Четверта експедиція вздовж лінії Сибірської залізниці, між містами Омськом, Томськом і Красноярськом відбулася влітку 1899 року. Дослідження проводились на околицях залізничних станцій Коченова, Каінськ, Убінська, Татарська, Іжморська, Красна. Крім вивчення фауни місцевості мало місце відкриття нового роду польовок (гризунів). Частина зібраного матеріалу була описана в статтях А. А. Мейнгарда «Список коллекций чешуекрылых в Томской губернии» (видання Томського університету 1905 і 1908 рр.). Зібрані матеріали знайшли місце в нвукових роботах Г.Є. Йоганзена і М.С., С.М. Чугунових «Материалы для орнитофауны степей Томского края» и «Этномологические наблюдения во время эфологической экспедиции между реками Обою и Иртышем летом 1899г.»

Експедиція в степові райони західного і південно- західного Алтаю влітку 1900р. досліджувала місцевість вздовж поштового тракту від міста Барнаула до Змеїногорська, звідти с. Убинського по річці Іртиш і звідси вздовж поштового тракту до міста Змеїногорськ. Головними місцями були сю Саушка, с. Лікоть, поселення Шульба і с. Убінське. Завдяки цій експедиції було узагальнено спільний склад фауни цієї місцевості, а також різні дрібниці відносно систематизації ознаків і способу життя алтайського сурка, місцевих мишеподібних гризунів, багатьох видів птахів, гадів. Наукові її результати використані в статтях Миколи Феофановича Кащенка, Г.Е. Йоганзена та інших вчених. Деякі види ссавців описнаі іноземними вченими, бо вони їм надсилались в обмін як дублети. Орнітологічний матеріал цієї експедиції описаний Йогазеном в його статті про орнітофауну стпів Томського краю, співпрацівники експедиції видали статтю «Новое о бекасовидном веретеннике (1909).

В 1896 р. Микола Феофанович Кащенко біля Томська під час однієї зекскурсій по вивченню фауни краю, знайшов скелет мамонта з ясними залишками слідів стародавньої людини. «Это обстоятельство заставило меня познакомиться бдиже с доисторической археологией каменного века» (1;16) Микола Феофанович разом зі студентами Томського університету на околицях Томська проводив розкопки курганів, це були знахідки пізнішого періоду життя людини.

Завдяки зібраному зоологічному матеріалу, а також зібраному молодим співпрацівником і томським ботаніком В.В. Сапожніковим, зоологічних колекцій накопилося така кількість, що навіть з одними тільки колекціями ссавців важко управитись. В зоологічний музей Томського університету присилали зібрані колекції для наукового опрацювання люди, які не входили в склад Томського університету.

Необхідність порівняння сибірських тварин з європейськими зблизила Миколу Кащенка з зоологічним музеєм Академії Наук. В Петербурзі Микола Феофанович працював неодноразово над згаданою проблемою порівняння. Останнім відрядженням до Петербурга була поїздка 1901 року. Результатом її були ряд наукових статтей.

По результатах наукових експедицій Миколою Кащенко було опубліковано збірник «Научные очерки Томского края», видано працю під редакцією М.Ф. Кащенко на кошти благодійників Горохова В.А., І.К. Латонова та інших в 1898 році. У збірку розміщено статті М.Ф. Кащенко «Развитие человеческого господства над организованной природой», «Очерк животного населения Сибири и Томской губернии в частности». Наукові статті Йоганзена присвячені опису птахів Томської губернії «О птицях Том ской губернии». Ініціатором видання наукового збірника по Томському краю був М.Ф. Кащенко. До статтей додані карти:

А) населення Томського краю;

Б) схематична карта рослин;

В) зоогеографічна карта Сибіру;

Г) таблиці зразків рослин Сибіру;

Д) карта розповсюдження бджільництва в Сибірі.

Карти та малюнки рослин виконані Миколою Феофановичем.

Наукова робота Миколи Кащенка як «Обзор гадов Томського края»1902р. Видана на кошти благодійника В.А. Горохова для безкоштовного розповсюдження серед осіб, які можуть чим- небудь сприяти вивченню Сибіру в зоологічному напрямку.

«Результаты Алтайской зоологической экспедиции», 1898г., автор профессор Н.Ф. Кащенко. В описі згадує Микола Феофанович труднощі шляху від Томська до річок Черга, Катунь. До складу експедиції входили 4 чоловіки разом з Миколою Кащенко. У цю подорож Микола Феофанович взяв всю сім'ю. З Томська виїхали 24 травня 1898 р. на пароході до Барнаулу, прибули 27 травня вранці. Тут зустріли деякі труднощі відносно переправи через непомірно розмиту річку Об внаслідок весняної повіні. Експедиція проходила до 8 серпня. Колекціювання, препарировка різних видів тварин, птахів, комах проводилась в основних місцях експедиції— на озері Теньга, на річці Черга. В описах експедиції автор М.Ф. Кащенко записує характерні особливості тварин, птахів, їх зовнішній вид, місця знаходження та інше.

Наукова праця «Нове исследования по мамологии Забайкалья» Микола Феофанович розміщує опис матеріалу про Схід, не Забайкаллє.

Як результат зоологічних експедицій в 1892 році вийшов з друку «Підручник для студентів медицини», «Краткое пособие по зоологии» з намальованими 30-ти таблицями. Особливу цінність для мамології складав «Определитель млекопитающих Томского края». Так, мамолог Б.С. Виноградов для своєї праці «Определитель грызунов Западной Сибири» запозичив матеріали у Миколи Кащенка з його «Определителя млекопитающих Томського края» 1900 року видання. Відомий спеціаліст по мамології України А.А. Браузер часто в своїх працях використовував статті Миколи Феофановича.

Дослідник Катеринославського району І.І. Барабаш- Нікіфоров писав у листі до Миколи Феофановича, що ніяк не може обійтись без Кащенківського «Определителя млекопитающих Томського края» Дане видання було доповнене новими даними. В 1905 році вийшла з друку праця Миколи Кащенка «Обзор млекопитающих Западной Сибири» з 5-ма зоогеографічними таблицями. Автор пояснює вихід з друку оновленого «Определитель млекопитающих Западной Сибири и Туркестана» тим, що