата і розташуватися там. Дюгамель дав також указівку заснувати проміжні посади між Ауліє-Ата і Вірним.

Разом з військовим настанням у глиб Кокандського ханства повинна була початися і колонізація Чуйської долини. Спочатку це викликалося чисто військовими розуміннями: для забезпечення повідомлення між Кастеком і Ауліє-Ата була потрібно установа декількох проміжних посад з невеликими гарнізонами. Поряд з цим передбачалося викликати мисливців з козаків для утворення нових козачих станиць, а також селянських поселень у Чуйській долині. Колпаковський вважав за необхідне створення посад у Токмаку, Пішпеке і Мірві, що повинні були забезпечити також охорону торговельних караванів і перешкодити набігам між казахами і киргизами. Особливе значення він додавав Пішпеку.(10, стр. 350-351)

У Кокандському ханстві до цього часу влада зосередив у своїх руках в основному угруповання кочових кипчакських феодалів, що захопили важливі цивільні і військові посади. За малолітством хана Султан-Сеіда фактично влада знаходилася в руках представника кипчакської знаті регента Алим-кула Хасанова.

Південні киргизи, під час боротьби Алимкула з Худояр-ханом активно виступали проти останнього, треть визнали владу нового хана. Деякі їхні представники зайняли цивільні і військові посади. Хоча північнокиргизскі племена не приймали особистої участі у вигнанні Худояр-хана з Коканда, ряд правителів цих племен співчував урядові Алимкула. У листопаду 1863 р. міцність Мірва, залишена кокандцями під час експедиції полковника Лерхе, була знову зайнята ханським загоном. З Ташкента Нурмухаммод розіслав великим киргизьким манапам і навіть деяким заілійським казахським старшинам письмове звертання і подарунки. Після цього частина племені солто, що керувалася манапом Джангарачем, сплатила зякет кокандським владі. Але основна частина племені солто, підвладна манапу Байтику, а також сарибагиши. Підвладні Джантаю, Худояру й іншим манапам, поки відмовлялися платити зякет, хоча і на них стало помітно поширюватися вплив Коканда.

Найбільш відданому російському урядові сарибагишский манап Джантай Карабеков в січні 1864 р. представив Колпаковському ряд листів і прокламацій кокандського уряду. Подібного роду листи були отримані з Коканда правителями солто Байтиком і манапом Байгазы . У цих листах кокандский уряд оголосив «прощення» киргизьким племенам за їх колишні ворожі Коканду дії, зокрема за убивство пішпекского бека Рахматулли і коменданта Мірці Пардьчбока.

29 серпня російські війська зайняли Коканд. 22 вересня був укладений договір, по якому Кокандське ханство попадало в ще велику залежність від Росії, чим при Худояр-хане. За цим договором Насред-дін визнав себе васалом Росії, позбавився права самостійних зносин з іншими державами, а також права оголошення війни і миру, визнав, що відійшли до Росії землі, розташовані по правому березі верхнього плину Сирдар'ї з містом Наманганом, дозволив вільний доступ у ханство російських купців і підприємців. Крім того, кокандський уряд повинний був сплатити контрибуцію.

Насреддін і деякі його феодали, що оточували, примирилися зі своїм васальним положенням. Але не усі склали зброю. Незадоволені ханом незабаром підняли нове повстання. Вони відмовлялися коритися Насреддіну і визнали влада Пулат-хапа. «Пулат-хан,— повідомляє II- П. Коритов,— зі своїми прихильниками з Ляйляка пробрався в східну частину ханства і до нього зібралися багато хто з впливових представників кипчаков і киргиз, що займали своїми кочовищами східні і південні гірські райони ханства; а саме: Ураз-Алп, Бутабек, Багиш-бек, Мулла Юлдаш, Кнідо-бай Папсат, Іефадіар, Мирза-Кул, Яр-Мат, Иш-Мат, Амаль-Иш Агасы, Ша-Мірза, Умар-бек, Хасан-бек, Сулейман-Удайчи, кураминец Абду-Мумип та інші.

Незважаючи на недавню поразку, Пулат-хану удалося знову зібрати значні збройні сили, що складалися в основному з дружин киргизьких феодалів, і поширити свій вплив на ряд районів Кокандського ханства. Своїм місцеперебуванням він обрав селище Ассаке. Н. Коритов повідомляє: «Незабаром у Пулат-хана з’явився значний загін у 12 тисяч вершників, головний контингент якого складали киргизи, самий неспокійний елемент у Кокандському ханстві. Киргизи, що складали головну силу й опору Пулат-хана, поступово захопили керування зайнятої ними східної частини ханства (нинішні Ошський, Андижанський і частина Маргеланскього повітів)».

Головними сподвижниками Пулат-хана в цей час були Абду-Мумын із племені курям, Сулейман-Удайчи з племені найман, Оморбек-датха