1657 року гетьман уклав таємний договір з шведським королем Карлом Х і семиградським князем Юрієм Ракочієм про переділ Польщі. Згідно 9 угодою та успіхом союзників Україну визнавали назавжди незалежною від Польщі державою. Тоді гетьман гіо-слав на допомогу союзникам 12 тисяч козаків. Одначе поляки повідомили про дії Хмельницького московський уряд, і цар пь^едав через своїх бояр суворе попередження гетьманові за союз із царськими противниками. Ал? вони настирливо добивались зустрічі з гетьманом, дорікали йому, вимагали, щоб відряджений загін повернувся назад. Ця обставина зашкодила союзникам Хмельницького і змусила їх зректися своїх планів.
Місяців зо два перед смертю Богдан скликав у Чигирині козацьку раду, на якій мали вибрати нового гетьмана. Тут Хмельницький звернувся до козаків Із прощальним словом, подякував їм за вірність і послух, мовивши «Бог знає, братове, чиє це нещастя, що не дав м*-ні Господь закінчити цю війну так, як хотілося: по-перше, ствердити навіки незалежність і вільність нашу; по-друге, звільнити від ярма Польського також Волинь, Покуття, Поділ і Полісся, одне слово — усі землі, якими володіли великі українські князі, і схилити їх під високу руку всеросійського монарха. Бог задумав інакше. Не встиг я завершити свою справу, і вмираю з великим смутком, не знаючи, що буде після мене. Прошу вас, братове мої, доки я живий, виберіть собі вільними голосами нового гетьмана. Якщо я знатиму якось вашу майбутню долю, то спокійно ляжу в могилу».
Козаки, бажаючи зробити приємне своєму улюбленому вождеві, вибрали на свій найвищий уряд його неповнолітнього сина Юрія. Старого гетьмана охопили батьківські почуття і, розуміючи нездалість Юрія, він затвердив цей вибір, який пізніше завдав великих страждань Україні.
Помер Хмельницький 6 серпня 1657 року. Поховали його в Суботові у кам'яній церкві, яку він спорудив і яка збереглася до наших днів. Але 1664 року польський воєвода Стефан Чарнецький, спустошуючи Чигиринське староство, спалив Суботів і звелів викинути з домовини для ганьби кістки славетного гетьмана.