Управління обліку доходів та збору податків складається з двох відділів. Управління перевірки рахунків та кримінального розслідування також має два відділи, у ньому працює керуючий з міждержавним розслідуванням податків.

Районні податкові управління мають у своєму розпорядженні трохи інші підрозділи, однак, усі вони мають управління узгодження і господарства, більшість з них - два управління оподатковування, управління обліку доходів і збору податків, управління перевірки рахунків і кримінального розслідування. Деякі, наприклад Каназава і Кумамото мають лише одне управління оподатковування, інші, як Токіо, Нагоя й Осака - управління перевірки рахунків і управління кримінального розслідування, причому податкове управління токійського району включає чотири управління перевірки.

Управління узгодження і господарства складається з дев'яти відділів (узгодження, двох кадрових, підготовки кадрів, обліку, соціального планування, двох відділів по автоматичній обробці даних) і двох служб (суспільних зв'язків і податкового радника).

Крім того, у цьому управлінні працюють чотири керуючі: по автоматичній обробці даних, нагляду за роботою податкових рахівників, по кадрам, будівництву і ремонту.

Управління оподатковування включає сім відділів (прибуткового, майнового, корпоративного і винного податків, податку на споживання, зведень і перевірок) і службу по пивоварству. Тут працюють керуючий по податкових зведеннях, службовець по податкових спорах, особливі службовці по оцінці майна по виробництву спиртних напоїв.

Управління обліку доходів і збору податків складається з п'яти відділів (обліку доходів , збору податків, оперативної групи, двох - узгодження особливого стягування податків) і служби по податкових спорах. У ньому працюють службовці по податкових спорах, по доходах , особливий службовець по доходах , що займаються примусовими стягуваннями податків.

Управління перевірки рахунків і кримінального розслідування має чотири відділи (перевірки рахунків, перегляду податкових зобов'язань, кримінального розслідування й узгодження). У цьому керуванні працюють особлива особа, що перевіряє, головна особа, що перевіряє, особливий слідчий і головний слідчий.

Районне податкове управління під наглядом центральної установи Національного податкового управління керує роботою розташованих у районі податкових служб, у деяких випадках робить на них прямий тиск, а деякі обов'язки бере на себе. Так, управління перевірки рахунків і кримінального розслідування районного управління займається перевіркою рахунків великих корпорацій по корпоративному податку, податку на споживання і розслідує випадки ухилення від національних податків. Управління оподаткування перевіряє рахунки по винному податку і податку на бензин, а управління обліку доходів і збору податків проводить примусове стягнення податків у випадках значних приховань доходів.

Окружні податкові служби є безпосередніми виконавцями податкового законодавства, вони виконують наступні функції:

стежать за утриманням податку;

збирають податки по деклараціях;

займаються обкладанням доходів і майна, не охоплених першими видами стягування податків;

розглядають податкові спори;

роблять податкові консультації і т. д.

Кожна податкова служба вправі стягувати будь-який внутрішній податок.

Устрій окружної податкової служби відрізняється в залежності від величини округу. Податкову службу очолює директор, у великих податкових службах директор має заступника, особливого службовця по доходах і особливу особу, що перевіряє, особу, що займається перевіркою рахунків великих платників податків. Більшість податкових служб складається з відділу узгодження і трьох груп (облік доходів і збору податків, перевірки рахунків особистих платників податків, перевірки рахунків корпоративних платників податків). Крім того, у податковій службі працюють особливий службовець по суспільних зв'язках і головний перевіряючий по спиртних напоях, що спостерігає за їх виготовленням і сплатою винного податку.

Відділ узгодження займається кадрами, звітністю, соціальними питаннями й узгодженням усієї роботи окружної податкової служби.

Група обліку доходів і збору податків - зобов'язана враховувати різні джерела доходів, збирати податки, примусово стягувати їх у випадках приховання доходів .

Група перевірки рахунків особистих платників податків - займається збором особистого прибуткового податку, податку на споживання, майнового податку і збором відомостей по податках.

В останні десятиліття, у міру швидкого розвитку економіки країни, у містах помітно збільшилася кількість оподатковуваних об'єктів, що зажадало поділу деяких великих податкових служб і створення нових. У 1972 р. була створена районна податкова служба Окінави; на відміну від районних податкових управлінь вона не має структурних управлінь, а складається з відділів. У 1990 р. у Національному податковому управлінні, включаючи районні управління й окружні служби, були зайняті 52,6 тис. чоловік (без представників коледжу і податкового суду), з них 89,5% - чоловіки та 10,5% - жінки. Більш ніж 69% податкових службовців - особи віком до 40 років.

Група перевірки корпоративних платників податків - відповідає за збір корпоративного прибуткового податку, податку на споживання, стягнутого з корпорацій, прибуткового податку, утримуваного з джерела доходу, та за інші непрямі податки.

Найменша податкова служба складається з відділу узгодження і групи перевірки рахунків, в якій обов'язково працюють головна особа, що перевіряє і головний службовець по доходах.

Щорічно Національне податкове управління наймає нових працівників це:

випускники старших класів (12 років навчання) шкіл, що здали іспит третього класу для роботи на державній службі;

випускники університетів, що здали іспит на фахівця з національних податків;

випускники університетів, що витримали іспит першого класу.

Іспити проводить Національне управління кадрів при кабінеті міністрів, що відповідає за роботу з державними службовцями.

Система заробітної плати податкових службовців визначається законом. Як правило, ставки заробітної плати податкових службовців трохи вище, ніж в інших державних службовців. Це пояснюється тим, що податкова служба вимагає різнобічної підготовки і сполучена з деяким ризиком. У залежності від складності виконання роботи зарплата податкових службовців має 11 ступенів. Знов найнятий службовець, що пройшов початкове навчання, одержує заробіток першого ступеня, а керівники окружних податкових служб (у залежності від величини округу) - від 9-й до 11-й ступеня