Першим ігуменом Мукачівського монастиря згадується Лу-ка. Про нього згадує 1458 року Матвій Корвин грамотою на право закріплення за монастирем сіл Бобовище і Лавки. Друга грамота 1488 року доручає розглянути скаргу ігумена Луки. Період ігумена Луки можна вважати епохою розквіту монастиря, адже з того часу розпочалося ведення літопису, а монастир одержав право на свої володіння. Першим Мукачівським єпископом грамотою від 31 липня 1491 року узаконюється "містоблюститель монастиря" Йоан. Він пробував збирати десятину і з тих сіл, які були підпорядковані Грушівській ставропігії, що загострило стосунки між монастирями.

У 1537 році Мукачівський монастир зруйновано війною між Габсбургами і Семигородськими князями. Мукачево і його домінія переходили з рук в руки. Тоді й загинула велика частина монастирських документів.

Відбудова монастиря проходила між 1538 і 1550 роками при єпископі Василії І. Імператор Фердинанд І вважав церкву важливим фактором, через який можна впливати на людей. Цим скористався єпископ Василій І, одержавши грамоту імператора від 1.10.1551 р., якою приписувалося священикам платити єпископу "катедратикум". До того деякі православні священики брали від своїх прихожан церковну данину. Грамотою імператора від 9.10.1551 року вимагався послух духовенства Мараморощини Мукачівському єпископу, а грамотою від 15.03.1552 року засуджувалося втручання магнатів у церковні шлюби. Іншою грамотою дано дозвіл на будівництво млина на ріці Латориця.

При владиці їларіоні в Мукачівському монастирі переписувалися богослужебні й повчальні книги. Монастир був резиденцією єпископа, притулком для мандрівних монахів і центром просвіти.

Михайло Лучкай у своїй "Історії карпатських русинів" пише, що теля смерті їларіона Мукачівським єпископом був призначений Євфімій, прибічник семигородських князів. Але після взяття Мукачева австрійськими військами, Євфімій повинен був тікати в румунське село Лопхадь Сатмарськоїжупи, а помер в.монастирі Гемер 1583 року. Після єпископа Євфімія на чолі Мукачівської єпархії став Амфілохій. У період його правління відбувся Брестський собор, але владика на ньому не був.

До цього періоду належить й організація Острозької школи (1578), яка була прототипом Київської Духовної Академії. Шко-ла при Мукачівському монастирі зазнала безпосереднього впливу Острозької школи. Тут вже тоді було чимало книг перших Острозьких видань. Граматика Метелія Смотрицького мала вплив на закарпатську граматику Арсенія Коцака, який жив і помер у монастирі.

У списках 1599 року згадується єпископ Гавриїл, якого феодал Гашпар Магочі тримав у тюрмі, а потім, отримавши 50 зо-лотих флоренів, відпустив. Закарпатський історик Іван Дулишкович припускає, що наслідник Гавриїла - Сергій був посвячений у архієреї в Києві. Період єпископа Сергія підтверджується ба-гатьма грамотами, що дійшли до нас. Вони видані ерцгерцогом Матвієм, генералом Гонзага, володарем домінії Стефаном Бочкаєм, Валентином Другетом, Ференцом Магочі. Він згадується і як ігумен, і як єпископ.

У 1614 році в документах згадується ім'я Мукачівського єпископа Софронія, якого володар домінії граф Естергазі теж тримав у тюрмі. Історик З.Ашкіназі запевняє, що першим правос-лавним єпископом Угорської Русі, який визнав Брестську унію, був Мукачівський єпископ Парфеній. У грамоті Г.Бетлена 1623 року, якою затверджувався єпископ Петроній, сказано, що він об'єднує всі церкви грецького обряду, тобто православні.

У 1626-1633 роках Мукачівським єпископом був Йоан Григорович, людина високоосвічена, він володів багатьма древніми мо-вами і мистецтвом. У грамоті йому наказувалося заснувати біля монастирів школи. При Мукачівському монастирі така школа діяла, у ній основна увага спрямовувалась на вивченні мов. Помираючи, єпископ Йоан залишив заповіт - призначити спад-коємцем Василя Тарасовича. І не дивно, бо Василь Тарасович до-сконало володів багатьма мовами, був добрим оратором, людиною інтелігентною і високоосвіченою. Тарасович користувався наданими монастирю правами, виходячи з грамот Ф.Корятовича, Фердинандаї, розпоряджень Ізабели,

Капітан Мукачівського замку Балінг, фактичний диктатор Мукачівської домінії, спершу ставився до Тарасовича прихильно, та згодом їх стосунки зіпсувалися. Це було тоді, коли тридцятилітня війна досягла найбільшого апогею. Візантія знаходилась під владою турків, і православні Мукачівської єпархії не' мали захисту. Мукачівські єпископи раніше посвячувалися в Галичині, потім у Молдавіїта Трансільванії. Звідти ж надходили й церковні книги. Тепер Україна часто повставала проти польських панів, а Москва сама переживала "смутні часи".

Єпископ Тарасович опинився серед двох вогнів. На нього тиснули: або прийняти унію з Римом і підпорядкуватися кальвинським князям, або залишитися в старій вірі, але не мати покровителя. Він шукав виходу, та в той час знайти його було дуже нелегко.

Капітан Балінг, підозрюючи Тарасовича в унії, наказав заарештувати єпископа і в повному архієрейському одязі провести вулицями Мукачева і запроторити в замкову тюрму.

Почувши про цю зухвалість на захист Тарасовича виступили володар Ужгородської домінії граф Другет, Нітрянський єпископ Альберт Цегледі, генерал Нярі, архідіакон Варро... Нарешті на захист Тарасовича виступив сам імператор Фердинанд II.

Просидівши в замковій тюрмі майже два роки, Тарасовича oзвільнили. Але указом Фердинанда його перевели в Каллов Саболчанської жупи з призначенням йому субсидії в 200 флоренів.

Як тільки Тарасович був заарештований, єпископську посаду зайняв Порфирій Ардан, але в єпископи не був посвячений і в 1643 році помер. Похований в Мукачівському монастирі. Замість нього Мукачівським єпископом було призначено священика з Доробратова Йоанна Юска. Офіційною датою прийняття унії на Закарпатті вважається 1646 рік, коли в Ужгородському замку зібрали 63 священиків, які вирішили прийняти унію.

Після смерті Тарасовича для уніятів було прислано з Трансільванії єпископа Петра Парфенія, але Рим звання єпископа йому не надав, бо Мукачівська єпархія Римом не визнавалась. Не міг поселитися Парфеній і в монастирі, бо там жив православний єпископ Іоанікій Зейкан. Коли семигородська княгиня Софія Ба-торій стала католичкою,