Повертаючись додому через Львів, відвідав Франка та Гнатюка і залишився про цих людей дуже високої думки.
Ще з 1903 року М. Коцюбинський працював над повістю з селянських настроїв "Fata morgana", а, відриваючись від неї, створив оповідання "Він іде", "Невідомий", " Persona grata ", "В дорозі". Останні розділи повісті " Fata morgana " писалися з важким поривом, тяжкими моральними переживаннями за долю нещасного селянства. Внаслідок перевтоми письменник захворів, а дещо пізніше описав свої болі, розчарування й одужання в імпресіоністичній новелі "Intermezzo"
Хвороба серця прогресувала, і Коцюбинський поїхав лікуватися в Італію. На острові Капрі він написав новелу "Лист", оповідання "Коні не винні", "Подарунок на іменини".
На схилі літ Коцюбинський піклувався молодою зміною. Він запровадив "літературні суботи", на яких розкрилися вперше таланти Павла Тичини, Василя Еллана, Аркадія Казки.
Період реакції викликав похмурі скептичні й песимістичні настрої письменника. Для творчості стало необхідним щось яскраве, світле, вічне. У 1911 році на запрошення галицьких друзів Михайло Михайлович приїхав у Карпати і довгий час жив у Криворівні. Тут письменник задумав написати повість "Тіні забутих предків" і твір про Олексу Довбуша, для якого зібрав чимало матеріалів, але втілити задум вже не встиг. Приїхавши додому, Коцюбинський тішився зібраними матеріалами, як дитя.
Дуже хворий і зовсім ослаблений, М. Коцюбинський потрапив у клініку професора Образцова у Києві. Допомогти йому вже було неможливо. Друзі щодня приходили під вікна клініки, приносили квіти, але лікарі не допускали до хворого нікого.
У січні 1913 року, зваживши на постійні прохання митця, його виписали на якийсь час додому. Письменник знав, що його дні лічені. 25 квітня 1913 року о 14 годині ЗО хвилин серце письменника перестало битися. Останніми словами вмираючого були; "Я жити хочу!" Поліція заборонила виголошувати на могилі промови й співати пісні. Жандарми знали, що похорон в будь-яку хвилину може перетворитися в гнівну маніфестацію. Досьє на уже мертвого письменника доводило, що за життя він не раз висловлювався досить гостро і проти цензури (яка "російську пресу б'є батогами, а українську жалить скорпіонами"), і за незалежну Україну (свідченням чого було його головування в Чернігівській "Просвіті"), а його гасла могли бути підхоплені масами. За труною везли дві великі колісниці живих і штучних квітів. Поховали М. Коцюбинського в Чернігові на Болдиній горі, котру він дуже любив за життя. З неї, як і з Кобзаревої гори в Каневі, теж далеко видно.
На смерть друга Панас Мирний відгукнувся статтею "Над розкритою могилою славетного сина України М. Коцюбинського", в якій писав: "Поліг великий майстер рідного слова, що в огненному горні свого творчого духу переливав його в самоцвітні кришталі і, як великий будівничий, виводив їх, свої мистецькі твори, повні художнього смаку, глибокої задуми і безмірно широкої любові до людей..."