З перших днів Хмельниччини Адам Кисіль став лідером партії компромісу, яка шукала способів примирення з повсталими. йому, зокрема, як досвідченому дипломату й православному русину, було доручено вести перші переговори з Богданом Хмельницьким у лютому 1649 р. в Переяславі, а згодом, у вересні 1651 р., у Білій Церкві. Діяльність дипломата протягом початкового періоду війни підпорядковувалася ідеї досягнення згоди між Польщею та Україною, між якими роздвоювалася душа київського воєводи, ревного підданого й політичного діяча Речі Посполитої, з одного боку, але не менш щирого православного, закоханого в свою «милу Русь» – з іншого. В обстановці загостреного національного конфлікту й ворожнечі роздвоєність Киселя, його прагнення до пошуків миру і злагоди не мали популярності ні серед українців, ні серед поляків. В Україні зневажали, дорікаючи, що його «українські кості людським м'ясом поросли», а в Польщі ненавиділи як зрадника і підозрювали у таємних шпигунських діях на користь Хмельницького.

Відштовхнутий сучасниками, чужий серед своїх, Адам Кисіль помер самотньо у Низкиничах 3 травня 1653 р.; був похований у церкві заснованого ним же місцевого монастиря, де й досі зберігається його надгробок. Жінка Киселя Анастасія, дочка київського шляхтича Філона Гулковича, похована там же. Оскільки дітей у них не було, величезні маєтки, що належали Адаму за життя, розійшлися між племінниками Дорогиницької гілки роду, нащадки якої ще наприкінці минулого століття жили в Австрії.