На Переяславській раді були зачитані й схвалені статті, складені в Москві. Вони визначали державний статус Правобережної України, яка відтоді оголошувалась підвладною Російській державі. Остання зобов'язувалась захищати населення краю від іноземних завойовників. Реєстр правобережного козацького війська повинен мати 20 тисяч козаків. Населення мало за рахунок податків утримувати це військо й виконувати повинності на користь держави і власників маєтків. Козаки зберігали свої давні привілеї. Генеральні старшини, полковники, сотники та інші "чиновні люди" Війська Запорозького з правого берега Дніпра присягали й підписували ці статті.

Після Переяславської ради з'явився посланець гетьмана Петра Дорошенка — Іван Мазепа, який у його війську обіймав старшинську посаду1, з листом, де гетьман виявляв готовність вести переговори з воєводою і гетьманом про перехід на царську службу при умові, що козацтву не будуть порушені стародавні права і вольності. Не довіряючи царським милостям, Петро Дорошенко ще два роки не зрікався гетьманства й перебував у своїй резиденції — Чигирині.

Після Переяславської ради Іван Мазепа ще деякий час перебував на службі в гетьмана Петра Дорошенка, який зберіг значні військові сили й владу на Правобережній Україні, не розривав союзу з Туреччиною і Кримським ханством, відмовлявся підкорятися Івану Самойловичу. Воєвода Григорій Ромадановський і гетьман Іван Самойлович готували сили для нового походу на Правобережжя, щоб примусити Дорошенка до покори.

Сподіваючись отримати військову допомогу від турок і татар, Петро Дорошенко відрядив свою довірену особу — Івана Мазепу з листами до кримського хана і турецького султана. Посланця гетьмана супроводжували дев'ять татарських воїнів, які стерегли п'ятнадцятеро українських невільників, призначених для подарунку кримському ханові. Неподалік Інгул-річки запорозький загін натрапив па це посольство, перебив татар і привів Івана Мазепу в Запорозьку Січ на козацький суд. Це сталося 11 червня 1674 року. На козацькій раді запорожці ледве не вбили Івана Мазепу; його врятував Іван Сірко й старі козацькі отамани, які звернулися з таким проханням: "Панове браття, просимо вас, не убивайте цього чоловіка, може він вам і вітчизні нашій колись знадобиться".

Закованого в кайдани Івана Мазепу разом з листами Петра Дорошенка кошовий отаман Іван Сірко відправив до гетьмана Івана Самойловича для відсилки в Москву. Разом з тим у листі до гетьмана кошовий отаман клопотався про звільнення бранця: "Покажи милість свою, як батько милосердний, щоб він у неволі не був і щоб військо запорозьке, яке дарувало йому і волю, й життя, і здоров'я, не стало говорити, що Сірко засилає людей у неволю". Іван Самойлович, допитавши Мазепу в Батурині, відправив його з листами до Москви і таким же проханням, як і Сіркове. Гетьман цим демонстрував, що Петру Дорошенкові не можна довіряти, і це підтверджували листи до хана і султана, а також свідчення Івана Мазепи на допиті в Малоросійському приказі. Очевидно, в Батурині порозумілися Самойлович і Мазепа, про що свідчать їх стосунки після повернення останнього з Москви на Україну.

Переяславська рада і об'єднання Правобережної України з Лівобережною під управлінням гетьмана Івана Самойловича, проголошення протекторату і заступництва Російської держави спричинилися до того, що на Правобережжя вторглися спочатку війська Речі Посполитої. Жовніри грабували населення Брацлавського і Кальни-цького полків. Польське військо захопило Вінницю, чимало міст і сіл Забужжя і Подністров'я. Про ці події гетьман Іван Самойлович повідомив у Москву, звідки надійшов царський указ вимагати від польського командування виводу війська з території, оголошеної підвладною Російській державі.

Услід з польськими військами на Правобережжя посунули турецькі й татарські орди. В Ладижині турки взяли в облогу охотницький полк на чолі з полковником Андрієм Мурашком, якого відрядив туди гетьман Іван Самойлович. Козаки героїчно стояли супроти значних ворожих сил, якими командував сам візир. Але не витримали й здалися: турки скарали Мурашка на смерть, а козаків забрали в полон і відправили на галери. Турецькі завойовники зруйнували міста-фортеці Тульчин, Умань, Тростянець, Бершадь та інші. Правобережна Україна підпливала козацькою кров'ю. Гетьман Петро Дорошенко не зміг ні зупинити вороже нашестя, ні захистити правобережне населення від наруги лютих ворогів.

У липні 1674 року російські стрільці під командуванням воєводи князя Ромодановського перейшли Дніпро на правий бік з наміром примусити Петра Дорошенка здатися. Тим часом Дорошенко укріпив фортецю в Чигирині: там зібралося близько п'ятнадцяти тисяч озброєних оборонців — найманих козаків, місцевих міщан і селян. 23 липня російське та козацьке військо взяли в облогу Чигирин. Облога тривала до 10 серпня і безрезультатно: почувши про наближення татарської орди на чолі з кримським ханом, воєвода і гетьман припинили облогу і відвели свої війська до Черкас, а звідти на Лівобережжя. Услід за ними відступали тисячі міщан і селян, рятуючись від ворожого нашестя.

Спустошивши, пограбувавши й заливши кров'ю Правобережну Україну, турецькі орди повернулися за Дністер. Вони залишили напризволяще свого колишнього союзника гетьмана Петра Дорошенка, від якого відцуралися його полковники й козаки, а також і все населення. Після відходу турків на Правобережжя вступило польське військо під проводом короля-полководця Яна Собєського, щоб закріпити там панування Речі Посполитої, до володінь якої правобережні українські землі відійшли за умовами Андрусівського договору про перемир'я з Російською державою (1667). Польські військові гарнізони з'явилися в Паволочі, Білій Церкві, Рашкові, Немирові, Барі, Меджибожі, Кальнику та інших містах. Однак населення продовжувало переходити на лівий берег Дніпра й шукало притулку в полках гетьмана Івана Самойловича. Польські війська уникли сутичок з російськими стрільцями й козаками: Річ Посполита