Скрутне матеріальне становище письменника змушує його працювати в народовській «Правді». В травні 1889p. він пориває з «Правдою» і у відкритому листі «Кому за цесаром» виступає проти націоналістичної замкненості «правдян».

В серпні 1889 року в Галичину приїхала група студентів з Pociї. І. Франко вирушив з цією групою у туристську подорож. Австрійська влада побачила в цьому намагання письменника відторгнути Галичину від Австрії і приєднати її до Росії. Заарештований разом з студентами, І. Франко знову просидів у в'язниці десять тижнів і був випущений без суду.

У 1890 році разом з М. Павликом І. Франко видає двотижневик «Народ», що став органом заснованої цього року «Української радикальної партії». Тут письменник друкує такі відомі сатиричні оповідання, як «Свиня», «Як то згода дім будувала». В цьому ж році вийшла збірка оповідань автора «В поті чола» з передмовою М. Драгоманова та автобіографією І. Франка.

І. Франко організував у Львові «Наукову читальню», в якій виступав і сам з питань теорії наукового соціалізму, політекономії, історії революційної боротьби. Боротьбу І. Франко проводить і на науковій ділянці. Він задумав написати докторську дисертацію, обравши собі темою політичну поезію Т. Г. Шевченка.

Львівський університет, в якому керував кафедрою української літератури О. Огоновський, не взяв написану І. Франком дисертацію до захисту. Та своєї мети автор не залишає, він виїжджає в Чернівці, а коли й там нічого певного не накреслюється, перебирається восени 1892 року у Відень, слухає там лекції відомого славіста проф. Ягича і пише свою докторську дисертацію «Варлаам і Йоасаф» — старохристиянський духовний роман і його літературна історія». В червні 1893 року йому присуджено науковий ступінь доктора філософії.

1893 року І. Франко видає друге, доповнене, видання збірки «З вершин і низин».

1894 року, коли помер проф. О. Огоновський, І. Франко пробував посісти кафедру української літератури у Львівському університеті. З великим успіхом прочитав він пробну лекцію, але до кафедри його не було допущено.

На останнє п’ятиріччя ХІХ ст. припадають три поетичних збірки І. Франка: «Зів’яле листя» (1896р.), «Мій Ізмарагд» (1898р.) та «Із днів журби» (1900р.).

В цей період І. Франко починає видавати журнал «Житє і слово» (журнал виходив з 1894 по 1897 рік). В ньому вміщує письменник свої прозові і поетичні та науково-публіцистичні твори, а також переклади. Так, у журналі І. Франко опублікував свої повісті «Основи суспільності» та «Для домашнього вогнища», драматичні твори «Учитель», «Сон князя Святослава» та сатиричні оповідання «Чиста раса», «Опозиція», переклади з сербської епічної поезії, переклад поеми М. Г. Чернишевського «Гімн діві неба» та інші. Журнал «Житє і слово» знайшов широкий відгук у тодішній пресі. На його появу відгукнулось і російське «Этнографическое обозрение». В цей же період галичане тричі висували хлопського сина до австрійського парламенту та галицького сейму (1895, 1897, 1898 pp.). Але кожного разу, внаслідок різних виборчих махінацій, видатного письменника обрано не було.

Свідченням високого авторитету письменника є святкування 25-річного ювілею літературної діяльності І. Франка, влаштоване з ініціативи прогресивної молоді. На відзначення ювілею було видано збірник «Привіт д-ру Івану Франку в 25-літній ювілей літературної його діяльності складають українсько-руські письменники» (Львів, 1898р.) та «Спис творів Івана Франка за перше 25-ліття його літературної діяльності 1874 — 1898», зроблений М. Павликом. У збірнику взяли участь Л. Українка, Карпенко-Карий та інші. На другий день після свята, 31 жовтня 1898 року, у Львові відзначався столітній ювілей І. П. Котляревського. Ювілей розпочався читанням «Великих роковин» І. Франка і був ніби продовженням ювілею його автора.

У ювілейний рік І. Франко видає збірку поезій «Мій Ізмарагд». На цей же час припадає і написання ряду інших великих поетичних творів І. Франка, зокрема поеми «Похорон» (1899р.).

В цей же період, за свідченням В. Бонч-Бруєвича, І. Франко зав'язує листування з російськими соціал-демократами, посилає свої твори для друкування в перекладах на російську мову в журнал «Жизнь», цікавиться нелегальною марксистською літературою та нелегальними на той час творами російських письменників. В той же час відомо, що І. Франко шкодував за молоддю, що віддала своє життя боротьбі з царизмом, а не боротьбі за національне визволення України.

На початку 90-х років виходять збірка поезій «Із днів журби» (1900р.), повість «Перехресні стежки» (1900р.) та інші.

З 1898 року у Львові починає виходити журнал «Літературно-науковий вісник». І. Франко стає одним з найактивніших співробітників журналу, фактично його робочим редактором і друкує тут свої літературознавчі статті «Із секретів поетичної творчості», «Леся Українка» та інші.

На революцію 1905 року в Росії І. Франко відгукується своєю знаменитою поемою «Мойсей», віршами із збірки «Semper tiro» (згадаймо хоч би вірш «Конкістадори»), закликаючи «на все підле й гидке бистрії стріли пускать» («Стріли», 1903р.).

В цей же час І. Франко пише статтю «Нова історія російської літератури», яка являє собою рецензію на книжку О. Брюкнера «Історія російської літератури». Він виступає також з своєю знаменитою статтею «Ідеї» і «ідеали» галицької москвофільської молодіжі», опублікованою в «Літературно-науковому віснику», в якій викриває реакційність галицьких москвофілів.

B 1904 році, влітку, І. Франко викладає історію української літератури на «Наукових курсах» у Львові (вісімнадцятигодинний «Огляд української літератури від найдавніших часів до кінця XIX віку»), цього ж року пише статтю для російського словника Брокгауза і Єфрона «Южнорусская литература». Різке протистояння встановлюється між Франком та українськими націоналістами, особливо Грушевським.

В