В 1875р його запросили до Мюнхену на місце покійного Лібіха. В 1878р Байер отримав з ізатогенової кислоти та о-нітрофенілоцтовоїкислоти ізатин. Цим закінчилась його велика робота з вивчення будови та отримання індиго. З Байєром переїхали в Мюнхен Еміль та Отто Фішери, та продовжили там свої дослідження.

Влітку 1881р вченого спіткало нещастя. Від укусу собаки помер його син Франс. Тільки через 4 роки Луі Пастер винайшов сироватку проти скзу.За це він отримав вдячність людства.

Отримавши конденсовані сполуки з подвійними вуглець-вуглецевими зв'язками, Байєр намагавя синтезувати "гремучі алмази", але натомість, використавши уявлення Вант-Гоффа про просторову будову атома, він створив теорію напруженості. За допомогою своєї теорій він пояснив те, що найвигіднішу будову з циклчних сполук маютиь 5-ти та 6-ти членні цикли. Спочатку його теорію багато критикували, але після прийняття твердження про те, що цикли мають неплоску будову, теорія Байєра зайняла належне місце в науці. На її основі в 1887р він запропонував центричну формулу бензолу. В 1905р, після святкування 70-ти річчя, Байєр отримав Нобелівську премію за заслуги в органічній хімії. В останні роки Байєр був занепокоєний становищем в Німеччині. Він бачив страждання його співвітчизників, втягнутих впершу світову війну.

20 серпня 1918р, після тяжкої хвороби, великий вчений - Адольф Байєр помер.

Його учнями були В.Н. Іпатьєв, Еміль та Отто Фішери, Вільгельм Кьоніге, Л.Кляйзен, П.Фрідлендер, Теодор Куртціус, Г.Пехман, Р.Мейєр, А.Ейхорн, У.Г.Перкін, Г.Крюс, Е.Бухнер, Ф.К.Тілє, В.Мусман, К.Гофман, Р.Вільштетер, Отто Дімрат, Г.Віланд та інші.