Сумні наслідки подібної легковажності не змусили себе довго чекати. Рішучими діями польське командування 4 вересня оточило російсько-українське військо неподалік Любара, а після відходу до Чуднова, заблокувало 17 вересня в його околицях. Тим часом Юрій Хмельницький діяв повільно й нерішуче, що пояснюється схильністю значної частини старшини до ведення переговорів з Польщею. Лише 25 вересня двадцятитисячне козацьке військо прибуло до Слободища, розташованого східніше Чуднова. Щоб не допустити об'єднання Юрія Хмельницького з Шереметевим, проти козаків 27 вересня вирушив на чолі 24 — 29 тис. польсько-татарського війська талановитий полководець Є. Любомірський. У другій половині дня відбулася кровопролитна битва, яка не принесла успіху жодній з сторін. Тим паче значна частина старшини (Г. Лісницький, Т. Носач, П. Тетеря та інші), всупереч настроям основної маси козаків, на скликаній раді вимагали від гетьмана укладення угоди з Польщею. Є дані, що до Любомирського було споряджено посольство, в складі якого перебував і Петро Дорошенко. Саме він пригрозив польському командуючому, що в разі наступу козаки стоятимуть на смерть: "Маємо шаблі при боці й самопали в руках". Невідомо чим закінчилися переговори, але Любомирський з частиною війська повернувся до Чуднова, залишивши для облоги козаків решту полків. Старшина вирішила зачекати тут на підхід армії Шереметєва, хоча мала достатньо сил, щоб пробитися йому на допомогу.

Відчайдушна спроба російсько-українського війська 4 жовтня вирватися з оточення зазнала невдачі. Довідавшись про це, козацька старшина змусила Юрія Хмельницького пришвидшити переговори з командуванням польського війська. 5 жовтня до коронного гетьмана С. Потоцького прибуло козацьке посольство, в складі якого перебував і Дорошенко. Переговори завершилися укладенням 7 жовтня договору, який передбачав відновлення умов Гадяцького договору, але без статті про створення Руського князівства; повернення козацького війська на козацьку територію для її звільнення від російських залог та ін. За таких обставин становище Шереметєва стало катастрофічним, він пішов на прийняття капітуляції, але польська сторона порушила її умови й дозволила татарам 25 жовтня вчинити погром обеззброєному війську. Шереметєва видано в неволю нурадин-султану.

Укладення Чуднівського договору не лише не поліпшило становища козацької України, а, навпаки, ускладнило його, таїло в собі загрозу перетворення її території в арену жорстокої боротьби між Росією і Річчю Посполитою. Уряд останньої почав підтримувати Юрія Хмельницького, оскільки він був найліпшим кандидатом для неї на гетьманську посаду. Тому уповноважений польського уряду Бєнєвський доклав максимум зусиль, щоб на скликаній 11 листопада раді добитися згоди Юрія не зрікатися своєї влади. Тоді ж посаду генерального писаря обійняв П. Тетеря, а генерального обозного — Т. Носач, старшини вірні Речі Посполитій. Для відновлення влади на Лівобережній Україні Богданів нащадок у 20-х числах листопада відіслав туди наказного гетьмана Петра Дорошенка в супроводі п'яти тисяч козаків і кількох тисяч татар. І той насеред грудня укріпився в Зінькові, а згодом зайняв Ромни. Зауважмо, що при цьому Дорошенко заборонив татарам грабувати населені пункти, брати ясир. Очевидно, саме тому в другій половині січня татари залишили наказного гетьмана. В кінці місяця Юрій Хмельницький відкликає Дорошенка до Чигирина. Як свідчать факти, Дорошенко не брав активної участі в боротьбі з російськими підрозділами та лівобережними козаками, котрі підтримували їх. Початком березня датується згадка, що він переправляв гармати на Лівобережжя, а в травні намагався розмістити вірні гетьману залоги в Кременчуку, Балаклії та Остап'ї — містах Чигиринського полку на Лівобережжі. Хто зна, чи не ця пасивність його стала основною причиною відклику з Лівобережжя і призначення там наказним гетьманом Г. Гуляницького?

В кінці квітня в Корсуні відбулася старшинська рада, в роботі якої взяв участь і Петро Дорошенко. Рада засвідчила зросле невдоволення козаків і старшин політикою Польщі на Україні. 26 квітня схвалено інструкцію послам на сейм, вона вимагала гарантії свобод для православної віри, ліквідації унії, свобод і вольностей народу руському, права займати всі уряди в Брацлавському, Київському і Чернігівському воєводствах лише українській шляхті, а в Руському, Волинському, Подільському, Волзькому і Холмському воєводствах — поперемінне; збільшення козацького реєстру до 70 тис. осіб; права козакам вільно проживати в королівських і шляхетських маєтках на території Брацлавського, Київського і Чернігівського воєводств та ін. Посли мали заявити, що коли сейм не затвердить Гадяцького договору (за винятком пункту про створення Руського князівства), то Військо Запорозьке вважатиме себе вільним від послушенства королю. Як бачимо, український уряд намагався добитися автономії для національної держави в складі Речі Посполитої. Тому, коли козацькі посли зачитали в середині червня інструкцію на спільному засіданні сенату та ізби, то реакція присутніх була, за словами одного з очевидців, "досить гострою, так що на ню скреготали зубами". Однак, довідавшись про укладення договору між Росією і Швецією, сейм на початку липня затвердив Гадяцьку унію та Чуднівський договір, але відхилив вимогу ліквідації унії та права брати участь у виборі короля. Серед нобілітованих сеймом старшин був і Петро Дорошенко, хоча, на відміну від інших, не одержав у володіння маєтку.

Не припиняється боротьба на Лівобережній Україні, де окреслюється вкрай небезпечна тенденція до її відриву від Правобережжя. Спроби Юрія Хмельницького утвердити тут свою владу успіху не мали. Петро Дорошенко, очевидно, не підтримує його політичного курсу і тому уступає