Для інформації про рішення з’їзду, а також для досягнення домовленості про форму взаємостосунків між РСФРР і радянською Україною, наприкінці березня було ухвалено направити до Москви надзвичайне повноважне посольство ЦВК рад України і Народного секретаріату. У спеціальному мандаті значилося: «Іменем Української робітничо-селянської Республіки. Робітничо-Селянський уряд України – Центральний Виконавчий Комітет Всеукраїнської Ради робітничих, селянських та солдатських депутатів та Народний Секретаріат Української Народної Республіки уповноважує Надзвичайне Повноважне Посольство декларувати самостійність Української Совітської Федеративної Республіки перед Урядом Російської Совітської Федеративної Республіки і вести переговори з Радою Народних Комісарів відносно заключення договору між обома Совітськими Федераціями – Російською та Українською».

Надзвичайне повноважне посольство очолив голова Народного секретаріату і народний секретар закордонних справ М. Скрипник.

У Москві М. Скрипник відразу підготував статтю «Новий стан революції на Україні», в якій зробив спробу дати повнішу й точнішу інформацію про події в республіці, які часто висвітлювалися хибно російською пресою. У статті йшлося про розстановку сил, настрої мас, ставлення до Брестського миру, взаємини з лівими есерами, перспективи революційної боротьби. Спеціально виділявся розділ «Мета приїзду до Москви», у якому говорилося: «Нас послав Центральний Виконавчий Комітет українських Рад і Народний Секретаріат, щоб офіційно заявити перед Радою Народних Комісарів і Всеросійським Центральним Виконавчим Комітетом про проголошення другим Всеукраїнським з’їздом Рад незалежності України. Далі, ми приїхали як посольство від незалежної держави, щоб заявити, що наше ставлення до Російської Федерації буде цілком приятельським.

Ми добре розуміємо, що в даний момент Радянська влада Росії не може нам прийти на допомогу, але ми сподіваємося на свої власні сили, що зростають з кожним днем...».

Після виступу М. Скрипника на засіданні ВЦВК РСФРР 1 квітня та оголошення декларації повноважного посольства Радянської України на засіданні РНК 3 квітня уряд Росії ухвалив резолюцію, в якій висловив своє «співчуття героїчній боротьбі трудящих і експлуатованих мас України».

М. Скрипник вважав розрив федеративних зв’язків між радянською УНР і РСФРР суто формальним, а об’єднання обох республік непорушним. Однак тоді ж виникло ускладнення у стосунках між керівництвом радянських утворень. У відповідь на зневажливо-грубу вимогу наркома у справах національностей РСФРР Й. Сталіна до українців кинути «гратись в уряд і республіку», а українському радянському центру залишити Таганрог, М. Скрипник оперативно підготував спеціальну заяву, в якій містився протест проти висловлювань одного з ключових діячів РКП(б) і РСФРР. Неприємний епізод, можливо, наклав свій відбиток і на подальші особисті стосунки Й.Сталіна зі М.Скрипником, які часом набували досить критичного забарвлення.

Народному секретаріату України, його голові довелося працювати в екстремальних умовах воєнного часу, нестримного процесу втрати території радянської України в міру її окупації іноземними військами (менше як за три місяці уряд змінив п’ять місць перебування – Харків – Київ – Полтава – Катеринослав – Таганрог). З різних обставин статус України як національно-державного утворення не усталився, постійно змінювався, нерідко втілював у собі в різних комбінаціях принципові підходи до розв’язання національної проблеми з чинниками тимчасової дії, елементами політичного, дипломатичного характеру, зокрема – умовами Брестського миру. Таке поєднання часом було досить суперечливим. Постійна причетність М. Скрипника до пошуків розв’язання проблем національно-державного будівництва, відносин з іншими державними утвореннями виробили в ньому своєрідну методу, якій він не зраджував і в подальшому, намагаючись іноді штучно поєднувати суперечливі елементи. Це часом призводило до виникнення нових ускладнень, коштувало й самому М. Скрипнику нелегких моральних переживань та втрат. Головне ж – не служило базою обґрунтованої, вивіреної лінії державного будівництва.

Так, історично невиправданим виявилось рішення Таганрозької сесії ЦВК рад України 18 квітня 1918 р. про створення замість Центрального виконавчого комітету і Народного секретаріату Всеукраїнського бюро для керівництва повстанською боротьбою проти німецьких окупантів («Повстанської дев’ятки») на чолі з А. Бубновим (членом бюро був і М. Скрипник), а також ухвали I з’їзду КП(б)У про розформування Народного секретаріату України.

На весну 1918 р. великої актуальності набув процес об’єднання більшовицьких організацій у всеукраїнському масштабі, утворення партійного центру. М. Скрипник взяв на себе у цій справі одну з визначальних ролей. Він не пристав ні на платформу прихильників «лівих» поглядів, які відстоювали форсування повстання проти окупантів і створення з цією метою окремої Компартії України, ні на позицію прибічників правих поглядів, які виходили з того, що без допомоги з боку Росії повстання є безперспективним, внутрішніх потенцій для нього недостатньо, а Компартія України має обов’язково бути складовою частиною РКП(б).

На Таганрозькій партійній нараді (19–20 квітня 1918 р.) М. Скрипник запропонував резолюцію, яка відкидала і «меншовицько-угодовські» пропозиції виразників правих поглядів, і «есерівський чистий інсуррекціонізм» виразників «лівих» поглядів. Учасники наради більшістю погодились з ним і визнали за необхідне організувати партизансько-повстанську боротьбу в тилу німецько-австрійських військ, визначили курс на підготовку повстання проти окупантів та їх посібників, підкреслили «залежність успіху цього повстання від збереження і зміцнення Радянської влади в Російській Федерації і від дальшого розвитку світової соціалістичної революції».

Проекту резолюції (автор Е. Квірінг): «Створити автономну партію з своїм Центральним Комітетом і з своїми з’їздами, але підпорядковану спільному Центральному Комітету і з’їздам Російської комуністичної партії» М. Скрипник протиставив свій: «Створити самостійну комуністичну партію,