назвав фагоцитами, а саме явище - фагоцитозом. У наступному, 1883 року, Мечников зробив на з'їзді дослідників і лікарів в Одесі доповідь «Про цілющі сили організму». Подальші 25 років життя він присвятив розвитку фагоцитарної теорії імунітету. Для цього він звернувся до вивчення запальних процесів, інфекційних захворювань і їх збудників - патогенних мікроорганізмів. «До цього зоолог - я відразу зробився патологом», писав Мечников. Працюючи над фагоцитарною теорією, Мечников разом з тим в 1884 і 1885 виконав ряд досліджень з порівняльної ембриології, що вважаються класичними.
Одеська бактеріологічна станція. Від'їзд з Росії
У 1886 Мечников повернувся до Одеси, де очолив створену їм спільно з Н. Ф. Гамалеєю першу в Росії і другу в світі бактеріологічну станцію, яка повинна була займатися виготовленням вакцин і щеплення проти сказу, боротьбою з сараною і т. д. До роботи Мечников залучив групу молодих ентузіастів Д. К. Заболотного, Л. А. Тарасевича, Н. Ф. Гамалею, що стали згодом відомими мікробіологами. Однак через перешкоди, що чинилися йому офіційною владою, Мечников відмовився від завідування станцією. У нього остаточно дозріло рішення покинути Росію і шукати притулки за кордоном. У 1887 Мечников виїхав до Німеччини, а восени 1888 по запрошенню Л. Пастера переїхав в Париж і організував в його інституті лабораторію.
Пастеровский інститут
28-річне перебування у Пастеровському інституті було для Мечникова перідом плідноїпраці і загального визнання. Він був вибраний членом багатьох академій і наукових співтовариств, в т. ч. почесним членом Петербургської АН (1902), а в 1908, спільно з П. Ерліхом, отримав Нобелівську премію за роботи по імунітету.
Приділяючи головну увагу питанням патології, Мечников створив в цей період цикл робіт, присвячених мікробіології і епідеміологіям холери, чуми, тифу, туберкульозу.
У 1891-92 Мечников розробив те, що тісно примикає до проблеми імунітету - вчення про запалення. Розглядаючи цей процес в порівняно-еволюційному аспекті, він оцінив сам феномен запалення як захисну реакцію організму, направлену на звільнення від чужорідних речовин або осередку інфекції.
У останні роки наукової діяльності Мечников намагався з позицій біолога і патолога створити «теорію ортобіозу, тобто правильного життя, засновану на вивченні людської природи і на встановленні засобів до виправлення її дисгармоній...». Вважаючи, що старість і смерть наступають у людини передчасно, Мечников особливу роль відводив мікробам кишкової флори, отруйливим організм своїми токсинами. Режимом живлення, гігієнічними засобами старість, як вважав Мечников, можна лікувати, як і всяку хворобу. Мечников вірив, що за допомогою науки і культури чоловік спроможний подолати протиріччя людської природи (в тому числі і між раннім статевим дозріванням і віком вступу в брак), підготувати собі щасливе існування і, при природному переході «інстинкту життя» в «інстинкт смерті», - безстрашний кінець. Ці погляди викладені в книгах «Етюди про природу людини» і «Етюди оптимізму» (1907). Вірячи в безмежні можливості науки, «яка одна може вивести людство на істинну дорогу», Мечников свій світогляд називав «раціоналізмом» («Сорок років шукання раціонального світогляду», 1913). Релігійний, ідеалістичний лад думок і почуттів був йому чужий. Не дивно, що Мечников і Лев Толстой при їх зустрічі в Ясній Поляні (1909), що широко освітлювалася російською пресою, по суті, не знайшли спільної мови. На політичні переконання Мечников був лібералом, противником всякого насильства; він був знайомий з А. І. Герценом, М. А. Бакуніним, П. Л. Лавровим, але не розділяв їх поглядів.
Мечников створив російську школу мікробіологів і імунологів, серед його учнів А. М. Безредка, Л. А. Тарасевич, Д. К. Заболотний, Я. Ю. Бардах і інш. Крім наукових праць, він залишив величезну літературну спадщину - науково-популярні і науково-філософські роботи, пригадування, статті, перекази і інш.
Переживання, пов'язані з початком Першої світової війни, важко вплинули на Мечникова, погіршили його слабе здоров'я. Хвороба серця, що загострилася привела вчену до смерті.Великий вчений помер 2 (15) липня 1916р., у Парижі. Урна з прахом Мечникова, згідно з його волею, зберігається в бібліотеці Пастеровського інституту.