До звільнення Правобережжя від польських військ Дорошенко приступив у жовтні 1666 р., використавши внутрішню міжусобицю в Польщі — бунт Любомирського проти короля. Зі своїми військами гетьман провів ряд боїв проти польських залог, які ще залишалися у правобережних містах, і витіснив їх. У цей час до нього надійшла допомога — 30-тисячна татарська орда. Польський уряд, ліквідувавши бунт Любомирського, в грудні 1666 р. послав на Правобережну Україну шеститисячне коронне військо під проводом Себастьана Маховського.

Цей польський полковник, відомий надзвичайною жорстокістю й брутальністю (без суду та слідства розстріляв колишнього гетьмана України, польського сенатора й воєводу Івана Виговського), зажив, крім усього, ще й сумної слави регіментаря, який «не здобув жодної перемоги». Самійло Величко записав у своєму літопису: «Король Ян-Казимир виправив коронні війська зі значним рейментарем Маховським на Україну, дозволивши їм плюндрувати Україну вогнем і мечем і отак прихилити її до корони Польської». Поляки, вступивши на Поділля, зруйнували містечко Івангород, яке не підкорилося їм. 19 грудня між Браїловим і Брацлавом війська Дорошенка наздогнали польське військо й розгромили його, Маховський потрапив у полон і був відвезений до Криму. Таким чином Правобережжя звільнилося від Польщі. Його територія була повністю очищена від ворожих окупаційних військ.

На порядку денному постала проблема звільнення Лівобережної України від чужоземного панування Москви та влади її полигача Брюховецького. Проти нього наростало загальне обурення. Серед народу викликало велике невдоволення прибуття (на пропозицію лівобережного гетьмана) царських воєвод, які залогами стали по містах, а з ними — перепищиків, які переписали лівобережне населення, зареєстрували його достатки й стали збирати податки на цаші грішми, хлібом, медом і всякими продуктами з українських селян і міщан. Ненавиділа Брюховецького й старшина, з якою він поводився зверхньо й підступно. Тих, хто з ним не погоджувався, він заарештовував і віправляв до Москви, а звідти бідолаг засилали до Сибіру. Брюховецький сварився навіть із воєводами, зокрема київським — Шереметьєвим. Отже, вибух загального гніву міг змести лівобережного гетьмана.

Дорошенко ще в останні місяці 1665 р. робив спроби закріпитися на Лівобережжі. У відсутність Брюховецького, котрий у той час був у Москві, правобережний гетьман посилав на лівий берег Дніпра козацькі загони, поширював там свої універсали, в яких закликав лівобережне населення визнати його владу і скинути Брюховецького для об'єднання розділених частин України. З початку 1667 р. Дорошенко планував виступити з усім своїм військом на Лівобережжя. Але в січні 1667 р. Москва завдала Україні страшного й підступного удару, який визначив особливий характер подальшого розвитку подій. Наслідки цього удару український народ відчував не одне століття.

13 січня 1667 р. у селі Андрусові поблизу Смоленська було укладено перемир'я між Росією та Польщею на 13 років. За цим перемир'ям Лівобережжя України залишалося за Росією, а Правобережжя знову переходило під владу Польщі, окрім Києва, який залишався за Московською державою тільки на два роки. Запорозька Січ повинна була перебувати під владою обох держав. Отже, за змовою двох воюючих країн відбувся поділ України, тобто офіційний, юридичне оформлений міжнародним трактатом поділ української території на три частини.

Андрусівська угода мала катастрофічні наслідки для України. Ця угода перекреслювала українсько-російський договір 1654 р., найважливішою й першорядною умовою якого був захист українського народу від ворогів, а також зобов'язання Москви ніколи не віддавати Україну польському королю. Тому передання половини України Польщі, проти панування якої в кількавіковій боротьбі український народ пролив багато крові, було справжнім злочином, підступною, чорною зрадою Москви.

Представників України до участі в переговорах не допустили, оскільки не визнавали юридичною стороною. В Андрусівському трактаті формулювалася теза про те, що у володінні Росії залишаються «відвойовані у Речі Посполитої» міста і землі. Навіть не згадувалося, що це територія України, яка за міждержавним договором тільки 13 років тому добровільно приєдналася до Російської держави.

Формула трактату «завойовані землі» давала право Москві встановлювати на них свої порядки й закони. Таким чином, царський уряд за допомогою міжнародного трактату спробував здійснити інкорпорацію України й свідомо ламав договір 1654 р., за яким він зобов'язувався зберігати «права і вольності» Української держави і її статус суб'єкта міжнародного права. Українсько-російські відносини мусили тепер визначатися Андрусівською угодою між Річчю Посполитою й Московською державою. Ця угода фіксувала зміну в розстановці політичних сил Східної Європи в другій половині 60-х років. Відтіснивши на другий план Польщу, лідером стала Росія.

Польсько-російська угода 1667 р. відверто загрожувала Туреччині й ханству, навіть їхньому існуванню, оскільки несла в собі casus belli — причину для майбутньої війни, тобто неминучим у майбутньому мало бути зіткнення й Речі Посполитої, й Росії з цією частиною мусульманського світу. Отже, Андрусівський трактат привів до певних змін у міжнародних відносинах, розкладі військових сил і політичних впливів не тільки між Росією і Польщею, а й Кримом і Туреччиною.

Третій пункт Андрусівського трактату, за яким Запорозька Січ мала перебувати під спільною зверхністю Польщі й Москви, двох ворожих держав, узагалі був історичним нонсенсом, спричинився до ряду гострих колізій і ставив запорозьке козацтво в найтяжче становище. Січ примушували служити Речі Посполитій, яка