Після розпаду Центральної ради 28 квітня 1918 року, наступного дня в залі засідань Ради зібралися незаарештовані депутати, похапцем затвердили конституцію, внесли зміни до земельного законодатства і проголосили М. Грушевського Президентом Української Народної Республіки (УНР), якої вже не існувало. Саме в цей час під наглядом німецьких військових частин на Софійській площі було названо гетьманом України Павла Скоропацького, який узяв на себе тимчасово “усю повноту влади”.

Увеь період Гетьманщини професор перебував у підпіллі. Ще раз його побачили 22 січня 1919 року на Софійській площі, де урочисто проголосили акт злуки Унр і ЗУНР. Але вже 6 лютого війська Директорії, яка постала замість Гетьманщини, здали Київ Червоній Армії. В останні дні свого перебування на Україні М. Грушевський пробував створити Директорії опозицію, якою мав стати Комітет захисту республіки.

Опинившись під загрозою арешту, М. Грушевський їде закордон.

На початку 1921 р. українська делегація на Ризьких переговорах передає Грушевському запрошення повернутися на Україну. Вчений вступає у переговори з головою Раднаркому УСРР Х. Радковським, і у березні 1924 р. родина Грушевських повертається на Україну.

Незадовго до цієї події Грушевського було обрано академіком Української академії наук. Він повертається на Україну працювати. Протягом 20-х років навколо М.Грушевського створюється школа дослідників різних напрямків історії, культури, літератури українського народу, відтворюються академічні інституції: він очолив академічну кафедру історії українського народу; створив науково-дослідницьку кафедру історії України; налагодив контакти із науковим зарубіжним світом. Таким чином, вчений об’єднує навколо своїх Історичних установ (таку назву отримали всі комісії і кафедра) більш ніж 200 вчених. На базі історичних установ почала формуватися “Київська” школа Грушевського. Він також відроджує наукови історичний журнал “Україна”, створює соціолого-етнологічний журнал “Первісне громадянство”, та суспільно-літературний “За сто літ”.

Високий рівень кваліфікації вчених давали змогу здійснитися давнішній мрії вченого про відкриття двох науково-дослідницьких інститутів – Історії України та Первіснообщинного суспільства і народної культури. Але здійснитися цим мріям так і не судилося. Наприкінці 1920-х років почалися “чистки” серед української інтелигенції. Було “реорганізовано”, тобто знищено усі комісії Грушевського та науково-дослідницьку кафедру. В 1933-1934 було звільнено, а пізніше репресовано майже всіх вчених Грушевського.

Сам вчений в 1931р. переїхав до Москви, де його фактично інтернують, ставлять під постійний нагляд ДПУ, часто викликають на допити, але дають можливість працювати в архівах. Ніби відчуваючи наближення кінця, вчений, незважаючи на значну втрату зору, продовжує інтенсивно працювати. Восени 1934 р. дружина історика Марія Сільвестрівна домоглася дозволу на короткочасну поїздку до Кисловодська, щоб трохи підлікувати чоловіка. Під час перебування в санаторії для вчених М. Грушевський раптово помер.

Як було вже сказано вище М. Грушевський належав до тих небагатьох видатних вчених, які не тільки самі зробили величезний внесок але й створили свої власні наукові школи. При чому Грушевський створив навіть не одну адві історичні школи. За місцем їх створення та діяльності в сучасній українській історичній науці їх умовно прийнято називати “львівською” і “київською”. Фактично ж вони відповідають львовському (1894-1914) і київському (1924-1930) періодам життя Грушевського. “Львовська історична школа Грушевського” дала країні академіка Івана Крипякевича (пізніше він також створив свою школу), Івана Джиджору, Мирона Кордубу, Степана Томашивського, Івана Кривецького, Василя Герасимчука…- всього біля 20 чоловік.

До Київської школи належать А. Баранович (історик), Т. Гавріленко (етнограф, фольклорист), С.Глушко (ісорик), П. Глядковський (етнограф, фольклорист), Е. Грушевська (дочка, історик, етнограф), В. Євфимовський (історик, архівіст), В. Игнатенко (історик, відомий у 20-х роках бібліограф), М. Карачківський (історик), В. Костащук (історик, галичанин), Д. Кравцов (історик), П. Нечипоренко (історик, архівіст), О. Павлик (історик, галичанин), Ф. Савченко (історик, особистий секретар М.Гушевського), О. Степанишина (історик), Н. Ткаченко (історик), Л. Шевченко (етнограф, онука брата Т.Шевченка), В. Юркевіч (історик) та багато інших..

Науково-педагогічна й публіцистична спадщина М.Грушевського не обмежується його капітальними працями, трактатами, статтями, численними курсами лекцій, які він читав з університетських кафедр. Дбаючи про поширення історичних знань, учений поряд з уже згадуваним вузівським підручником написав ще й дві книжки для школярів.

А взагалі загальний внесок М. Грушевського у розвиток української науки неоцінимий.

У теперішній час у будинку Музеї історії Києва постійно працює виставка “Цель, смысл и счастье жизни”, велике місце в якій відведено співробітникам і учням Великого Українського Історика.