Перед наступом більшовицьких військ 1 лютого 1919 р. без слідства і суду він був відправлений під вартою Січових Стрільців Осадного корпусу у Галичину до Станіславова тимчасової столиці Західної Області Української Народної Республіки (ЗОУНР) під нагляд місцевої влади. Уряд ЗОУНР зустрів його привітно, надавши отаманові для проживання покої готелю "Уніон", а Державний секретар мав навіть намір запросити П.Болбочана на посаду командуючого Збручським фронтом у війні з поляками. Але С.Петлюра просив не робити цього призначення до закінчення слідства, якого так волів сам затриманий, не полишаючи надії зняти з себе всі обвинувачення та повернути своє добре ім'я. Він 10 лютого 1919 р. надсилає свого чергового відкритого листа Головному отаманові, членам Директорії, прем'єрміністру, начальникові Генерального штабу, головам Українського національного союзу та Української партії соціалістівсамостійників, командиру Осадного корпусу, в якому знову намагається виправдатись за не вчинений "злочин", у гнівний формі закидає проводу Директорії обвинувачення різного ґатунку. Зміст цього листа настільки психоемоційно насичений, що читаючи його стає зрозумілим стан П.Болбочана, його занепокоєння долею української незалежності. Чого варті хоча б, схожі за зойк відчаю, рядки обвинувачення: "Ви думали тільки над всякого сортами соціалізації, Ви думали й думаєте над тим, як найкраще і найдовше зруйнувати Україну. Ви особливо багато працюєте і думаєте над тим, аби не розсердити і догодити Вашим московським товаришамбольшевикам, аби не показатися в їх очах противодемократичними. Ви не бачите того, що цим плодите на Україні таких же товаришівбольшовиків і не бачите того, що через большевизм ведете Україну до "Єдіної Росії".
У той самий час П.Болбочан не міг залишатися байдужим до подій, що розгорталися в армії і на фронті, не приховував свого бажання повернутися до війська. До авторитетного воєначальника активно виявляли тоді підвищений інтерес представники правих партій, що знайшли собі притулок у Галичині. Проте ставлення П.Болбочана до висунутих ними пропозицій не має дотепер достовірних документальних підтверджень.

Майже чотиримісячне перебування у невизначеному стані, без належного слідства і вироку, як і пояснень самого факту арешту завершилося для П.Болбочана звільненням і подальшим переїздом до Чорного Острова, де замість посади військового командира, з якої він фактично не був усунутий в незаконний спосіб, йому приписувалося відповідним наказом Головного отамана (ч.2/344 від 5 червня 1919 р.) виїхати до Італії для формування військових частин з українських полонених для подальшого повернення їх до України. Хоча незадовго до цього 31 травня 1919 р. на своєму засіданні Рада народних міністрів практично одностайно висловилася проти відрядження П.Болбочана до Італії. Не заглиблюючись в аналіз неузгодженостей між урядом і Головним отаманом стосовно цього відрядження, варто підкреслити, що 6 червня 1919 р. П.Болбочан виїхав до м. Проскурова (сьогодні м. Хмельницький) попрощатися з вояками рідного йому Запорізького корпусу. І саме там події стали розгортатися у фатальному для нього напрямку.

За наполяганням командирів полків Запорізької групи і відповідного їх клопотання, адресованого державному інспектору цього військового угруповання М.Гавришка, останнім (який мав на це право за чинним "Законом про Державну інспектуру") 7 червня 1919 р. був виданий наказ про усунення з посади командувача згаданої групи В.Сальського одного з найближчих соратників С.Петлюри, знаного, досвідченого військового командира і призначення замість нього П.Болбочана. Того ж дня М.Гавришко рапортом доповів про це Головному отаману, де серед іншого зазначалося, що намагаючись "охоронити Армію від розпаду, [він] призначив Отамана Болбочана Командуючим Запорозькою Групою, до якого козаки та старшини відносяться з великою любов'ю і кожний гаразд життя своє положити". І далі державний інспектор наголошував, що його кроки були зроблені "для загальної користі", без "жодних політичних міркувань".
Варте уваги, що статус колишнього командира запорожців на той час не був чітко визначеним. Полковник на той момент, як військовик Армії УНР, чий рапорт про відставку залишився без відповіді, знаходився в розпорядженні військового керівництва, хоча й без чіткого визначення якого саме. За такої ситуації фактично ніщо не заважало М.Гавришку повернути П.Болбочана на посаду командира Запорізької групи і навряд чи він тоді припускав, що це може трактуватися як спроба державного перевороту. Не кажучи вже про самого П.Болбочана, який у відповідності до "Положення" про Державний інспекторат зобов'язаний був виконувати всі накази державного інспектора.
Зрештою неоднозначність проблеми про легітимність наказу М.Гавришка пов'язана з відповіддю на одне з найголовніших питань: чи вчинив полковник П.Болбочан злочин у час військових дій намагався самочинно зайняти високу командну посаду, чи він діяв згідно з наказом посадової особи, котра мала реальні повноваження признати й усувати командирів військових підрозділів підпорядкованої йому групи.

Минаючи перипетії намагання П. Болбочана у відповідності до згаданого наказу державного інспектора перебрати командування, слід зауважити, що воно викликало справжній переполох у Ставці і наступні кардинальні дії Головного отамана.

9 червня 1919 р. з'явилися два накази Головного отамана. Першим (ч.479) декларувалася незаконність перепризначень командирів у Запорізькій групі та залишення В.Сальського на посаді, другим написаним власноручно олівцем на бланку телефонограми начальнику контррозвідувальної частини розвідувального відділу Дієвої армії УНР М.Чеботаріву: "За злочинну діяльність проти законного народного правительства, за злочинне захоплення влади" наказувалося заарештувати полковника П.Болбочана та державного інспектора М.Гавришка. Далі події розгорталися дуже швидко. Арештованого у день видання наказу П.Болбочана привезли до Чорного Острова, де він недовго чекав розгляду своєї справи у вагоні контррозвідки. Вже наступного дня 10 червня 1919 р. наказом по військам Дієвої армії УНР ч.207