Напередодні його скликання, 7 жовтня 1919 р., було прийнято Декрет Директорії Української Народної Республіки. Доценко О.Літопис Української революції... – С.125.

Піклуючись про найкращий стан Української Святої Православної Церкви, уряд УНР цим декретом підтвердив виданий 1-го січня 1919 р. закон, що православна церква Українська автокефальна, ні від московського, ні від якого другого церковного уряду незалежна. Вищою Православною Церковною Владою в Українській Республіці визнавався лише Церковний Собор Української Православної Церкви. Декретом передбачалося скликати Український Синод не пізніше 14 жовтня 1919 р. Повний устав Синоду мав виробити сам Священний Синод разом з Міністром Ісповідань і керувати ним до Всеукраїнського Церковного Собору. Там же.

14 жовтня 1919 р. відбулося відкриття Священного Українського Синоду. При відкритті Синоду було зачитано згаданий Декрет Директорії УНР та її універсал від 7 жовтня 1919 р. до українського народу про заснування цього органу.

Перед початком діяльності Синоду о 16-й годині дня в університетській церкві св.Миколая був відправлений молебень, на який прибуло чимало духовенства і мирян. Серед них були С.Петлюра, Ф.Швець і А.Макаренко. Молебень правив протоієрей В.Липківський, який говорив про необхідність церковної реформи в Україні, поскільки канони втратили своє значення. Доценко О. Літопис Української революції... – С.119.

Після молебня в кабінеті ректора (І.Огієнка) обговорювалося питання про роботу Святого Синоду. До його складу мали війти: один єпископ, два священники, один диякон і троє мирян. Єпископ Пимон, якого запропонував І.Огієнко, як архієрея Кам’янця, відмовився, посилаючись на не канонічність Синоду. Відмовився і вікарій Амвросій, єпископ Вінницький. А тому вирішили розпочати роботу Синоду без єпископа в такому складі: протоієрей Юхим Сіцінський, Василь Липківський та Макар Крамаренко, миряни – В.Чехівський та декан богословського факультету В.Біднов (Кам’янецького державного університету). Секретарем Синоду обрали М.Крамаренка, головою був тимчасово В.Липківський, але фактично головував проф. І.Огієнко, який в Синоді був як представник влади.

Завдання Святого Синоду було – бути найвищою церковною владою в Україні. Як найвища церковна влада в Україні, Синод повинен був іти в повній згоді з урядом УНР і для цього в його складі мусив бути представник державної влади. Таким представником був сам міністр ісповідань, що викликало незадоволення з боку В.Липківського та В.Чехівського. Доценко О. Літопис української революції... – С.120.

Щоб створити сприятливі умови для дерусифікації і відродження Української Церкви, Рада міністерства, враховуючи досвід західних держав 28 жовтня 1919 р. розмежувала функції Міністерства і Синоду. “Діла Віри, Богослужіння і Суду, - відзначалося в ухвалі, - повинні належати до Священного Синоду, всі інші – до Міністерства ісповідань”. На засіданні було затверджено також і текст законопроекту “Про Віру”, який проголошував домінуючими сповіданнями більшості населення України християнську православну та католицьку східного ісповідання віру, і водночас проголошував право “кожному громадянинові і кожній громаді вільно ісповідувати віру, яку вони бажають, і вільно публічно виконувати обов’язки своєї віри”. Замість Духовних консисторій поставали Церковні Ради. Ляхоцький В. На чолі Міністерства ісповідань УНР // Пам’ять століть. – 1998. - №2. – С.110.

Необхідно зазначити, що, зважаючи на неоднорідність вірувань громадян, І.Огієнко постійно тримав у полі зору питання особистих контактів між різними конфесіями, особливого значення надавав налагодженню поміж віруючими толерантних стосунків. Враховуючи специфіку західних регіонів, певні непорозуміння в ставленні різних гілок християнства до ідеї національної церкви, зумовлені історичним розвитком соціальних та духовних відносин в Україні, прагнучи досягти їх єдності, Іван Огієнко ще 20 вересня 1919 р. запровадив нову структуру – відділ у справах уніатської церкви.

Під опіку І.Огієнка потрапили знедолені біженці греко-католицького віросповідання. Він порушив клопотання перед Директорією УНР про надання їм у Кам’янці-Подільському церкви, зайнявся їх розселенням, працевлаштуванням, побутом.

Не залишалися поза увагою міністра і римо-католики, долю яких, як і побратимів православних, безжально калічила війна. Він сприяв будівництву поляками в м.Гайсині нового костьолу, турбувався про умови релігійних відправ. Завдяки його наполегливим зусиллям отримав іменне забезпечення по старості римо-католицький єпископ Антоній Церру, надавалася грошова допомога пасторам. Ляхоцький В. На чолі Міністерства ісповідань УНР // Пам’ять століть. – 1998. - №2. – С.111. Позитивно вирішив міністр питання про утворення в Україні Євангелійсько-Лютеранської консисторії, дозволено діяльність священиків-лютеран. Мироненко О. Проблеми автокефалії церкви в Українській державі // Мироненко О., Римаренко Ю., Усенко І., Чехович В. Українське державотворення. – С.384.

Він приходить на допомогу десяткам іудеїв, видаючи їм посвідчення громадських равинів тощо. Прикладів толерантності, істинно християнської дієвої доброзичливості Міністра Івана Огієнка, спрямованої на рішучу допомогу кожному, хто її потребував, безліч. Ляхоцький В. На чолі Міністерства ісповідань УНР // Пам’ять століть. – 1998. - №2. – С.111.

Не дивлячись на те, що функції Священного Синоду і Міністерства ісповідань були розмежовані і були створені для їх діяльності більш сприятливі умови, робота Священного Синоду, за відсутністю в його складі архієрея, не могла бути інтенсивною й обмежувалася другорядними справами. До його доробку слід віднести ухвалу формули поминання в церквах уряду УНР, накреслення статуту братств в Україні, загального плану перетворення духовних шкіл на братські колегії, початок підготовчої роботи над складанням парафіяльного статуту, розгляд справи архімандрита Давида (в Шаргородському монастирі), який виголосив ворожу до української справи проповідь. До всіх цих справ був причетний І.Огієнко і як міністр ісповідань, і як член Святого Синоду. Доценко О. Літопис Української революції. – С.120.

Поряд з цим І.Огієнко розробляв акти у справі визнання автокефалії Української церкви, зовнішніх зносин міністерства, зокрема з вселенським патріархом