Іван Сірко, який був одним із головних винуватців розгрому полків Ханенка під Стеблевим у 1669 році, постійно змінюючи упродовж незначного часу свої політичні орієнтири, нарешті перейшов на бік правобережного гетьмана. Разом вони розбили кримського хана Селім-Гірея, який намагався допомогти Дорошенкові, напали на татарські улуси Білгородщини, а ще згодом навіть здійснили сшльві походи на турецькі міста Аслам і Джан-Кермен.

До шести полків Ханенка приєдналися зі своїми відділами полковники Зеленський, Гоголь і Костянтин. Козаки правобережного гетьмана вступили у Ямпіль, а потім Брацлав. Цікаво, що польську залогу Ханенко не допустив у ямпільську фортецю. 8 жовтня 1671 року український гетьман зустрівся з Собєським у Брацлаві, де відбулася спільна польсько-українська нарада з військових питань.

Поляків репрезентували коронний гетьман Ян Собєський і князь Дмитро Вишневецький, а українців — гетьман Ханенко та його старшина (полковники Сірко, Зеленський, Лисиця, Іскрицький та ін.). Було вирішено просуватися до Кальника (козаки цього міста підтримували Дорошенка). Другого дня відбувся бенкет, на якому пилася — декілька жбанів — українська горілка, а польська артилерія стріляла з усіх гармат.

Наступні події свідчать, що гетьман Ханенко не був черговою маріонеткою в руках польських урядовців. Його принципова позиція в недозволі на знаходження польських гарнізонів у полкових містах переконує — Українська держава існувала, незважаючи на деяку політичну децентралізацію. Старшина Ханенка, звертаючись до Собєського. казала: "...Доволі того, що ми вам кляняємось, і беремо вашу протекцію, але залоги не приймемо".

Все ж полякам, удавшись до хитрощів, вдалося оволодіти Брацлавом, важливим стратегічним центром Правобережної України. Для проведення наради старшину виманили в табір за мури фортеці, після чого польське військо оволоділо старовинним козацьким укріпленням. Згодом Ханенко разом з Собєським оточили полковий Кальник, обороною якого керував наказний полковник Урбанович. Джерела свідчать, що коронний гетьман не мав великого бажання штурмувати місто, але Ханенко наполягав на цьому. Після невдалих переговорів з кальницькою старшиною розпочалося бомбардування фортеці. Було кілька невдалих спроб, і тоді Собєський вдався до тривалої облоги, аби голодом зламати мужніх оборонців.

Наприкінці жовтня до польсько-українського табору прибули королівські посли, які привезли гетьманську булаву й тисячу червоних золотих для Ханенка. Але коронний гетьман поділив гроші між козацькою старшиною. Гетьманові Ханенку дісталося лише триста золотих. Сіркові — двісті. Відразу ж по цьому зібралася козацька Рада, на якій запорожці із рук каштеляна Лужицького передали булаву своєму отаману. Цей акт означав, що польський король офіційно затверджує гетьманом Михайла Ханенка.

Коронне військо непевно почувалося в чужому краї, Собєському так і не вдалося оволодіти Кальником. Як не дивно, але й Ханенко також не відчував спокою. І тому він прохав коронного гетьмана, щоб той дав йому для особистої охорони десять польських хоругв. Між українськими козаками і польськими жовнірами раз-по-раз виникали збройні сутички. Стали напруженими взаємини і самих ватажків козацтва — Ханенка та Сірка. Сірко мав більший вплив серед запорожців, ніж Ханенко, який не довіряв своїй старшині. Серед січовиків почалися заворушення, спричинені малою платнею короля. І тому гетьман Ханенко заявив, що готовий віддати свою булаву Дорошенку, якщо той випустить на волю його дружину і старшого сина. Такі дії правобережного гетьмана викликають повагу, однак, можливо, то був просто дипломатичний хід заради визволення своїх рідних. До того ж оголошена відставка гетьмана могла заспокоїти невдоволених козаків.

Багато полкових міст, які перебували під впливом Ханенка, почали схилятися під владу гетьмана Дорошенка. Козаки звинувачували свого гетьмана в тому, що він допустив розташування польського гарнізону в Брацлаві. Однак, козацькі полки й сотні, які залишалися вірними Ханенку, постійно воювали з польськими залогами у Ладижині, Рашкові та інших містах Правобережної України. В грудні 1671 року Дорошенко з двадцятисемитисячним військом підступив до Ладижина. Ханенко з козаками зачинився у замковій фортеці. На вимогу видати свого гетьмана, Ханенкова старшина 9 грудня відповіла Дорошенку листом, який дуже цікавий з погляду на ідеологічні засади тієї частини українського козацтва, котра підтримувала Ханенка протягом його правління. Докоряючи Дорошенку за союз із турецьким султаном, ханенківці радили йому:

"Віддалися від поганської протекції і поклонись королеві, природному свому панові... Тоді наш побачить Пан твою прихильність і покору, а Військо Запорозьке теж побачить твою до себе зичливість, будь, Ваша Милість, певен, що його Милість Пан Гетьман наш дані собі од короля клейноди і знаки військові положить, і по злученню братерському з нами всіма й військо коронне без труднощів відступлять. А тоді запевно і віра свята, і мила отчизна будуть краще процвітати вольностями своїми...". Це свідчення переконує, що не лише амбіційними намірами керувався Ханенко під час свого гетьманування, як це йому закидають деякі історики.

У грудні 1671 року Михайло Ханенко вислав послів на сеймик Люблінського воєводства, він прохав внести на сейм Речі Посполитої пропозиції про визнання православної віри не тільки на території України, а й скрізь — у Короні Польській та Литовському князівстві. Далі був пункт про Київську Академію і школи для українців. Ханенко пропонував найвищому законодавчому органу шляхетської республіки забезпечити вольності козаків у королівських, магнатсько-шляхетських та духовних маєтностях. 26 січня 1672 року відкрилася сесія сейму, яка мала вирішити ці та інші питання, але вже в лютому вона була зірвана.

За свідченням Г. Грабянки загальне керівництво над польсько-українськими військами після від'їзду Собеського до Польщі було покладене на гетьмана Ханенка. На його