Йому вдалося роз'яснити дуже цікаве явище, яке було спостережуване Байлем в 1857 р. Цвілевий гриб Mucor mucedo, що розвивається звичайно у формі міцелли, будучи занурений в цукровий розчин без доступу кисню, викликає спиртне бродіння - на дні судини в рідині замість ниток міцелія виявляються круглі або овальні клітки, що розмножуються брунькуванням, які Байль прийняв за дріжджі. На це явище він дивився як на перетворення мукора в дріжджі. Пастеру вдалося показати, що мукор, викликаючи у відсутності кисню повітря спиртне бродіння цукристої рідини, залишається мукором, але приймає нову форму, що нагадує дріжджові клітки. Ця форма є тільки пристосування грибка до особливих умов життя. Цей факт дав можливість Пастеру зробити широке узагальнення щодо бродіння: бродіння є життя у відсутність повітря. Одночасно з цим Пастер показав, що і дріжджі змінюють свою функцію ферментації, залежно від того, чи розвиваються вони в присутності або відсутності повітря і що для дріжджів також ця функція пов'язана з анаеробним життям. При такому погляді на бродіння "кожна жива клітина, що потребуюча в кисні і не знаходить цього газу у вільному стані, але здатна запозичувати його від речовин, що містять кисень в своєму складі, з'явиться для цих речовин ферментом". Дійсно, цим Пастер пояснив утворення спирту в свіжих виноградних кетягах, занурених в атмосферу вугільної кислоти, за відсутності дріжджів. Точними експериментами Пастер розслідував появу дріжджових спор в природі в період дозрівання винограду. Йому вдавалося оберігати деякі лози від занесення дріжджів за допомогою парників і закутування ватою, прогрітою до 150. чи не "дозволено думати аналогічно, говорить він із цього приводу, що прийде день, коли прості запобіжні заходи зупинятимуть бичі, які виробляють величезні спустошення і наводять панічний страх на населення, які жовта лихоманка в Сенегалі і долині Міссісіпі, або бубонна чума на берегах Волги. - Після закінчення роботи над пивом він і звертається до вивчення заразливих хвороб, у вченні про яких йому довелося виробити величезний переворот. Основна думка така: за нормальних умов жива істота розвивається, не містячи яких-небудь паразитів в своїх тканинах і соках. Але за відомих умов ці тканини і соки можуть ставати культурою для паразитарного мікроба, який розвивається в них і робить їх центром зарази. Пастер вказав шлях, як можливо культивувати і видозмінювати цю живу отруту поза організмом, що вражається їм. З тих пір вчення про мікроби, як про причини хвороб, лягло в підставу медицина і гігієна і привело до правильної постановки, як профілактики заразливих хвороб, так і лікування їх. Пастер звернув свою увагу, перш за все на сибірську язву (1876). До цього часу дослідження Давена показали вже, що причина хвороби бактерія(Bacterium anthracis), а Кох тільки що надрукував свою роботу над спорою цієї бактерії. Пастер вніс у вивчення питання поліпшені методи культури, при яких можна було усунути всі сумніви в істинній причині хвороби, що залишалися ще після робіт Давена і Коха. Пастер показав, що бактерія сибірської язви виділяє особливий секрет, токсин, який склеює червоні кров'яні кульки ураженої хворобою тварини. Дослідження Пастер пролили багато світла на способи розповсюдження і виживання цієї хвороби. Одночасно з цим Пастер знайшов вібріон септіцемії (бацил злоякісного набряку) і вивчив умови його життя. Він вказав можливість передачі зараження у багатьох випадках самим лікарем у ліжка хворого. Спираючись на ці висновки Пастера, хірургія знов удосконалила свої методи і вступила в нову фазу – асептичної хірургії. Подальша заслуга Пастера, завдяки якій він є істинним добродійником людства, полягає у відкритті їм методу щеплення. В1879 р. Пастер почав досліди над курячою холерою, епідемічною хворобою, що вражає курнув і інших домашніх птахів. Причиною її є бактерія, яку можна культивувати в штучному курячому бульоне. Пастер довів її заразливість і виділення нею токсину. Досліди, початі над курячою холерою, були перервані на час канікул. За цей період всі культури, залишені в лабораторії, втратили свою силу: щеплені курям, вони їх не вбивали. Пастер прийшла думка прищепити нову і молоду культуру курям, що перенесли стару. Виявилося, що всі кури вижили,