В міру посилення Пулат-хана примирення його з Насреддіном ставало неможливим, і по всьому ханству підсилилася боротьба між прихильниками двох ханів - Пулат-хан вів нещадну боротьбу з прихильниками Насреддіна. Джерела передають, що «правління Пулат-хана ознаменувалося небувалою жорстокістю, і страти проводилися щодня», що короткочасне його перебування в Маргелані ознаменувалося тими ж жорстокими стратами, як і в Ассаке. 12 катів з киргиз, одягнених в особливий червоний костюм, з арсеналом ножів усяких розмірів за поясом, мали постійну роботу».

Кокандський хан незабаром направив проти Пулат-хана війська під начальством свого родича Султан-мурат-бека. Але ці сили в селища Файзабад були цілком розбиті. Під Андижаном військові сили Пулат-хана завдали поразки російському загонові генерала Троїцького, а потім, 9 жовтня 1875 р., ханським військам. Незабаром повсталі зайняли Коканд. Насреддін біг під захист царської влади в Ходжент. Хвилювання серед населення столиці і прилеглих сіл полегшили заняття Коканда. «Найбільшу участь узяли жителі кишлаків Ян-кургану і Бачкира, керівником яких з'явився Хассан-Калля». До них примкнули працюючі міста. Тоді проти Пулат-хана виступили сильні загони царських військ під командуванням генерала Скобелєва, яким удалося 11 листопаду 1875 р. під селищем Баликчи розбити сили Пулат-хапа. Вирішальна поразка Пулат-хан потерпів під Андижаном, що 9 січня був зайнятий Скобелєвим.

Після цього видні представники феодальної знаті, що стояли в керівництва повстанням, вирішили піти на угоду з царським командуванням. Абдрахман Афтобачи і ряд інших видних кокандських феодалів припинили боротьбу і виявили покірність Росії. Але Пулат-хан завзято продовжував пручатися. 28 січня 1876 р. загонами Скобелєва був узятий останній опорний пункт Пулат-хана — міцність Уч-Курган. Незабаром Пулат-хан із загоном своїх наближених був по-зрадницькому захоплений у Ісфайрамський ущелині одним із представників киргизьких феодалів роду деелес Мирзакулом і виданий царській владі в Андижані. З групою своїх сподвижників він був страчений у Маргелані.

Після придушення повстання Кокандсько ханство було знищено, а його територія 19 лютого 1879 р. за назвою Ферганської області була приєднана до Росії.

Однак найбільш непокірливі і рішучі супротивники російської орієнтації, ряд великих феодалів і воєначальників, згрупувалися в Алає і продовжували опір. У квітні 1876 р. у місцевості Ян-Арик вони на чолі з Абдилда-беком, сином Курман-джан-датхи, дали бій загонові генерала Скобелєва, але були розбиті. Залишки їхньої групи під предводительством Абдилда-бека, Худояр-халци, Худайкула й інших феодалів продовжували діяти до липня 1876 р. Для остаточної їхньої ліквідації в липні 1876 р. була організована каральна експедиція під начальством генерала Скобелєва. У складі семиреченського загону, що брав участь в алайськом поході, був киргизький загін манапа Шабдана Джантаєва. Скобелєву без особливої праці удалося розбити сили Абдылда-бека і вступити в дружні відносини з «алапською царицею» — Курманджан-датхой.

Алайським походом завершилося придушення опору останніх супротивників російської орієнтації і приєднання Південної Киргизії до Росії.

Таким чином, до 1876 р. уся Киргизія ввійшла до складу Російської імперії. Відтепер подальший історичний розвиток киргизького народу був тісно зв'язаний з долею росіянина й інших народів, що знаходилися в складі російської держави. (10, стр. 352-355, 425)

4. Приєднання Казахстану до Росії

4.1. Приєднання Молодшого жуза до Росії

Ініціатором прийняття казахами російського підданства виступив хан Молодшого жуза Абулхаір, що було не випадковим. З приходом у 1727р. до влади в Джунгарії Галдан-Церена Молодший жуз очікувала трагічна доля Середнього і Старшого жузів. Однак географічно й історично Молодший жуз був ближче до Росії, чим інші два. Його зв'язували з нею давні торговельні і господарські відносини. Усі ці обставини й інші, про що мова нижче, спонукали хана Молодшого жуза Абулхаіра на початку 1726р. відправити свого посла Койбагара Кобекова в Петербург для переговорів з царським урядом.

Приїзд казахського посла не був несподіванкою для російської влади. За півроку до цього, у липні 1725р., астраханський губернатор А. П. Волинський повідомляв Колегію іноземних справ про таку можливість і повідомляв, що якщо казахи звернуться до нього з проханням про прийняття їхній у російське підданство, то він їх підтримує.

У листі, переданому Кобековим у Колегію іноземних справ від імені казахських старшин Молодшого жуза, виражалося бажання, подібно волзьким калмикам, «бути під протекцією» Росії. Вони просили також дозволити розмін полонених в Уфі, відгородити казахів від нападів башкирів і япцкпх козаків і санкціонувати волю кочування в районі Яїка.

Однак, побоюючись можливих ускладнень із Джунгарією і не бачачи безпосередніх вигод від прийняття в підданство казахів, у той час відтиснутих до границь середньоазіатських ханств, царський уряд залишив клопотання Абулхаіра без відповіді. У рішенні Колегії іноземних справ записано: «Користі, щоб під протекцію с.і.в. бути, не знаходиться».

На цьому переговори були перервані і відновилися лише в 1730р., коли на зборах старший Молодшого жуза було вирішено укласти з Росією військовий союз проти Джунгарии. Тоді ж Абулхаиру було доручено почати відповідні переговори. Але він замість пропозиції про висновок союзу порушив клопотання про підданство. (3, тср.46-47)

У листі канцлерові Головкіну хан Абулхаір підкреслював: «Нині бажаю бути з усім моїм володінням Вашої імператорської величності в підданстві... Я, Абулхаір-хан, з підданими своїми старої і малої статті, с... казахами бажаю під протекцію Вашої імператорської величності».

8 вересня 1730 р. Абулхаір відправив лист імператриці Ганні Іванівні.

19 лютого 1731 року імператриця Ганна Иоановна підписала жалувану грамоту ханові Абулхаіру про прийняття в Російське підданство Молодшого жуза. (3, стр. 48)

Але не всі казахські племена