року Микола навчається як вільнослухач на відділенні природничих наук фізико-математич-ного факультету Санкт-Петербурзького університету, відвідує лекції в Медико-хірургічній академії. Але, маючи слабке здоров'я, він вирішує залишити холодний і сирий Петербург. Своє навчання продовжує у Німеччині на філософському факультеті Гайдельберзь-кого університету, а потім на медичних факультетах університетів Ляйпціґу та Єни. Ще навчаючись, був асистентом відомого приро-дознавця Ернста Геккеля, завдяки якому особливо зацікавився порівняльною анатомією й зоологією.
Ернст Геккель — німецький біолог-еволюціоніст, пропагандист дарвінізму, професор Єнського університету; його праці присвя-чені питанням зоології безхребетних, загальним проблемам біо-логії. Автор теорії, за якою всі багатоклітинні організми виникли від єдиного гаструлоподібного предка. Працю Геккеля "Відки і як взялися люди на землі?" за дозволом автора з німецької переклав Іван Франко.
У вересні 1866 року на запрошення професора Геккеля Микола бере участь у зоологічних дослідженнях на Канарських островах, в основному на острові Лансароте. 1868 року Миклуха-Маклай за-кінчує Єнський університет і цього ж року з'являються його перші наукові публікації на теми морфології губок. На відміну від бага-тьох вчених-біологів Миклуха-Маклай вважає, що губки мають властивість міняти свою форму залежно від навколишнього сере-довища, своєю аномалією і фізіологією споріднені з коралами.
Водночас він працює над вивченням анатоми хрящових риб, зокрема над проблемами мозку. В результаті цих досліджень 1870 року з'являється перший том запланованої обширної праці у ділянці вивчення хребетних тварин.
Експедиція до Червоного моря, з'ява монографії "Материалы по сравнительной неврологии позвоночных" надихнули молодого вченого на розробку програми досліджень в Океанії головно антро-полого-етнографічного характеру. Цю програму схвалює Російське географічне товариство, внаслідок впливу князя Костянтина, що був головою цього товариства й міністерства флоту. Вчений отри-мує грошову субсидію від товариства, а імператор Олександр II дозволяє здійснити перехід до Нової Гвінеї на військовому корветі "Витязь", що плив до островів Тихого океану.
8 листопада 1870 року корвет "Витязь" відчалив з Кронштад-ського порту, і після 10-місячного плавання Атлантичним і Тихим океаном та багатьох побічних експедицій вздовж південних бе-регів Америки та островів Океанії Миклуха-Маклай прибув на Малайський архіпелаг.
Це група великих тихоокеанських островів на північ від Авст-ралії. В XIX столітті багатий світ тропічних рослин і тварин цього регіону Землі був маловідомий, походження і расові властивості його корінного населення викликали різні гіпотези в наукових колах Європи. Це була, як писав Миклуха-Маклай, "терра інкогніта", а проблеми етнології населення островів Тихого океану і суспільних форм його буття були зовсім не досліджені.
Для своїх наукових досліджень і довшого поселення Миклуха-Маклай вибрав затоку Астролябії на північно-східному узбережжі Нової Гвінеї, і на косі Гарагассі моряки змайстрували йому неве-лику хатину. Тут вчений прожив 15 місяців, зібрав величезний науковий матеріал антропологічного і етнографічного значення. Миклуха-Маклай доходить думки, що людські раси є споріднени-ми за своїм походженням, що не існує нижчих чи вищих рас лю-дей. Згодом для підтвердження цієї тези вчений здійснить ще 10 мандрівок упродовж 1870-1886 років: до Нової Гвінеї, Філіппін, Малакки, Австралії, Меланезії, Мікронезії. Близько трьох років він прожив серед папуасів Нової Гвінеї. В результі цієї наукової діяльності, наукових досліджень Миклуха-Маклай довів, що ці племена в розумовому і моральному відношенні стоять не нижче європейців, а їхню відсталість зумовлено історичними причинами. Миклуха-Маклай став активно виступати на захист колоніальних народів, зокрема папуасів Нової Гвінеї. Ось лише деякі звернення вченого: в липні 1874 року Миклуха-Маклай подав генерал-губернатору Голландської Ост-Індії Джемсу Лаудону меморандум про жалюгід-не становище мешканців Папуа Ковіай, в якому звертає уваїу на морські розбої, що організовують султани Тідоре і Тернате; 1876 року Миклуха-Маклай пише звернення до намісника Лаудона "Про політичний і соціальний стан папуасів Берега Папуа Ковіай на південно-західному узбережжі Нової Гвінеї", звертається до англій-ського міністра лорда Дербі, до німецького канцлера Бісмарка, росій-ського царя Олександра II, пише до секретаря Російського геогра-фічного товариства. 1879 року Британському верховному коміса-рові в західній частині Тихого океану Гордону він пише: "Ваша Ексцеленціє, довідавшись із допису в "Літлтон тайме", що проек-тується поселення на Маклаєвому узбережжі в затоці Астролябія, я дозволю собі нагадати Вашій Ексцеленції факт, що ця земля є густо заселена і що вона повністю належить різним громадянам, які займаються обробітком землі, що культивувалася століттями...
Згода на продаж землі самозванцям є неприпустима. Але якби так сталося, кожний член спільноти має право домагатися своєї частини оплати, бо земля є спільною власністю..."
Але всі ці звернення вченого залишилися без відповіді... Тим часом стан здоров'я й постійні борги змушували Миклуху-Маклая переїхати до Австралії. Він заледве встигав розраховува-тися з різними кредиторами, банками і торговельними компанія-ми. Тож у 1878— 1882 роках Маклай жив переважно в Сіднеї. Тут він 27 лютого 1884 року одружується з дочкою сіднейського губер-натора Маргаритою Робертсон. 18 жовтня 1884 року у них наро-дився син Олександр-Нільс, а через рік, 29 грудня 1885 року — другий син Володимир-Алан. У лютому 1886 року Миклуха-Мак-лай відплив до Європи сам, бо грошей оплатити дорогу дружині і двом синам у нього не було. Сподівався на підтримку з боку Ака-демії наук в Петербурзі. Однак вона відмовилася навіть надати приміщення для колекції вченого, тому ця колекція довгий час пролежала на складі Миколаївської товарної станції. Наступного 1887 року Маклаю довелося повернутися до Австралії за дружи-ною і дітьми. Сім'я приїхала до Петербурга, але вчений почувався
вже дуже хворим...
Помер Микола Миклуха-Маклай 14 квітня 1888 року, похова-ний на Волковому цвинтарі у Петербурзі. Дружина з дітьми, погостювавши в Малині в його