О. О. Бого-молець обирається Дійс-ним членом Академії на-наук Української РСР, а в 1930 p.— її президентом.
Під його керівництвом відбувається докорінна реор-ганізація структури Академії наук УРСР, перехід від розрізнених кафедр, комісій, кабінетів та інших заста-рілих форм до системи інститутів. Він керував розгор-танням роботи Академії в тяжких умовах евакуації, ко-ли робота всіх її установ була підпорядкована допомозі фронту. Під його керівництвом Академія відновлює і ширше розгортає роботу після повернення до звільнено-
го Києва.
У київський період О. О. Богомолець з групою учнів сладає капітальну багатотомну працю «Основи патоло-гічної фізіології», засновує «Медичний журнал», який протягом 20 років був органом теоретичної медичної думки на Україні, щороку організовує конференції, присвячені найбільш актуальним проблемам медицини проблемам алергії, шоку, патології кровообігу, старін-ня та ін.).
Питання ендокринології. Однією з перших галузей, в якій він почав працювати і до якої потім часто по-вертався, була нова на той час галузь медицини — ен-докринологія.
Ряд праць О. О. Богомольця, присвячених вченню про внутрішню секрецію надниркових залоз, не втрати-ли значення і досі. До їх числа належать «До питання про мікроскопічну будову надниркових залоз у зв'язку з їх видільною діяльністю», «До питання про зміни в надниркових залозах при дифтерії», монографії «До питання про мікроскопічну будову та фізіологічне зна-чення надниркових залоз в здоровому і хворому орга-нізмі», «До питання про надниркові залози. Супрарено-лізини», «Про гіперсекрецію ліпоїдної сполуки корою надниркових залоз при експериментальному ботулізмі», «Недостатність надниркових залоз і спонтанна ган-грена».
Значення робіт О. О. Богомольця в цій галузі поля-гає в тому, що ними вперше в науці доведена реакція надниркових залоз при різних фізіологічних і патологіч-них станах. Встановлена можливість за допомогою спе-цифічних цитотоксичних імунних антитіл викликати сти-муляцію їх функції. Вперше висловлена думка про ліпоїдну природу гормонів коркової частини надниркових залоз.
Як зазначалося, О. О. Богомолець вже на початку нашого століття на підставі своїх дослідів дійшов висновку, що кора і мозкова речовина надниркових залоз являють собою два самостійних органи, кожен зі своїми специфічними функціями; на основі ретельного вивчення мікроскопічних картин кори надниркових залоз при різних станах організму висловив припущення про ліпоїдну природу секрету кори надниркових залоз і виявив посилення його виділення при м'язовій роботі, інфекції та інших станах. Ці положення суперечили па-нівним в той час поглядам, згідно з якими жири та жироподібні речовини можуть лише відкладатись в клі-тинах і не можуть бути продуктом секреції.
Пізніше О. О. Богомолець висунув припущення про роль недостатності кори надниркових залоз не лише при втомі та інфекції, але й при шоку, діабеті й інших пато-логічних станах.
В лабораторіях О. О. Богомольця вивчалося і багато інших питань, пов'язаних з функціями залоз внутріш-ньої секреції. Результати робіт, які були виконані до 1927р., узагальнені в ряді його статей та в монографії«Криза ендокринології».
Імунітет та алергія З перших років наукової діяль-ності увагу О. О. Богомольця привертають також пи-тання імунітету та анафілаксії. Їм присвячено такі пра-ці, як «Роль сенсибілізуючих речовин нормальних і специфічних сироваток в явищах фагоцитозу», «Гіпотези і факти у вченні про анафілаксію», «Про ліпоїдну ана-філаксію», «Про найближчі завдання вивчення етіоло-гії, патогенезу та специфічної профілактики висипно-го тифу», «Анафілаксія як реакція інтрацелюлярного зв'язування комплементу», «Про механізм лікувальної дії протеїнової терапії» та деякі інші.
Вже в ранніх працях висловлюються думки, які були розвинуті в наступні роки: припущення, що антигенні й анафілактогенні властивості зумовлені не лише білками, а й ліпоїдами, визнання залежності вірулентності збуд-ника хвороб від умов дії в організмі, ідея про значення захисних сил організму в боротьбі з інфекцією і можли-вості їх стимуляції. Розвитку цих ідей пізніше було при-свячено велику кількість робіт О. О. Богомольця та йо-го учнів.
В 1936р. за ініціативою О.О.Богомольця в Києві була організована конференція з питань алергії, на якій він виступив з оригінальною за формою та змістом доповіддю «100 питань з проблеми алергії». В цій допові-ді, насиченій фактами, взятими з літератури та одержа-ними в дослідженнях автора і його співробітників, були поставлені питання, на які потрібно було дати відпо-відь, щоб створити умови для розвитку вчення про алер-гію.
Розроблюючи теоретичні питання вчення про інфек-цію, О. О. Богомолець, як завжди, тісно пов'язував їх з завданнями практики. Так, в роки громадянської війни він приділяв велику увагу питанням діагностики та профілактики висипного тифу. Під час Вітчизняної вій-ни він разом з М. Д. Стражеском організував роботу в госпіталях з метою комплексного вивчення та лікування ранового сепсису.
Фізіологія та патологія кровообігу. В ряді робіт О. О. Богомольця розроблено питання фізіології та па-тології кровообігу. Ним було висунуто оригінальне твердження, що основною силою, яка рухає кров у суди-нах, є атмосферний тиск. Серце лише підтримує різницю між тиском крові в аорті і біля отвору порожнистих вен, створюючи свого роду систему сифона.
В одній з ранніх праць («Про тиск крові в дрібних артеріях і венах (близьких до капілярів) за нормальних і деяких патологічних умов», 1911) в ряді ретельно пос-тавлених експериментів О. О. Богомольцем було дослід-жено розподіл кров'яного тиску в різних відділах судин-ної системи. На підставі цих досліджень він, всупереч панівним в ті часи уявленням, дійшов висновку, що більша частина кров'яного тиску витрачається на подо-лання опору не в капілярах, а в передкапілярних арте-ріолах, що являють собою ніби шлюз, який регулюється нервовою системою. Така регуляція дає можливість збільшувати або зменшувати доплив крові в капілярну сітку залежно від потреб тканин в харчових