У 1616 році Сагайдачний і 2 000 козаків знову вийшли у Чорне море. Біля Дніпровського лиману напали на нового начальника турецького флоту і змусили його відступити у відкрите море. Потім і самі вийшли у море, одразу взявли ліворуч і підплили до турецького міста Кафи (Феодосія), в якій знемагало багато нещасних невільників-християн. Місто одразу було “взято на спис” і спалене, а всі визволені невільники приєдналися до козацького війська.

Від Кафи Сагайдачний знову подався до Сінопу й далі до Трапезунду і здобув приступом обидва міста. Розбивши турецького пашу, частину суден потопив, частину захопив із собою і повернувся назад з багатою здобиччю. Тим часом турки, відкинуті ним раніше у відкрите море, знову скупичилися біля гирла Дніпра і перетнули шлях запорозькому війську. Але Сагайдачний, дізнавшись про місце розташування турків, пішов не до дніпровського гирла, а до гирла Дону, вибрався там на суходіл і благополучно попрямував на Запорожжя.

За час його відсутності на Січ увірвався Шикша-Ібрагім-паша, пограбував запорозькі житла, забрав у полон кількох козаків і повернувся з ними назад. Але на річці Кініські води на нього несподівано обрушився Сагайдачний, "усіх бусурманів перебив, здобич забрав, християнських бранців визволив".

Руйнування січі Ібрагім-пашою стало підставою її перенесення на інше місце, оскільки острів Базавлук, на якому вона розташовувалася раніше, був замалий і щодалі більше розмивався Чортомликом. За згодою товариства, Сагайдачний піднявся чайками угору до острова Хортиці і став кошем на руїнах городка Дмитра Вишневецького. З часів перебування в урочищі Хортиця Петра Сагайдачного збереглося кілька назв. Великий камінь, який формою нагадує турецьку софу й понині носить назву "ліжко Сагайдачного" або "крісло Сагайдака", камінь на одному з острівців звався "люлькою Сагайдачного". Пробула Запорозька Січ на Хортиці недовго – сім або вісім років. Після смерті Сагайдачного, коли кількість війська зменшилася, Кіш був перенесений на старе місце – захований лиманами та плавнями острів Буцький або Томаківку.

Дивовижну сміливість, швидкість та руйнівну силу походів запорожців у другій декаді XVII ст. можна пояснити не лише перевагами козацької тактики морських боїв, а й тим, що на чолі запорожців стояв такий геніальний поводир, як Петро Сагайдачний. Таких гучних успіхів козаки до Сагайдачного та й після нього, хіба що за кошового отамана Сірка, ніколи не мали. Результатом походів стало не лише здобуття великої військової здобичі та звільнення бранців, а й зростання та зміцнення козацького війська.

Не останнє значення в цьому мали перетворення, здійснені Петром Конашевичем, який систематично проводив реорганізацію козачого війська. Почав з того, що очистив його від усяких “захожих елементів”, що нищили військову дисципліну і зводили військо на безпуття. Весь військовий склад був вписаний в королівський реєстр. Сагайдачний подбав про те, щоб кожний козак мав рушницю, а не старосвітський лук, а також власного коня. Можливо саме тоді були введені елементи муштри, час від часу проводився перегляд війська.

Сагайдачний підтримував дуже сувору дисципліну в козацьких полках. Неслухняних карав на горло: "він був такий суворий, стримуючи козацьке свавільство, що з найменшої причини проливав щедро їх кров" (за що неодноразово усувався з посади). Сагайдачний знав, що без війни козаки не можуть жити, бо військова платня була замалою і підтримувати достаток можливо було лише за рахунок військової здобичі. Та він добре розумів, що війна може бути успішною тільки якщо її вести доцільно, з доброю організнцією.