Сумний перебіг міжконфесійної боротьби на Холмщині і Підляшші значною мірою спонукали Івана Огієнка сконцентрувати свої зусилля як ученого на підготовці до написання цілої серії досліджень з історії Української Православної Церкви. Тимошик М. Голгофа Івана Огієнка. – С.81. Архієпископ Іларіон мав серйозні наміри реалізувати концепцію відродження Української Автокефальної Православної Церкви, основі ідеї якої викладено в “Меморіялі про майбутній устрій Української Православної Церкви”. Цей документ було остаточно схвалено й підписано 31 серпня 1941 р. трьома Холмськими установами: Товариством Українських боголосвів, Архієпископською радою і Єпархіальним церковним братством. Головнішими постулатами цього документа є такі, як: православна церква має взяти найбезпосереднішу участь у відновленні української державності, на чолі якої має стати лише така особа, яка глибоко проникнута релігійними й історичними традиціями; мусимо виконати всенародний заповіт великого митрополита Петра Могили – Українська православна церква мусить стати Патріархією з Патріархом на чолі; уважаємо за свій національний обов’язок голосно сказати, що український єпископат має складатися тільки з свідомих українців; служити народові – служити Богові; богослужбовою мовою церкви мусить бути жива українська літературна мова Тимошик М. Лишусь навіки з чужиною... – С.110-111. та ін. Але в умовах окупації це було нереально.

Перший крок для написання ґрунтовної, що опирається на широкий архівний матеріал, історії української церкви Іван Огієнко зробив у 20-х роках ХХ ст., оперативно видавав у створеному ним самим видавництві “Українська Автокефальна Православна Церква” кілька невеликих за обсягом книжок. 1942 року в Празі побачило світ солідне двотомне видання “Українська церква”. Огієнко І.І. Українська церква: Нариси з історії Української православної церкви: У 2-х т. – Т.1-2. – К.:Україна, 1993. Перший том книги охоплює період від початків християнства серед українського народу ще в доісторичну добу до виходу в світ унікального твору українського друкарства – Острозької біблії 1581 р. Другий том книги висвітлює долю української церкви після приєднання її до Московської митрополії 1686 року.

Вже пізніше відчуваючи потребу доповнення викладеного матеріалу, Огієнко вирішив глибше і досконаліше дослідити окремі періоди – найскладніші й найдраматичніші – історії православної церкви. Внаслідок наполегливої і енергійної праці Іларіона появилися майже одночасно дві його монографії – “Українська церква за Богдана Хмельницького. 1647-1657” Огієнко І. Українська церква за Богдана Хмельницького. 1647-1657. – Вінніпег, 1955. – 180 с. і “Українська церква за час Руїни. 1657-1687” Огієнко І. Українська церква за час Руїни. 1657-1687. – Вінніпег, 1956. – 564 с.. Він інтенсивно підбирав архівний матеріал ще для одного дослідження, однак не встиг реалізувати свого задуму.

На польських теренах Огієнко провів майже 24 роки свого еміграційного життя, плекаючи надію повернутися в Україну. Але влітку 1944 р. німці, відступаючи, знищували на своєму шляху практично все. В цих умовах владика Іларіон організував евакуацію найнеобхіднішого майна єпархії спочатку до міста Кельце, звідти до Криниці й Закопаного, що на Лемківщині, потім до Словаччини й Австрії, ще пізніше – до Швейцарії. Степовик Д. Іван Огієнко // Літ. Україна. – 1992. – 16 січня. Мережа українських церковних приходів, з такими труднощами відновлювана всі ці роки митрополитом Іларіоном, була розгромлена. Загинула його бібліотека, архів і велика картотека.

В Швейцарію Іван Огієнко прибув 30 квітня 1945 р. і зупинився в Лозанні, де протягом двох місяців перебував у таборі переміщених осіб, а потім його прийняли до притулку “Бетань”. В ньому емігрантам надавався безкоштовно догляд і притулок.

В Швейцарії найголовнішою справою для себе на той час Огієнко вважав відновлення діяльності заснованого у Варшаві українського видавництва “Наша культура”. Розв’язати цю проблему допоміг йому український патріот – емігрант, що проживав у Парижі і взяв на себе функції адміністратора “Нашої культури” з організації друкування українських книжок, збору замовлень і налагодження мережі їх поширення. Серед творів, які були написані в Швейцарії, - “Дохристиянські вірування українського народу” (1946 р.), “Українська церква й наша культура” Тимошик М. Лишусь навіки з чужиною... – С.134, 136. та ін.

Інтенсивно займаючись своєю улюбленою науковою працею, виданням українських книжок, митрополит Іларіон і на новому місці не полишав свою повсякденну душпастирську діяльність. В його юрисдикції залишалися кілька православних українських парафій в Австрії та Німеччині – у Ляндеку, Брегенці, Пферцгаймі та ін.

Разом з тим Огієнко вів активне листування, передусім з українськими емігрантами, розкиданими війною по всіх європейських країнах, зневіреними і знедоленими земляками. Він листувався з найповажнішими на той час українськими часописами Європи і Америки: “Український голос”, “Новий шлях”, “Український робітник”, “Свобода”, “Канадійський фермар”, “Америка”, “Пора”, “Наш клич”, “Перемога” – за 1947 р. у нього значиться 572 адреси. Їх географія – якнайширша: Франція, Німеччина, Фінляндія, Канада, Ліхтенштейн, Аргентина, Італія, Туреччина, США, Китай та ін.

Але непевне становище в Швейцарії що далі більше переконували митрополита Іларіона в необхідності виїхати з цієї країни. Після великої кількості клопотань та звернень до різних країн і діячів 18 травня 1946 р. він одержав запрошення від православної громади собору Святої Покрови з Вінніпега на переїзд до Канади. Це трапилося тому, що Огієнка і як державостворця і як ученого, і як релігійного діяча в захисті української справи добре знали не лише в Європі, а й на далекому американському континенті.

В останній день перебування в Швейцарії, 16 вересня 1947 р., митрополит Іларіон