Викладаня у лаврській школі велося латинською та польською мовами, і створювалася вона за зразком польських шкіл вищого типу – колегій.

Та щойно розпочалося навчання, як виникли нові ускладнення. Київське братство, козацтво підняли пиання про об’єднання Київської братської школи та лаврської. Наприкінці 1631 р. 32 братчики Київського богоявленського братства склали акт, у якому Могила називався старшим ратом, блюстилем і пожиттєвим опікуном братства. Прохання братства підтримав і новий митрополит Ісайя Копинський. А12 березня 1632 р. до П. Могили звернувся гетьман реєстрових козаків Іван Кулага-Петражицький з “Листом військовим”, у якому також просив об’єднати школи, обіцяючи зі свого боку їх “твердо захищати, охороняти й за них до самої смерті стояти”. Вирішили об’єднати школи в одну, Яка отримала назву на честь Могили – Києво-Могилянська колегія.

Культурна й освітня діяльність Петра Могили не обмежувалась лише турботою про Київську колегію. Саме за його участю були відкриті колегії у Вінниці, Кременці, Гощі. Багато зусиль доклав він і до розвитку книговидавничої справи в Україні.

12 березня 1633 р. Владислав затвердив митрополитом Петра Могилу.

Після наставлення митрополитом Петро Могила з новою силою розгорнув сподвижництво як у галузі церковній, так і освітній, будівничій, книгодрукування.

Насамперед звернув увагу на Софійський собор. Могила доклав чимало зусиль до відродження собору, насиваючи його “єдиною прикрасою православного народу, головою і матір’ю усіх церков”. Водночас у Києві почалася відбудова й ряду інших церков та монастирів. Могилою була реконструйована церква святого Василія.

З особливим почуттям ставився він до руїн Десятинної церкви.

Під керівництвом Могили було складено православний катехізис.

Помер Петро Могила 11 січня 1647 р. Похований у Киво-Печерській лаврі.