Андрусівського миру, за яким Україна розділялася між обома державами на Правобережну, під Польщею, та Лівобережну, під Москвою, він рішуче відкинув пропольський курс і вирішив відродити один з давніх проектів Бо-гдана Хмельницького — союз з Оттоманською Портою. Восени 1667 року Дорошенко за допомогою турків здійснив похід на західноукраїнські землі, щоб включити їх до складу козацької держави. Ян Казимир внаслідок цього походу змушений був надати Дорошенкові на Правобережжі широку авто-номію, але успіх було зведено нанівець тим, що харківський полковник Іван Сірко та кошовий Іван Ріг напали на Крим і союзник Дорошенка калга-султан Гірей пішов на примирення з поляками.
Наприкінці 1667 року Дорошенко ще вів переговори з московським урядом про відновлення у повному обсязі прав і вольностей Війська Запорозького і об’єднання обох частин України. Йому навіть вдалося схилити на свій бік Івана Брюховецького, який почав розуміти своє хитке становище під рукою Москви і в лютому 1668 року закликав населення Лівобережної України піднятися на боротьбу проти московської неволі. До березня більшу частину Лівобережжя було звільнено від московського війська. У червні П.Дорошенко здійснив похід у Лівобережну Україну, в результаті якого ко-заки, незадоволені політикою І.Брюховецького, вбили його і обрали гетьма-ном об’єднаної України Петра Дорошенка. Спираючись на турків, Доро-шенко почав зміцнювати державу, намагаючись позбутися зверхності як по-ляків, так і московитів за допомогою вірних йому полків та сердюцького війська.
Але й тоді, як уже не раз було в Україні, занепокоєна зростанням гетьмансь-кої влади частина старшини почала її підривати, переходячи на бік супер-ників Дорошенка. У серпні 1668 року татари зробили спробу замінити Доро-шенка за допомогою запорозького писаря А.Суховія. Дорошенко розправ-ляється з новим противником, але натомість поляки висунули свого ставле-ника Михайла Ханенка й захопили Правобережжя. Виступивши проти по-ляків та Ханенка Дорошенко замість себе залишив наказним гетьманом Лівобережної України Дем’яна Многогрішного. Після цього Москва, скори-ставшись вигідною для себе ситуацією, рушила на Лівобережжя і змусила Дем’яна Многогрішного зректися Дорошенка й визнати зверхність російського царя. У серпні 1668 року Дорошенко здійснює ще одну спробу за допомогою Туреччини зламати хід подій. Він посилає до Стамбула посоль-ство з проектом угоди, яка могла забезпечити єдність українських земель від Вісли, Перемишля й Самбора до Севська й Путивля у межах однієї держави.
У березні 1669 року Корсунська рада дала згоду на прийняття Україною ту-рецького протекторату і підтвердила гетьманство Дорошенка по обидва бе-реги Дніпра. Водночас Дорошенко намагався досягти порозуміння з Дем’яном Многогрішним. У своїх листах до нього він писав про руйнування Гетьманщини, про заслання Москвою патріотів-українців до Сибіру, пропо-нував скликати раду всієї України для вирішення долі вітчизни, щоб відновити її цілісність. Водночас він продовжував гнучку дипломатичну політику з московським та польським урядами. Надзвичайними зусиллями Дорошенкові на короткий час вдалося згуртувати навколо себе частину ко-зацької старшини, зміцнити державні інституції й знайти оптимальний варіант узгодження своєї влади і влади старшини скасуванням інституту чор-них рад. Але ні Московська держава, ні Польща, ні Туреччина не бажали створення незалежної самостійної України. Влітку 1672 року під час війни між Туреччиною і Польщею, в якій Дорошенко став на бік турків, Україна стала ареною жорстоких і спустошливих військових дій, які перетворили її в руїну. Спілка з ненависними більшості українського населення «бусурма-нами» підірвала владу Дорошенка і його популярність серед народу. У 1675—1676 роках, під час битви за Чигирин, Дорошенко опинився на боці турків і змушений був воювати проти козацького війська, підвладного Москві. Зрозумівши безнадійність ситуації і хиткість свого становища, він у вересні 1676 року складає свої повноваження і здає-ться московському уря-дові.
Відтоді аж до гетьманування Івана Мазепи Україна не мала більше зверх-ників, які б так палко й послідовно обстоювали ідею державної са-мостійності. Політична та військова експансія Польщі, Туреччини та Росії спричинила руйнування Правобережної України. Спустошливі напади турків і татар, міжгетьманські та міжстаршинські усобиці і чвари призвели до зни-щення сотень населених міст, сіл і містечок, до запустіння великих територій, через що цей період дістав в історії назву «Руїна». А на Лівобережжі відбувався цілеспрямований і жорсткий наступ московської влади на воль-ності Війська Запорозького, знищення останніх державних інституцій і цер-ковної самостійності.
Дорошенко пережив і свого союзника Івана Сірка, що помер 1680 року, і свого противника Івана Самойловича, що скінчив життя 1687 року в Сибіру. Поховали Дорошенка у центрі села Ярополчого, під правим крилосом де-рев’яної церкви великомучениці Параскеви, на могилі поклали камінь, який зберігся донині. Від шлюбу Дорошенка в Ярополчому походить дружина О. Пушкіна — правнучка гетьмана Наталія Гончарова.