У день наказу про створення суду відбулося і його засідання. Підсудний не мав змоги ані підготуватися, ані дістати собі оборонця. Хоча у матеріалах слідчої справи П.Болбочана є його письмове прохання "допустити до розгляду його справи, яко оборонця, полковника Наркевича". Призначений на цю роль звичайний козак не залишав сподівань на сприятливий розвиток засідання. У протоколі не зафіксовано жодного слова на захист підсудного факт сам по собі красномовний. Суд тривав понад сім годин і закінчився винесенням вироку "покарати смертю через розстріл".
11 червня 1919 р. Наказний отаман одержав на затвердження акт з вироком, про що в той самий день особисто повідомив С.Петлюру. Формально Головний отаман не виявив своєї участі у остаточному вирішенні долі П.Болбочана, і 12 червня О.Осецький затвердив вирок.
Вислухавши вирок, П.Болбочан, користуючись правом подати протягом 6 годин після рішення суду прохання замінити присуджену кару на більш м'яку, звернувся до О.Осецького: "Я засуджений на смертну кару не так я винуватий, аби нести таку сувору кару. Прохаю Вас, пане Отамане, взяти на увагу і ту працю і ту користь, котру я колись приніс для України". Прохаючи про помилування чи зменшення "суворої кари, полковник виявляє готовність бути "простим козаком, або підвергнутись остракізму".
Подальший розвиток подій, аналіз документів доводить, що вирок був відкладений не на прохання засудженого, а через наміри отримати від нього свідчення про підготовку правого перевороту та імен діячів "правої опозиції", які начебто були його натхненниками, для чого було відкрите нове розслідування.
Після винесення вироку минуло ще десять важких для П.Болбочана днів. 28 червня 1919 р. неподалік від Кам'янцяПодільського на станції Балин полковника Петра Болбочана розстріляли. Там же за півкілометра поховано його тіло. Так скінчився земний шлях 35річного талановитого військовика, який мав великий потенціал і міг принести багато користі своїй державі.
Підсумовуючи короткий екскурс до подій, пов'язаних із життям та діяльністю П.Болбочана у період визвольних змагань, варто підкреслити, що цій непересічній людині військовому професіоналу, не заангажованому у партійнополітичну боротьбу, не вистачило гнучкості у взаєминах з проводом УНР. Він намагався дистанціюватися від політичних інтриг, керуючись насамперед державними інтересами так, як він це розумів, діючи при цьому досить прямолінійно. В результаті йому не вдалося уникнути гострого конфлікту з владою. На жаль, П.Болбочан припустився низки безкомпромісних, непродуманих і сумнівних (щодо доцільності) кроків, і це дало можливість його противникам трактувати його дії як провокаційні, спрямовані на повалення уряду. Як військовик з великим досвідом він не повинен був покладатися виключно на рішення державного інспектора та на звернення до нього активу Запорізького корпусу, а зважати і на позицію Головного отамана, навіть знаючи його відверто неприхильне ставлення до себе. У ситуації, яка склалася і призвела до трагічних наслідків, не останню роль відіграло оточення як Головного отаман С.Петлюри, так і П.Болбочана, а також специфічний характер правових відносин, яким супроводжувалась діяльність вищого військового командування Директорії.
Беручи до уваги свідчення дійових осіб того часу, їх спогади, приходимо до висновку, що полковник П.Болбочан ні української держави, ні її керівників і командування армії не зраджував. У їхніх свідченнях жодного переконливого факту немає, крім загальних фраз про підозру в намірах зради. Єдиною його провиною є порушення військової дисципліни, що виявилася в намірі (саме в намірі, бо полковник Болбочан ще не приступив до командування корпусом) самовільного переобрання на себе обов'язків командуючого Запорізьким корпусом, від чого він формально не був звільнений, хоч це й мало вчинитися з наказом державного інспектора Запорізької групи Гавришка. Але чи мав право Гавришко видавати такий наказ? Якщо мав, то ніякого самовільства немає. До того ж цей вчинок не мав найменших негативних наслідків на фронті. Такий вчинок П.Болбочана аж ніяк не міг бути підставою для винесення смертного вироку. Це підтверджується навіть невпевненістю й сумнівами в оцінці справи Болбочана представниками вищого командування. Так наказний Отаман генерал О.Осецький заявив урядові, що він сам не має права затвердити присудок, бо Болбочан нібито формально не був звільнений з посади командувача Харківським фронтом.
Виконуючий обов'язки начальника штабу Дієвої армії полковник В.Тютюнник зауважував, що з боку Болбочана було "порушення дисципліни" і може йти мова не про злочин, а про провини. Командир Осадного корпусу Січових Стрільців полковник Є.Коновалець своєю чергою підкреслював, що "історія з отаманом Болбочаном є внутрішньою справою Запорізького корпусу, а ніяким державним переворотом. А український громадськополітичний діяч В.Липинський у листі до міністра закордонних справ УНР назвав страту Болбочана "безглуздим партійним терором". В іншому місці В.Липинський назвав це "політичним вбивством".
На сам кінець ще раз варто підкреслити, що суд над Болбочаном був проведений із упередженням до підсудного, без належного дотримання процесуальних норм, а його вирок видається невиправдано суворим. Як і невиправданими є спроби деяких