Кеннеді попросив у Конгреса збільшення війських витрат і збільшив чисельність американських військових загонів у Європі.

Кубинська Криза

У 1960 радянський лідер Хрущов вирішив встановити на Кубі ядерні ракети, які могли досягти східного узбережжя Сполучених Штати. На запит американських журналістів він відкинув, що будь-які ракети поставлялися до Куби, але 14 жовтня 1962 року американський літак-шпигун сфотографував на Кубі радянські пускові установки.

Наслідком цього стала величезна криза американо-радянських відносин. Сім днів Кеннеді консультувався зі спеціалістами, обговорюючи свою можливу реакцію. В той самий час як привселюдно його адміністрація продовжувала зберігати мовчання. 22 жовтня Кеннеді повідомив націю щодо відкриття ракет, вимагаючи, щоб Радянський Союз усунув зброю, і оголосив навколо Куби морську блокаду. Кеннеді призвав Хрущова “зупинити й усунути цю нелегальну, недбалу і провокаційну погрозу до миру в усьому світі і до відносин між нашими двома націями.

У той же самий час спецзагони армії США почали у Флориді готуватися до можливої агресії проти Куби. Американські військові кораблі блокували Кубу з метою не допустити проникнення на Кубу нових радянських ракет.

Протягом кількох напружених днів радянські суда на шляху до Куби уникали длокади, у той час як Хрущов і Кеннеді обговорювали становище через дипломатичні канали.

Результатом кризи стала згода Хрущова 26 жовтня усунути всі наступальні ракети з Куби. 28 жовтня, Хрущов погодився демонтувати й вивести зброю з Куби. У таємному договорі Кеннеді пообіцяв не нападати на Кубу і усунути американські ракети з Туреччини. Кеннеді скасував блокаду і криза поступово спала. Ядерної війни вдалося уникнути.

Це був можливо найвеличніший момент Кеннеді як президента. Багато хто відчував, що і Перша Світова війна я і Друга Світова Війна почалися через неадекватну реакцію до дій агресії, і Кеннеді, можливо, запобіг Третій Світовій війні, показавши мужність і силу.

Криза в Південно-Східній Азії

Розвал Французької колоніальної імперії в Індокитаї у 1954 році підсилило хаотичні процеси на Південному Сході Азії. У цьому регіоні, як в інших, Сполучені Штати і СРСР конкурували. Лаосу і Південному В’єтнаму загрожували комуністичні революції. У липні 1962 року спеціальний представник Кеннеді, Е. Херрімен, уклав міжнародну угоду, що допомагала коаліційному уряду в Лаосі, очолюваному Соуванною Фоумою. Коаліційний уряд, що складалося з комуністичних і некомуністичних елементів було ненадійною опорою для Америки, але на цей час це був єдиний правильний вибір.

Кеннеді був менш успішний на Півдні В’єтнаму, де США військові консультанти навчали Південну в’єтнамську армію починаючи з 1954 року. Південному в’єтнамському уряду президента Нго Дінха Дієма загрожували комуністичні партизани, названі Національним Визвольним Фронтом, що був підтриманий багатьма людьми з сільської місцевості.

Уряд Дієма довів свою нездатність боротися з комуністами або справлятися зі зростаючим невдоволенням серед Південних в’єтнамських Буддистів і інших релігійних груп. Антиурядове незадоволення було особливе сильно серед буддистів, багато з них спалювали себе живцем на знак протесту проти уряду Дієма. Уряд у відповідь звинувачував буддистів у прокомуністичних настроях і вдався до масових арештів. Релігійне тертя між буддистами, урядом Дієма, що був тісно пов’язаним з католиками, було настільки ж могутньою силою, як і політичний конфлікт з комуністами.

У 1961 році Кеннеді збільшив число військових консультантів на півдні В’єтнаму з 700 до 15000. Він також говорив: “у заключному аналізі це є їх (в’єтнамська) війна. Вони – це ті, хто повинен виграти або втрачати це. Ми можемо допомагати їм, ми можемо давати їм устаткування, ми можемо випускати наших людей як консультанти, але вони повинні виграти цю війну самі ”.

Кеннеді незабаром зрозумів, що Дієм був більше зацікавлений збереженням своєї влади, ніж у нанесенні поразки комуністам і формуванню демократії на Півдні В’єтнаму. У 1963 році, коли Кеннеді було проінформовано щодо запланованого перевороту з метою скинення Дієма, він просто наказав не передавати цей матеріал Дієму, а залишити його у таємниці.

Переворот був успішний, і Дієма скинули з уряду. Однак, новий уряд був теж неспроможний вести ефективну партизанську війну з комуністами, навіть незважаючи на збільшену зі сторони США допомогу.

Договір про заборону ядерних іспитів

5 серпня 1963 року, Сполучені Штати підписали обмежений договір про заборону ядерних іспитів з Великобританією і СРСР. Договір оголошував поза законом ядерні випробування в атмосфері, під водою та у космосі. Після Кубинської ракетної кризи, цей договір був важливою перемогою Кеннеді. Він називав його сам як своє найбільшедосягненням за часів президентства.