"...Учинили з уманським, кальницьким, паволоцьким, корсунським і іншими полками раду під Уманем і вибрали гетьманом уманського полковника Ханенка, а писарем у нього Суховія", — повідомляла московського царя 8 вересня 1669 року канцелярія гетьмана Лівобережної України Дем'яна Многогрішного. Так, підтримувані різними політичними течіями, стали в Україні водночас аж три гетьмани — Дорошенко, Многогрішний та Ханенко. Звичайно ж, це не могло не вплинути на державотворчі процеси. Втім, влада над окремими територіями різних гетьманів не означала розпаду Української держави. В єдиний її організм продовжували з'єднуватися економічні, політичні, етнічні, релігійні та інші фактори.

Відразу по обранню нового гетьмана, між його прихильниками та полками Дорошенка зав'язалася кривава війна, під час якої з кожним роком гинуло все більше українців. Спочатку Ханенко намагався об'єднатися з силами лівобережного гетьмана Многогрішного, але той відмовив йому. Тоді Ханенко разом із колишніми гетьманами Юрієм Хмельницьким та Суховієм вирушив у похід проти свого політичного противника. Самовидець свідчить, що "...мусив Дорошенко в городі Стеблеві зачинитися, якого приступом Ханенко діставав і вже на валу козаки були. Аже Сірко діставав... додав оному помочі". Крім військ Івана Сірка та білгородського хана на допомогу оточеним військам Дорошенка прибули полки його брата Григорія і канівського полковника Лизогуба. Ситуація на полі бою різко змінилася — тепер уже Ханенко з десятитисячним військом мав оборонятися. 29 жовтня 1669 року він був ущент розбитий об'єднаними силами дорошенківців. Разом із декількома сотнями Ханенко ледве встиг видертися з кільця і відступити на Січ, де його обирають кошовим отаманом. Запорожці не могли пробачити Дорошенку його "братання" з невірним султаном, споконвічним ворогом січовиків. Саме тому низове козацтво вирішило підтримати того гетьмана, який, на їхню думку, послідовно продовжував боронити "православну віру, отчизну і козацькі вольності".

Опираючись на запорожців, Ханенко не забував про налагодження добрих стосунків з Кримським ханством. Навіть татарський посол у Варшаві називав Дорошенка "зрадником" і на офіційному рівні підтримував уряд Ханенка. Нунцій Марескоті повідомляв папу римського Клементія Х про підданство Дорошенка "ворогові всіх християн". Формуванню негативного політичного іміджу свого противника сприяв і сам Ханенко. Його листи до польського короля красномовно свідчили про те, що Дорошенко присягнув на вірність турецькому султану Магомету IV, але сам обвинувачений, апелюючи до варшавських урядовців не погоджувався з такою оцінкою своїх дій.

З початком нового 1670 року гетьман Війська Запорозького Михайло Ханенко підтримував тісні політичні зв'язки з Варшавою. Але разом з тим він започаткував дипломатичні стосунки з Москвою. "Аби твоїм ходатайством войсько запорожское під руки царські могли знаходитись", — прохав Ханенко царя Олексія Михайловича, розуміючи, що без підтримки східного сусіда йому не втримати булави. Його посольство на чолі з полковником Обідою отримало у московській столиці невеличку дипломатичну перемогу — на Запорожжя воно повернулося з царською грамотою, яка прощала всі попередні виступи січовиків проти царя.

З перших кроків гетьманування Ханенко намагався заключити договір з Річчю Посполитою. Для цього він наприкінці серпня 1670 року вислав до Острога, де перебували польські комісари, спеціальне посольство на чолі з С. Богаченком. За кілька тижнів було укладено польсько-український договір про регулювання взаємовідносин між урядами гетьмана та короля Михайла Вишневецького. Українські історики досить негативно оцінюють рішення Острозької комісії. Політичні, економічні та конфесійні права українського народу порівняно з попередніми договорами значно обмежувались, але в боротьбі з гетьманом Дорошенком Ханенко отримував деяку перевагу. Добиваючись ще більшого визнання в польського короля, Ханенко намагався утримати кримських ханів від виступів проту Речі Посполитої. Треба відзначити, що діяльність Ханенка в перші два роки гетьманування вельми шкодила ідеї Петра Дорошенка щодо відновлення соборної української держави.

Однак, панівні кола Польщі не виявили одностайності в підтримці Ханенка. Коронний гетьман Ян Собєський та підканцлер Андрій Ольшевський висловлювалися проти визнання його єдиним гетьманом Правобережної України. Очевидно, саме тому король не віддав булави козацьким послам С. Богаченку, Г. Пелеху, З. Білому, які отримали від нього інші козацькі клейноди та двадцять тисяч злотих. Козацька рада у Корсуні, яка відбулася 22 лютого 1671 року, висловила протест проти дій Ханенка та запорожців у зв'язку з Острозькою комісією. На Раді зазначалося, що острозькі умови повертають Україну до її стану перед Визвольною війною, старшина, яка підтримувала Дорошенка, відмежувалася від прийнятих рішень і заявила, що не допустить приходу польської шляхти на українські землі.

У травні 1671 року коронний гетьман Собєський оголосив про скликання посполитого рушення в Правобережну Україну. На початку липня чотирнадцятитисячне польське військо вступило на землі Поділля. Михайло Ханенко відрядив до Собєського свого посла, який 16 серпня мав розмову з коронним гетьманом. Він повідомляв, що у військах правобережного гетьмана нараховується шістнадцять тисяч козаків і п'ять тисяч калмиків. Щоб ударити в тил полкам Дорошенка, Ханенко чекав на прихід польських військ. Після того, як Собєський завоював землі Правобережжя понад Бугом (від Меджибожа до Брацлава), до нього знову прибули посланці від козацького ватажка. Ханенко сповіщав, що він із військом отаборився неподалік від Чигирина. До нього приєднався Іван Сірко, з ним Ханенко збирався воювати білгородських татар — союзників Дорошенка. Ханенко, щоб заохотити запорожців до