Ослаблення турецької могутності дало можливість польським військам визволити частину Поділля й оволодіти Немировим. Це місто стало резиденцією призначеного королем гетьмана Стефана Куницького, якому підпорядковувалися правобережні козаки. Новий гетьман почав заселяти міста й села, створювати козацьке військо. Однак у грудні 1683 року після невдалого походу проти татар у Буджак козаки вбили Куницького і обрали гетьманом Андрія Могилу. Та й цьому гетьману не вдалося організувати козацтво: частина козаків на чолі з Семеном Палієм пішла на Запорожжя, решта — на Лівобережжя. Проте уряд Речі Посполитої всіма силами намагався утримати під своєю владою Правобережну Україну: у 1684 році король Ян Собєський видав приповідні листи (дозволи) козацьким полковникам Семену Палію, Захару Іскрі, Андрію Абазину і Самійлу Самусю на створення козацьких полків і заселення краю людьми. А водночас польський уряд розпочав переговори з Російською державою про укладення договору, спрямованого проти Туреччини й Кримського ханства.

У жовтні 1684 року до Батурина прибув з Москви думний дяк Омелян Українцев для переговорів з гетьманом Іваном Самойловичем з приводу пропозицій Речі Посполитої. Гетьман відраджував вступати в союз з поляками, які відвоювали Правобережну Україну і тепер намагаються закріпити своє становище при допомозі військових сил Російської держави. Гетьмана підтримував і луцький єпископ князь Гедеон Четвертинський, який перейшов на Лівобережну Україну, бо на Правобережжі зазнавав гоніння від католиків; там його примушували перейти в унію. На початку 1685 року Іван Самойлович відряджав до Москви свого посланця Василя Кочубея, який знову підтверджував гетьманську позицію щодо взаємовідносин з Річчю Посполитою, що претендувала на українські землі й утискувала православну церкву на Правобережжі.

1685 рік приготував гетьману Івану Самойловичу тяжкі сімейні втрати. 20 березня померла його старша дочка Параска, яка була дружиною київського воєводи боярина Федора Шереметєва. Минуло лише два місяці після цієї сумної події, і нове нещастя спіткало гетьманську сім'ю. 19 травня раптово помер його старший син Семен, стародубський полковник (1680 — 1685). Гетьман болісно переживав ці непоправні втрати. Тоді ж у листі до боярина і князя Василя Голіцина Самойлович писав: "Після першої моєї тяжкої печалі, що після смерті дочки моєї боярині Параски ще не утішилася, спіткала мене від Божого помислу друга тяжка печаль — любий мій син першородний Семен Іванович, полковник стародубський, надія моєї старості, скінчив своє життя". Голіцин надіслав гетьману співчутливого листа, називаючи його "приятелем" і "люб'язним братом".

За часів гетьманства Самойловича втратила свою автокефальність (незалежність) українська православна церква, ієрархія якої була висвячена єрусалимським патріархом Феофаном 1620 року. Восени 1684 року московський патріарх звернувся до гетьмана з пропозицією обрати київського митрополита, який би дав згоду, щоб київська митрополія була залежна не від константинопольського, а від московського патріарха. На цю посаду гетьман радив обрати луцького єпископа князя Гедеона Четвертинського (небіж єпископа Юрій Четвертинський був зятем Самойловича — чоловіком його молодшої дочки Анастасії). Вибори (елекція) відбулися в Києві у день Петра і Павла — 29 червня 1685 року в храмі св. Софії. Окрім духовенства, на вибори прибули гетьманські посланці — генеральний осавул Іван Мазепа і полковники: чернігівський — Василь Борковський, ніжинський — Яків Жураховський, переяславський — Леонтій Полуботок і київський — Григорій Коровченко (у 1677 — 1678 рр. він був чигиринським полковником і відзначився в обороні Чигирина від нашестя турків і татар). Як і передбачалося, митрополитом обрано Гедеона Четвертинського.

20 липня 1685 року Самойлович надіслав патріарху московському і всія Русі йоакиму, царям Івану і Петру Олексійовичам листи з повідомленням про церковний собор у Києві та вибори митрополита Гедеона Четвертинського і прохання затвердити "права і вольності духовного чину" в Україні. Царська грамота підтверджувала всі привілеї київської митрополії. Посвячення Гедеона Четвертинського в сан митрополита київського відбулося 8 листопада 1685 року в московському Успенському соборі в присутності вищого духовенства і царів. Того ж дня в Константинополь відправлено посольство на чолі з дяком Микитою Алексєєвим та полковником Іваном Лисицею з грамотами до патріарха Діонісія і проханням визнати підпорядкування київської митрополії московському патріархові. Патріарх спочатку відтягував своє рішення, але під впливом великого візиря Туреччини дав згоду й розіслав на початку 1686 року соборну грамоту з закликом до всіх віруючих і священнослужителів Київської митрополії визнати Гедеона митрополитом і підкорятися його авторитетові духовного пастиря. Таким чином, Київська митрополія канонічне увійшла до Московського патріархату. Ця залежність тривала понад три сотні років. Лише тепер Українська православна церква вільна.

Царський уряд і в 1685 році продовжував консультуватися з гетьманом Іваном Самойловичем з приводу підготовлюваного союзного договору Російської держави з Річчю Посполитою. З приводу цього гетьман 12 грудня 1685 року відправив до Москви "інструкцію" з викладом своєї позиції: "Гірше всього з'їдає нас жаль, що польська сторона природною лукавою хитрістю своєю на Андрусівській комісії домоглася таких речей, котрі як щодо Києва, так і щодо Запорожжя нині великих государів наших стороні залишаються шкідливими... І так лукавою хитрістю своєю та лядська сторона в договорах перемирних домоглася того, аби Запорожжя як до їх великих государів належить, так і їм належало, тепер з цієї причини намагається вдиратися в усю Малу Росію, і