Над гетьманом і його родиною була вчинена жорстока розправа: його самого заслано до Сибіру — в місто Тобольськ, а сина Якова з дружиною — в Єнісейськ, дружину гетьмана відправлено на постійне мешкання в містечко Седнів (Чернігівщина) до молодшої дочки; сина Григорія скарано на смерть у місті Сєвську.

Конфісковано (за дослідженням Миколи Костомарова) в Івана Самойловича значні багатства: села, господарські маєтки, промисли, худобу, коней, столовий срібний посуд, золоті й срібні прикраси з коштовними каменями, оздоблену зброю, дорогі хутра, велику кількість чоловічого й жіночого одягу, збрую, екіпажі тощо, а також велику кількість грошей: 4916 золотих червінців, 47432 срібні талери (на Україні вони називалися ще єфімками), 2286 срібних левків (турецька монета), 3814 срібних копійок, 3000 срібних чехів (російських півторагрошовиків). Половина цих багатств передавалася в казну Російської держави, а решта перейшла в розпорядження новообраного, гетьмана Івана Мазепи. З цього грошового скарбу і пожитків він передав князю Василю Голіцину 11000 крб. (золотими червінцями і срібними талерами), понад три пуди срібного посуду, різних речей на 5000 крб. і трьох породистих коней з сідлами.

Іван Самойлович скінчив життя 1690 року в далекому Тобольську. Він належав до непересічних постатей в багатостраждальній історії України, виступив як один з багатьох борців за об'єднання українських земель в єдину державу — соборну Україну, посів гідне місце в її минувшині. Отож і слава про його п'ятнадцятирічну гетьманську діяльність не згасла і не згасне у пам'яті українського народу, який лише нещодавно здобув собі незалежність і свободу.  

------------------------------------------------------------------

1. За одними відомостями Іван Мазепа був генеральним писарем (ЛІ. І Костомаров), за іншими — ротмісіром гетьманської хоругви (Д. І. Яворницький). Можливо, в різний час це було саме так.

2. Бантыш-Каменский Д. История Украины. От водворения славян в сей стране до уничтожения гетманства. Киев-Петроград (без року). — С. 821 — 323.