Так як Микола Феофанович Кащенко був замісником кафедри зоології у Томському університеті, то йому, крім викладання та спеціальних досліджень, приходилось прикладати багато зусиль по організації зоологічного музею при університеті. Колекції збирав Микола Феофанович разом зі студентами під час екскурсії, практичних занять, обмінювався з іншими університетами Росії, шукав спонсорів, знаходив благодійників, які вносили кошти на придбання експонатів. В 1892 – 1893 академічному році Микола Феофанович побував у відрядженні за кордоном. Під час подорожі він вивчав зоологічні і порівняльно-анатомічні музеї всіх російських університетів та Академій Наук, відвідав багато іноземних зоологічних музеїв і садів (вивчено було 35 різних зоологічних закладів), завів з ними обмін препаратами, а також зібрав велику колекцію особисто. Як молодому університету більшість зоологічних закладів давали безкоштовно експонати. Це такі як Академія Наук, Московський, Харківський університети. Таким чином Томський університет придбав різноманітну колекцію семи готових чучел, 103 пташині кожі, 68 видів птахів, 350 різноманітних спиртових препаратів, переважно хребетних, 350 дуже цінних раковин (400 видів), колекції комах, яєць, колекції по шовківництву та інші препарати. Протягом цієї подорожі та під час екскурсії в околицях Неаполя. Риму, Болонії, Венеції, Києва, Харкова, Катеринослава, Кременчука, на берегах Волги Микола Феофанович Кащенко та його дружина Ольга Миколаївна зібрали колекції молюсків біля двох тисяч екземплярів 165 видів, більше тисячі хребетних 169 видів. Більшість з них були на місці препарировані і монтовані, як порівняльно- анатомічні або біологічні препарати. Результати цієї подорожі були описані в послідуючих наукових працях Миколи Феофановича.

Головну роль в зоологічному музеї Микола Феофанович приділяв експонатам місцевої фауни. Місцеві любителі природи мали свої власні колекції, які зібрали задовго до приїзду в Томськ М. Ф. Кащенка. Вои охоче передавали їх в зоологічний музей Томського університету. Їх зібралось настільки багато, що приходилось деякі зберігати в допоміжних приміщеннях .

Велику увагу Микола Феофанович в цей період становлення Томського університету приділяв залученню службового персоналу на зоологічну кафедру. Важко було знайти людей, які б охоче погодились поїхати в Сибір для роботи в університеті. Як згадував Микола Феофанович, що протягом 20 років поступово йому вдалось організувати на зоологічній кафедрі медичного факультету кваліфікований персонал.

Майже протягом всього 24-річного перебування Кащенка у Томському університеті залишалось питання про розширення приміщення для зоологічного музею. Тільки в рік переїзду Миколи Феофановича до Києва у Томську почалося будівництво такої споруди. Таким чином як викладачеві зоологічного циклу на кафедрі зоології Томського університету. Миколі Феофановичу приходилось переборювати різноманітні чиновницькі препони, щоб покращити навчальний процес студентів.

Педагогічна спадщина Миколи Феофановича Кащенка розкриває образ вченого як поборника за поширення початкової освіти серед населення Сибірського краю. Він був обраний почесним членом Товариства сприяння початкової освіти. Кащенко писав, що турбота про школу є першим обов'язком кожного члена товариства. Саме виконуючи свій громадянський обов'язок Микола Феофанович в 1890 році допомагає матеріально (коштами, книгами) товариству. Його девіз «Начальное образование пусть будет доступно всем» було заповітною мрією вченого – ліквідація неграмотності серед населення далекого сибірського краю. Про роль Кащенка в Товаристві початкової освіти свідчить документ, в якому сказано що «Советом общества попечения о начальном образовании в г. Томске решено присвоить Н. Ф. Кащенку звание почётного члена общества с глубокой признательностью за просвещённое содействие, имевшее следствием значительное увеличение материальных средств общества».

Томск, Январь, 1820г.

Председатель Совета

Подібні листи – подяки Микола Феофанович одержував від Сибірських Вищих жіночих курсів за № 79 від 2.04.1912 за безкоштовну передачу в бібліотечний фонд 178 назв книг для студентів курсів.

Сприяючи розвитку педагогічної освіти, М. Ф. Кащенко в 1893 році надсилає до Варшавського університету колекцію птахів Середньої Азії, Західного Сибіру в кількості 77 екземплярів.

Восени 1903 року Миколу Феофановича було викликано з Томська до Петербурга для участі в роботі Комісії Міністерства народної освіти по питанню реформування вищих навчальних закладів. Кащенко виступив з доповіддю про порядок заміщення професорських вакансій. Доповідь була надрукована в збірнику даної комісії. Як згадував Микола Феофанович, не всі його доповіді були надруковані, бо робились вони усно, бо їх обробка для друку вимагала часу, якого так йому не вистачало.

Микола Феофанович Кащенко читав часто сам лекції, пізніше створив товариство лекторів, які займались вивченням природи сибірського краю. Матеріали їх лекцій були опрацьовані Миколою Феофановичем і видані у збірнику під заголовком «Научные очерки Томского края». Кошти для видання були зібрані від добровільних внесків.

У Томську Кащенко викладає зоологію в акушерсько- фельдшерській школі в 1910- 1911рр., в 1913 р. бере участь у 13-му з'їзді російських природознавців та лікарів. Таким ми бачимо Миколу Феофановича Кащенка, як педагога, який мріяв про поширення початкової, вищої освіти смерд молоді. У висвітлених фактах життя Кащенка в Томський період наведена лише частина його діяльності як педагога.

РОЗДІЛ 2

В перший період перебування Миколи Феофановича в Томську наукова діяльність залишалась як і раніше ембріологічною. Але це були здебільшого наробки харківського періоду.

У Томську Микола Феофанович зробив систематизацію використаних іншими ембріологами його методу «графічного ізолювання», який давав можливість краще вивчити внутрішні органи тварини, людини, птаха та інших живих організмів. Під час закордонного відрядження в Неаполітанську зоологічну станцію Микола Феофанович зібрав матеріал по історії розвитку акулових тварин. Остання робота по ембріології по матеріалах зібраних в Неаполі була написана в Томську.

Графічний метод Кащенка по вивченню живих організмів був визнаний вченими- ембріологами на міжнародному Анатомічному