Одразу ж після арешту старшини в їхніх помешканнях було вчинено обшук, а О. Рум'янцев, якому Петро І надав надзвичайні повноваження, виїхав в Україну. Цей спритний офіцер мав певний досвід "спілкування" з українськими опонентами імператора: 1716 року він зорганізував у Гамбурзі справжнє полювання на небожа І. Мазепи А. Войнаровського, був безпосередньо причетний до його арешту ы, на думку дослідників, провадив допит бранця. Але попереджені Полуботком домочадці встигли знищити частину його паперів, а решту вивезли в далекий від Глухова маєток у село Михайлівку, де вони зберігалися ще на початку нашого століття та були обстежені харківським істориком Д. Міллером. В. Жураківський і Я. Лизогуб, з свого боку, розіслали в деякі полки "научительние пункти", як саме зустрічати О. Рум'янцева, і радили врегулювати конфлікти, "награждая обидимых для своей пользы".

Вже 24 листопада Рум'янцев примчав у Глухів, для перестраху він ув'язнив кількох старшин і разом із своїми помічниками в середині грудня 1723 року почав об'їзд Гетьманщини. Процедура виглядала так. У кожному полковому місці Рум'янцев збирав полкову старшину, сотників, по декілька десятків козаків від кожної сотні, а також магістратських урядників і запитував, чи брали вони участь у складанні чолобитних, чи просили дозволу на обрання гетьмана, чи домагалися ліквідації Малоросійської колегії, чи не заперечують проти призначення на полковницькі уряди російських офіцерів, чи мають претензії до власної старшини. Не важко здогадатися, що на всі питання, крім останнього, вкрай перелякане і деморалізоване козацтво давало загалом негативну відповідь, ба навіть "щиро" дякувало імператорові за "батьківську турботу". Переконавшись у відсутності скільки-небудь широкої та згуртованої опозиції політиці Петра І і заходам Малоросійської колегії, Рум'янцев заарештував і відправив до Петербургу В. Жураківського, Я. Лизогуба, Д. Апостола, С. Галецького, К. Криштофенка, а на їх місця наставив, за вказівкою Петра І, "добрых людей, которые к нинешнему их делу не приставали й желали быть коллегии", — І. Левенця, Ф. Потребича-Гречаного, І. Мануйловича та ін. Водночас було сконфісковано маєтки П. Полуботка, С. Савича, І. Чарниша і Д. Апостола — щоби іншим не кортіло суперечити царській волі.

Рум'янцев регулярно повідомляв Петра І про хід слідства, а цар, у свою чергу, спрямовував його зусилля в потрібному напрямі. Він радив, зокрема, з метою здобуття компромату всіляко заохочувати донощиків, а також добре "пострашать домашних" Павла Полуботка й інших заарештованих старшин. Особливо занепокоїла Петра І інформація про зв'язки Полуботка із Запорожжям і Кримом. Російський резидент у Константинополі І. Неплюєв, посилаючись на відомості, одержані "в секрете" від французького консула, писав буцім-то "приезжали из Украины от некоторых козацких командиров... люди к татарскому главному мурзе Жантемир-бею с жалобами, что у них все прежние привилегии отняти, о чем они били челом в Петербурге, но ничего не успели; позтому они, украинские жители, желают податься под турецкую протекцию, но без помощи турецкой сделать того не могут, потому что на Украине у них русского войска много". Став у нагоді й донос псковського архієпископа Ф. Прокоповича про зносини Полуботка з Орликом. І хоча будь-яких переконливих доказів віднайдено не було, Петро І заявив, що "Полуботок и прочие ныне здесь явились в великих преступлениях".

Навесні 1724 року відновилися допити в'язнів, і невдовзі їхню справу було передано на розгляд Вишнього суду. Однак до судового процесу не дійшло: головний обвинувачений Павло Полуботок захворів і помер о третій годині дня 18 грудня 1724 року в казематах Петропавлівської фортеці. Поховали наказного гетьмана 29 грудня на цвинтарі церкви святого Сампсонія Странноприїмця за Малою Невою. Решту старшини від неминучої розправи врятувала нагла смерть Петра І, який тільки на місяць пережив Полуботка. 17 лютого 1725 року до Глухова повернулися служники наказного гетьмана, які принесли жалібну звістку про його смерть у казематі. Через кілька днів, 29 лютого, в одній із глухівських церков було відправлено панахиду по Павлу Полуботку. Крапку в цій сумній історії був покликаний поставити Маніфест від 8 лютого 1725 року. Офіційна версія мала суто тенденційний характер — старшині закидалося "скверное лакомство и чинимые к подлому народу обиды и разорения", а царський уряд змальовувався як рятівник знедолених; будь-які згадки про політичні, визвольні змагання Павла Полуботка в цьому документі відсутні. Разом з тим, старшина була звільнена з-під варти, а дещо пізніше одержала дозвіл повернутися до своїх маєтків на Україні, де вже одноосібне порядкувала Малоросійська колегія...

Виступ Павла Полуботка на захист "прав та вольностей", здобутих українським суспільством у ході тривалої виснажливої боротьби, закінчився цілковитою поразкою. Роз'єднане глибокими соціальними суперечностями, на яких вправно грали російські урядовці, воно виявилося нездатним згуртуватися навколо національно-державної ідеї. Навіть панівна верства Гетьманщини — козацька старшина, стероризована Петром І, часто-густо відмовляла Полуботку в безпосередній підтримці. В історичній перспективі це спричинилося втратою її позицій у політичному житті краю, власного культурного обличчя, поступовим розчиненням у середовищі російського дворянства. Консолідуючу роль за цих обставин могло відіграти хіба що православне українське духовенство, але в особі своїх вищих ієрархів (як-то Ф. Прокоповича) воно остаточно втратило смак до самостійного буття й воліло обіпертися на державну міць Росії. Все це, зрештою, й зумовило