Козакам забезпечено давні права, а саме свободу від усяких податків і тягарів (навіть від мита і цла), свободу варення напитків, свобідні лови і рибальство, козацький присуд. Дозволено на нобілітацію визначніших козаків; на пропозицію гетьмана з кожного полку могло дістати шляхоцтво 100 козаків. Проголошено загальну амнестію для всіх учасників війни, знесено всі засуди і конфіскати, що запали з цього приводу. Шляхта і духовенство, що вийшли з України, дістали дозвіл вертатися за універсалом гетьмана.

Привернено всі права православної віри, не тільки в Наддніпрянщині, але всюди, «як далеко мова українського народу сягає», — а саме публичне виконування обрядів, основування нових церков, зворот забраних. Духовенство мало підлягати тільки духовному присудові, не урядовцям або панам. Грецька віра не мала бути перешкодою для отримання урядів по містах. — Уніятська церква лишалася, але не вільно було поширювати її на нові місця. Римська віра мала на Україні рівноправність. .

Київська академія дістала такі права, як мала краківська академія, але з застереженням, щоби не було там професорів ані студентів аріян, кальвіністів і лютеран. Друга академія мала заснуватися в другому ще місті на Україні. В місці осідку академії не могли існувати інші (себто польські) школи. Гімназії, колегії, школи і друкарні можна було основувати всюди, без перешкоди.

Не всі домагання українців принято в умові. Українські делегати домагалися, щоби утворено окреме Велике Князівство Руське на зразок Литовського Вел. Князівства; щоби у склад його входили, поруч з Придніпрянщиною, також західні українські землі — воєвідства волинське, подільське, руське і белзьке, та пинський і мстиславський повіти; щоби урядовцями були тільки православні; щоби козацького війська було 60.000.

Одначе цих домагань не повелося перевести в цілости: Україна дістала тільки автономію, а не державну рівноправність з Польщею і ця автономія мала розтягатися тільки на Придніпрянщину, не на всі українські землі. Головні ідеї, за які ведено змагання, — зєдинення всеї території й державна самостійність, осталися нездійснені. Гадяцький трактат в самому заложенні був скривлений; без основних точок, він міг бути тільки хвилевою комбінацією, не міг числити на довговічність.Конотопська перемога

Переговори з Польщею, крім загального значіння, мали і спеціяльну мету — запевнити Україні безпеченство на західній границі в часі війни з Московщиною. Кампанія почалася, в половині серпня 1658 р. Виговський, крім козацьких і наємних сил мав значну підмогу татар під проводом Карач-бея і невеликий помічний відділ поляків. Військо поділено на дві части.

Один корпус, зложений з 5 полків, коло 20.000 війська, під проводом Данила Виговського, пішов на Київ, щоби виперти звідтам московську залогу; з облягаючими військами мав співділати з самого міста київський полковник Павло Яненко Хмельницький зі своїм полком. Але воєвода Шереметєв в час дізнався про напад, вийшов проти козаків і розгромив їх під Києвом 2 і 3 вересня 1658 р.

Сам Виговський з головними козацькими силами і татарами перейшов на Лівобережжя і йшов у напрямі на московську границю, де зібралося царське військо, під проводом князя Ромодановського. Москалі налякалися приготовлення Виговського і пробували переговорів. Царська влада порішила зробити українцям як найбільші уступки: забрати з українських городів московські залоги, признати Україну на умовах гадяцького трактату, затвердити Виговського на гетьманстві, віддати йому уряд київського воєводи, а старшині запевнити маєтности і всякі свободи.

Але рівночасно вислано на Україну нове військо під князем Трубецьким. Трубецький зібрав до себе всі сили і приступив під Конотоп. Українська залога під рукою ніжинського полковника Григорія Гуляницького не піддалася і незвичайно хоробро боронилася через 70 днів, від 29 квітня до 7 липня 1659 р. Виговський з своїми військами прийшов на відсіч, ударив на облягаючих, перебив їх і відігнав від міста, а сам почав вертатися назад. Московські воєводи не доцінювали українських сил і пустилися в погоню. Під Конотопом, над річкою Соснівкою прийшло 8 липня 1659 р. до великої битви, що покінчилася повною поражкою москалів. Кілька тисяч московського трупу вкрило конотопські поля, кілька тисяч пішло в неволю, між ними два воєводи, князі Пожарський і Львов. Москалі втратили артилєрію і прапори.

«Квіт московської кінноти», пише московський історик Соловйов, «що довершив щасливих походів 1654-1655 рр., погиб в один день... Ніколи опісля московський цар не був уже в можности вивести в поле такого сильного війська. У жалібному вбранні вийшов Олексій Михайлович до народу; тривога впала на Москву. Удар був тим тяжчий, що несподіваний; прийшов він по таких блискучих успіхах! Ще недавно Долгорукий привів до Москви полоненого литовського гетьмана, недавно гомоніли радісні розмови про перемоги Хованського; а тепер Трубецький, на котрого була надія більш усіх, «мужъ благоговЪйный и изящный, вь воинствЪ счастливый и недругамъ страшный», погубив таке велике військо! По добутті столичних міст, по добутті литовської столиці, царський город задрожав за свою власну шкуру: в серпні, на приказ царя, люди всіх чинів спішили на земляні роботи, для укріплення Москви. Сам цар з боярами часто був присутний при роботах; сусідні мешканці з родинами, майном наповняли Москву, ішли чутки, що цар виїзджає за Волгу, за Ярославль». Татари, союзники Виговського, з насміхом говорили московським послам: «Ваш цар хоче запанувати над запорожськими козаками; польський король також хотів панувати над ними, але й своє королівство потім віддав: те саме буде і з московським царством,