Якраз під час Другої Світової війни митрополит робить низку таких фантастичних унійних заходів-призначень: Миколая Чарнецького призначає екзархом Волині, Полісся, Холмщини, Підляшшя; свого брата Климента, ігумена студитів, – екзархом Росії і Сибіру (куди Климент потрапив уже не як екзарх, а як в’язень); Йосифа Сліпого, свого наступника, – екзархом Сх. України; екзархом Білоруси – Антонія Неманцевича.

Можливо, вбивство родини у Прилбичах та страхітливі злочинства “перших совітів” ще стояли в нього перед очима, коли він вітав “побідоносне німецьке військо” 5 липня 1941 року. Проте ніхто з єпископів – “князів Церкви” – у цілій Европі не виступав потім так відкрито й беззастережно проти фашизму в багатьох пастирських посланнях (грудень 1941; лютий 1942 – лист до Гіммлера; березень 1942; 29–31 серпня 1942 – розпачливий лист до папи Пія XII; 21 листопада 1942 – послання “Не убий”). Це приводило до фашистівських обшуків на Св. Юрі, під час яких німці розкривали навіть труни покійників.

Наказав сховати понад 300 єврейських дітей та цінні єврейські документи. У рятуванні євреїв йому допомагали, серед інших, сестра Йосифа Вітер (1946 її ув’язнено загалом на 30 років) і брат Климент (37 євреїв; на фабриці взуття, яка належала студитам, – ще 16 євреїв; арештований 1947). Мусимо, однак, сказати, що митрополит приховував цю свою порятункову акцію від більшої частини духовенства – і тому, що цього вимагали обставини, і через антисемітизм значної частини священиків.

Передчуваючи, що радянська влада буде нищити Церкву, митрополит заповідав, щоб священики, ченці і черниці вчилися якогось ремесла.

Помер Владика 1 листопада 1944 року, коло 13 год., три дні перед тим переставши з будь-ким розмовляти.

5 листопада відбувся похорон у Львові. По суті, то був похорон Галичини – величний, феєричний і зловісний, з ворожим військовим супроводом. Хрущов нібито приїхав із вінком від Сталіна (невідомо, правда це, чи міт); один большевицький достойник сказав, що Шептицький після Шевченка то був найбільший українець.

Чому його таки не вбили займанці? Не наважилися німці, приносили по ночах хрестити дітей енкаведисти (правда чи міт?).

...

Вже тільки для Вас маю жити, – для Вас усе посвятити, – ба навіть за Вас, як цього треба буде, і життя своє віддати... Отже, нині враз із апостолом кажу і заявляю, – а Бог свідком, що з чистим сумлінням заявити це можу: “Я сам бажав би бути відлученим від Христа за моїх братів, рідних мені по тілу!” (Рим 9,3).

“Нехай нині умру, – нехай у вічності не зазнаю щастя, нехай відлучений буду від Христа, – коби лиш Ви, Браття мої по крові, були спасенні” (“Перше Слово Пастиря”, 1900 рік).