Полуботок, довідавши ся про се, зрозумів добре, до чого воно прямує і чим може скінчити ся. Румянцев з Вел’яміновим легко могли добути від людей такі відповіли яких їм було треба, особливо, що Україна зістала ся без старшини і не було кому запобігти тому. Перед грізним московським начальством люде здебільшого відповідали б так, як їм відповіли піддавали, значить богато зібрало ся б голосів за заведеннє московських порядків на Українї–ше як би до того подавала ся надїя, що людям повернуть землі забрані старшиною. Незможучи сам виїхати з Петербурга, Полуботок післав від себе людей на Україну з наукою, як поводити ся при тій ревізії старшинських кривд яку буде вести Румянцев, і які давати відповіли на його запитання.

Разом з тим, на його бажаннє, козацьке військо, що стояло на полудневій границї над р. Коломаком, вислало до царя свої прошення, де скаржило ся на всякі кривди від нових великоруських правителїв, на незаконні побори, на тяжкі постої московських військ і знищеннє народу від них, та просило знову дозволу на вибір гетьмана по давнім і порядкам.

Не було в тім, як бачимо, нїчого незаконного, але цар Петро страшенно розгнівав ся, що Полуботок так іде йому впоперек дороги, звелїв арештувати його і всю старшину, що була з ним в Петербурзі, і всадити до вязницї. Також наказав арештувати всїх хто складав коломацькі пункти і прислати їх до Петербурга. Не маючи в чім обвинуватити Полуботка в його політичній дїяльности–бо власне поступав як найкраще для добра свого краю, розпочали против нього слідство про його правліннє полкове та про господарство про кривди людям і козакам, які звичайно тоді були за кождим старшиною–в тих скуплях земель козацьких, в кріпощенню. Так його тримали під слідством кілька місяців, і не діждавши ся того кінця він умер в осени 1724 р., в Петропавловській кріпости.

Ся смерть його у вязницї зробила велике вражіннє на Українї, особливо між старшиною. Полуботка прославляли як героя–мученика за Україну. Оповідали, що він сміло докоряв Петрови за нарушеннє українських прав, доводив, що придавленнє України не робить йому ніякої чести–далеко більше слави правити свобідним і вдячним народом, ніж гнобити його силою. Пригадував вірність і службу Українців, і докоряв цареви, що за ті служби кріваві платить їм гнівом і ненавистю: „За те все ми замість вдячности здобули тільки зневагу і поневірку, попали в останню неволю, платимо дань ганебну і незносну, змушені копати вали і канали, сушити болота непроходимі, гноючи їх трупами наших покійників, що цілими тисячами гинули від утоми, голоду і нездорового повітря; і всі ті біди і кривди наші тепер ще збільшили ся під теперішніми порядками: начальствують над нами чиновники московські, не знають прав і звичаїв наших і майже безграмотні –знають тільки, що їм все над нами чинити можна". Розгніваний Петро крикнув на Полуботка, що буде йому смерть за се, і звелїв всадити до вязницї. Але як довідав ся, що Полуботок у вязницї тяжко розхорував ся, прийшов до нього сам, просив йому вибачити і лїчити ся, щоб не довести до смерти. Та Полуботок не прийняв царської ласки і відповів: „За невинне стражданнє моє і моїх земляків будемо судити ся у спільного і нелицемірного судиї, Бога нашого: скоро станемо перед ним, і він розсудить Петра з Павлом". І справді скоро після того умер і цар Петро. Так оповідали на Українї, і по старих домах українських дуже часто можна було стрінути портрет Полуботка і під ним підписані слова „з мови, що Полуботок говорив цареви Петрови":,.Вступаючись за отчизну, я не боюсь нї кандалівнї тюрми, і для мене лучче найгіршою смертю умерти, як дивитись на повшехну гибель моїх земляків". Одначе Полуботок на сих портретах не подооає на дійсний портрет Павла Полуботка: малюєть ся він тут далеко старшим, тож думають, що на сих портретах представлений його батько Леонтий, Котрого помилкою помішали з його сином Павлом.

Негайно після похорону Івана Скоропадського старшина звернулася з проханням до Петра 1 дозволити провести вибори новогогетьмана, а тимчасово уповноважила Чернігівського полковника Павла Полуботка перебрати правління як наказний гетьман. Одночасно приїхав до Глухова бригадир Вельямінов і зформував Малоросійську Колегію. Так постали два уряди: Генеральна Військова Канцелярія з наказним гетьманом Полуботком та Малоросійська Колегія з бригадиром Вельяміновим, і між ними почалися тертя.

Павло Полуботок користався великою пошаною серед старшини й козацтва. Це була людина енергійна, твердої вдачі, оборонець автономних прав України. Він подав протест до Сенату проти Малоросійської Колегії, яка зверталася до Генеральної Військової Канцелярії з наказами, як до підвладної їй установи, і цим разом добився, що Сенат наказав Вельямінові звертатися до Військової Канцелярії з «промеморіями» і надалі працювати в контакті з вищими українськими