Гострий конфлікт між Полуботком і Малоросійською колегією виник з питання про оподаткування населення. Вже на початку серпня 1722 року Вельямінов зажадав докладної інформації з цього приводу. На більш-менш чітку відповідь Полуботок не спромігся, що, зрештою, і не дивно: фіскальна справа була однією з найгірше впорядкованих галузей державного управління Гетьманщини. Здається, зненацька захопили Полуботка і покликання Вельямінова на "статті" Богдана Хмельницького, що передбачали надходження з України до російської скарбниці. У всякому разі, поки наказний гетьман радився із старшиною і консультувався з старожилами (за його наказом на Стародубщині розшукували якогось Середу, який був писарем "под час Хмельнищины"), президент колегії перехопив ініціативу і фактично прибрав до своїх рук фінанси краю. Дещо пізніше Полуботок скаржився, що не може навіть отримати з військового скарбу коштів на утримання артилерії, музик і канцелярії. Офіцери Глухівського гарнізону, яким мусили асистувати представники козацької адміністрації, за вказівкою Вельямінова почали збирати "хлебные и денежные сборы, а также медовую и табачную десятину" з усіх без винятку мешканців Гетьманщини. Опубліковані В. Модзалевським "Ведомости по сотням Полтавского полка о сеющих табак, мельницах, пасеках, винницах й шинках за 1722 г." дозволяють уявити масштаби цих нововведень. Найбільше постраждала від них старшина, чиї маєтки доти звільнялися від будь-яких податків.
Напевне, Полуботок відчув, що земля захиталася в нього під ногами. Знайти спільну мову з Вельяміновим ніяк не вдавалося, і він зважився на контрнаступ. Разом із генеральною старшиною в другій половині вересня 1722 року Полуботок звернувся до Сенату із скаргою на зловживання владою з боку Малоросійської колегії. Посланці Полуботка (Д. Володьківський та І. ХоЛодович) повезли в Москву ще й конфіденційні листи наказного гетьмана до російських вельмож "с прошением милостивого патронского ходатайства". 26 листопада надійшла на диво лагідна відповідь. Сенат задовольнив прохання Павла Полуботка і скасував деякі рішення Малоросійської колегії. Збитий з пантелику Вельямінов, однак, відмовився виконувати сенатський указ "до повторной его величества резолюции". У цій непевній ситуації Полуботок спробував розвинути успіх. У середині грудня 1722 року він відновив клопотання про обрання гетьмана і без погодження з Вельяміновим видав важливий універсал, об'єктивно спрямований