Незвичайний успіх, що осягнув Виговський під Конотопом, здавалося, рішив кампанію на користь України. Але скоро прийшли події, що основне змінили воєнне і політичне положення. На Лівобережжі піднялася опозиція під проводом полковника Івана Безпалого, якому поміч дали московські воєводи. Безпалий вислав на Запоріжжя зазив вести боротьбу проти гетьмана, що «йде з поляками», та проти його союзників, татар. Кошовий Іван Сірко, завзятий ворог бісурман, уладив несподіваний напад на кочовище ногайських татар і згодом рушив з своїми січовиками на Чигирин. Набіг Сірка викликав велике обурення серед татар, що були при Виговськім, — більша часть татарських сил лишила табор і, грабуючи оселі по дорозі, вернулася до дому. Виговський облягав Гадяч, але на вістку, що запорожці йдуть на Чигирин, він мусів лишити Лівобережжя і перейти на правий бік Дніпра. Тоді в лівобережніх полках знову піднявся народній рух, ворожий Виговському. Наємні частини, що тут лишилися, своїм грабуванням все більше розярювали людей; зокрема ненависть зверталася проти поляків, що поводилися найбільше безоглядно. У Переяславі, Ніжині, Чернигові й інших городах винищено чужі залоги безпощадно. Як жертва народнього повстання упав теж Юрій Немирич — його убили селяни під Биковом (коло Ніжина).

Безпалий і його прихильники стали займати лівобережні полки, почалася жорстока громадянська війна. «Одно містечко воює проти другого, син проти батька, батько проти сина; страшне тут твориться вавилонське замішання» — писав очевидець. Використали це москалі. Трубецький зібрав знову свої сили і рушив на Лівобережжя. Всі міста по дорозі здавалися без боротьби москалям і складали присягу на вірність цареві.

Виговський пробував утвердитися на Правобережжі, але й тут прокинувся ворожий йому рух. Він хотів вияснити козакам своє становище і скликав раду під Германівкою (коло Білої Церкви) 21 вересня 1659 р. Тут боронив він своєї політики і старався виказати користи гадяцької умови. Але на раді опозиція взяла верх, а козаки так вороже віднеслися до гетьмана, що він мусів покинути раду під охороною наємного, польського війська. На р. Узені (коло Білої Церкви) зібралася друга рада і візвала Виговського уступити з гетьманства. Також дорадники і співробітники гетьмана бачили, що дальше неможливо удержати дотеперішньої політики і намовили його виконати зазив ради; Виговський зрікся гетьманства в жовтні 1659 р. Кінець Виговського

о цій резигнації Виговський уступив з відділом наємних військ на Котельню до Хмільника, але звідтам, під напором московських військ, мусів повернути на Дубно. Невдовзі Юрась Хмельниченко добув Чигирин. З тої пори Виговський втратив усі точки опертя на Україні. Від польського короля він дістав уряд київського воєводи і звязану з ним сенаторську гідність. Він лишився дальше прихильником союзу з Польщею і намовив Юрася Хмельниченка відновити гадяцьку умову. Дуже рішучо він обороняв автономію України і старався поширити її межі. Але його заходи викликали невдоволення серед поляків і підозріння, що він знов хоче захопити булаву в свої руки. Як у 1664 р. на Правобережжі піднялося повстання проти Польщі, Виговського обвинувачено, що він мав у тім участь і що змагав до злуки з Московщиною. Польський полковник Себастіян Маховський арештував Виговського порозумінням з Тетерею, і не вважаючи на це, що він є воєводою й сенатором, віддав його під воєнний суд і засудив на смерть. Засуд виконано 19 березня 1664 р. в Корсуні. Тіло нещасного гетьмана перевезла його жінка до Галичини і похоронила в Манявському Скиті. за порозумінням з Тетерею, і не вважаючи на це, що він є воєводою й сенатором, віддав його під воєнний суд і засудив на смерть. Засуд виконано 19 березня 1664 р. в Корсуні. Тіло нещасного гетьмана перевезла його жінка до Галичини і похоронила в Манявському Скиті.