Ріхард Вільшетгер вважав його "майстром органічної хімії, як в області аналізу, так і в області синтезу, а в особистому відношенні прекрасною людиною". На його честь Німецьке хімічне товариство запровадило медаль Еміля Фішера.
Фішер створив велику наукову школу. Серед його учнів - Отто Дільс, Адольф Віндаус, Фріц Прегль, Отто Варбург.