Національний історико-археологічний заповідник у Севастополі "Херсонес". Великі історико-археологічні музеї України є ще в Керчі та Дніпропетровську. Окрему групу становлять музеї-заповідники (архітектурно-історичні та історико-культурні), до складу яких, крім експозиції, входять архітектурні, історичні, літературні та інші пам'ятки, що знаходяться на території заповідника. їх створюють у будівлях, які становлять велику історичну чи художню цінність чи є визначними історико-культурними пам'ятками. Найбільші з них: національний архітектурно-історичний заповідник "Софійський собор", відкритий в 1934 р. в центрі Києва; історико-культурний заповідник на о. Хортиця (Запорізька область), Переяслав-Хмельницький історико-культурний заповідник, Кам'янець-Подільський історичний музей-заповідник, Чернігівський архітектурно-історичний заповідник тощо.
Великим і цікавим заповідником України є Києво-Печерський національний заповідник. На площі 28 га міститься понад 80 стародавніх споруд, які мають історичну і художню цінність. Серед них такі визначні пам'ятки, як Успенський собор XI ст., церкви - Троїцька Надбрамна і Спаса на Берестові, дзвіниці на Дальніх і Ближніх печерах XVIII ст., кріпосні мури і вежі XVIII ст., печери, підземні церкви та ін. У заповіднику зібрано унікальні колекції образотворчого та декоративно-ужиткового мистецтва, малярства, гравюри, зразків українського золотарства, гаптування коштовних тканин тощо. На території заповідника міститься 4 музеї загальнодержавного значення: Музей історичних коштовностей України, Державний музей українського народного декоративного мистецтва України, Державний музей театрального, музичного та кіномистецтва України, Державний музей книги та друкарства України.
Краєзнавчі музеї. Музеї цього профілю збирають, зберігають, вивчають і експонують матеріали, що розповідають про природу, економіку, історію і культуру певного краю. У них зібрані геологічні, ботанічні, зоологічні, палеонтологічні, археологічні, етнографічні та інші колекції, знаряддя праці, вироби місцевих промислів різних історичних періодів, твори мистецтва, літератури, народної творчості тощо. Специфіка краєзнавчих музеїв полягає в тому, що вони мають широкий діапазон експозицій, поєднують риси музеїв історичного і природничо-наукового профілю, а іноді мають ще художні, літературні чи меморіальні відділи. Через це їх називають ще музеями комплексного профілю. Попередниками сучасних краєзнавчих музеїв були місцеві музеї, які виникли в Україні в кінці XIX - на початку XX ст.: Миколаївський (1898 p.), Волинський (у Житомирі, 1902 р.) та ін. Перший міський музей старожитностей був заснований у 1825 р. в Одесі.
Більшу частину його експонатів становили визначні твори мистецтва, які подарували музею міські колекціонери. Нині практично в кожній області функціонують обласні краєзнавчі музеї. Багато пам'яток матеріальної і духовної культури свого краю зосереджено у Тернопільському краєзнавчому музеї, Кіровоградському краєзнавчому музеї, Івано-Франківському краєзнавчому музеї.
Краєзнавчі музеї - це найчисельніша група серед музеїв нашої країни. До провідних музеїв цього профілю належать: Полтавський краєзнавчий музей, Закарпатський краєзнавчий музей, розташований у стародавньому замку Ужгорода; Білгород-Дністровський краєзнавчий музей, Кримський краєзнавчий музей у Сімферополі; Чернівецький, Житомирський та Одеський краєзнавчі музеї. Крім того, понад 7 тис. музейних закладів краєзнавчого типу працюють на громадських засадах. Пам'ятки музичної культури збирають, зберігають, експонують музичні музеї України. В Україні працюють: Будинок-музей М. В. Лисенка, Кабінет-музей В. С. Косенка (у Києві), Музично-меморіальний музей С. Людкевича у Львові, Музей П. І. Чайковського (Кам'янка Черкаської області), Меморіальна кімната-музей М. Д. Леонтовича (Турчин Вінницької області), Музей при Київському театрі опери і балету імені Т. Шевченка та ін.
Музеї природничо-історичного профілю. До цієї групи належать музеї, які збирають, зберігають, вивчають і експонують різноманітні природничі матеріали та відображають у своїх експозиціях найновіші досягнення природничих наук. Такі музеї тісно пов'язані з академічними, науково-дослідними інститутами і вищими навчальними закладами, діяльність їх має як наукові, так і навчальні цілі. Одним з найбільших природничо-історичних музеїв України є Центральний науково-природознавчий музей НАН України, відкритий у 1973 р. в Києві. Він складається з кількох музеїв: Геологічного, Ботанічного, Палеонтологічного, Зоологічного й Археологічного. Фонди музею величезні - кілька мільйонів експонатів. Музей проводить велику дослідницьку роботу, організовує багато наукових експедицій. Він дуже популярний серед численних відвідувачів.[www.tourlib.net.ua]
Львівський природознавчий музей - одна з найдавніших природничих установ України. Експонати для музею збирав з 1832 р. відомий орнітолог В. Дзєдушицький, відкрито музей для відвідування з 1860 р. Фонди налічують понад 500 тисяч одиниць. Основні напрями наукової роботи - вивчення видової різноманітності й екології окремих груп флори і фауни західних областей України; пропаганда природничих знань. У музеї зберігаються об'єкти природи світового значення, зокрема, колекції метеоритів, бурштину, тропічних жуків, метеликів.
Серед палеонтологічних експонатів - повний скелет і фрагменти органів мамонта, волохатий носоріг, колекції періодів силуру, девону, юри, крейди тощо. Зберігаються близько 250 примірників го-лотипів, за якими вперше описано нові виявлені види тварин і рослин. Гербарій музею налічує до 100 тис. аркушів з квітковими рослинами. Музей опублікував 20 випусків "Наукових записок", періодично видає "Каталог музейних фондів" тощо.
Особливими природничо-науковими музеями України є зоологічні музеї Київського і Харківського університетів, а також палеонтологічний музей Одеського університету (в ньому зібрані цінні викопні матеріали з Одеських катакомб - рештки кісток ссавців пізньопліоценового часу - понад 40 видів тварин: верблюдів, страусів, гієн, лисиць, шаблезубих тигрів, гризунів). У 1960 р. при Одеському палеонтологічному музеї було відкрито єдиний у колишньому СРСР підземний палеонтологічний заповідник. Для навчальних цілей у музеї створено прекрасну діораму "Розвиток життя на Землі", в 15 секціях якої за допомогою художніх картин показано еволюцію органічного світу нашої планети. Музей проводить велику науково-дослідну, навчальну й освітню роботу.[ 15 ]
Своєрідним природничим музеєм є Севастопольський акваріум Інституту біології південних морів, відкритий у 1897 р. У будь-яку пору року тут можна побачити 40 видів чорноморських тварин й екзотичну тропічну