Ракоці послідовно притримувалися антигабсбурзьких поглядів й запровадження у краї автрійських порядків. Союзни-ком у цьому протистоянні була Туреччина. Однак після перемоги Габсбургів над турками й витіснення їх з Угорщини під стіни Мукачівського замку у 1685 р. приступила численна австрійська армія під командуванням генералів Е.Каправа і З.Гайзлера. На той час господинею замку була мужня княгиня Ілона-Олена Зріні (донька хорватського князя Петра Зрини) з малолітнім сином Ференцом II Ракоці – майбутнім вождем Визвольної війни угорського народу 1703-1711 рр.

Запекла облога нездоланної карпатської твердині тривала сім місяців і завершилася повним тріумфом оборонців. В кінці квітня 1686 р. генерал Каправа зняв облогу замку й відступив. Ця подія стала свого роду сенсацією. Зворушений лицарською вдачею княгині турецький султан Магомет IV навіть надіслав їй вітальну грамоту-величання.

Безстрашна княгиня Олена (Ілона), в жилах якої текла кров поколінь легендарних володарів білих хорватів, яким до приходу угрів з приуральських степів належали всі землі від Далмації до Галичини, усвідомлювала, що боротьба за незалежність ще далека від завершення. За короткий проміжок весни-осені 1686 р. її воїнам вдалося прорвати блокаду залишених у краї австрійських загонів і поповнити Мукачівський замок новобранцями й значними запасами продовольства та зброї. Княгиня встигла з'їздити до Польщі й обміняти там всі свої коштовності на гроші для виплати заборгованої платні воїнам замкового гарнізону.

У 1687 р. австрійська армія під командуванням генерала графа А.Карафі розпочала нову облогу замку. Запекле протистояння тривало цілий рік, однак Ілона Зріні гордо відкидала вся пропозиції капітуляції. На початку 1688 р. Мукачівський замок залишився єдиною нескореною твердинею Трансільванії, що одним своїм існуванням страшенно дратувало самолюбство імператора Леопольда І Габсбурга. Тоді генерала Л.Карафі, збагнувши, що силою зброї карпатську твердиню не здобути, вдався до підступу. За його наказом було сфабриковано лист до Ілони Зріні і захисників замку від імені її чоловіка Імре Текелі зі зверненням про капітуляцію в ім'я порятунку його життя. Княгиня Ілона повірила в достовірність змісту послання й 15 січня 1688 р. підписала Акт про капітуляцію. Життя їй і її дітям таки зберегли, але дорогою ціною. Трансільванську княгиню було зіслано у застінки одного з віденських монастирів, а її дванадцятирічного сина віддано в закриту німецьку школу.

Лише завдяки активному дипломатичному тиску з боку Османської імперії у 1692 р. княгині Ілоні дозволили виїхати до свого чоловіка Імре Текелі в Стамбул, де вона й померла в 1703 р.

Після смерті матері, яка так і дочекалася побачити свій край незалежним від німецького панування, Ференц II Ракоці таємно повертається у Трансільванію й піднімає антигабсбургське повстання. Йому судилося перерости у героїчну Визвольну війну угорського народу 1703-1711 рр.

Тим часом австрійський уряд подбав про повну реконструкцію Мукачівського замку згідно з новою фортифікаційною концепцією бастіонних твердинь. Для цього високі фортечні стіни (у т.ч. й монументальна Стара башта-донжон) були напіврозібрані: – так вони мали б стати менш вразливими під час нищівних артилерійських канонад. “Ядро” оборони австрійці перенесли з Верхнього замку на вершині гори у систему новозбудованих бастіонів у її підніжжі. Внаслідок цієї реконструкції Мукачівський замок набув сучасного вигляду.

Австрійці якраз вчасно завершили реконструкцію. Прибулий у Трансільванію Ференц II Ракоці 24 червня 1703 р. зробив спробу повернути собі родове гніздо, у цьому намірі повсталих підтримав весь простий люд міста й долини. На допомогу австрійському гарнізону замку негайно були перекинуті; корпуси регулярної австрійської армії під командуванням генерала Монтекукколі. їм вдалося розбити “куруців”, жорстоко придушити виступ мукачівчан, спалити місто й відкинути Ф.Ракоці назад у Польщу.

Однак, бузувірства австрійців лише “підкинули хмизу у вогонь” визвольного руху. У лютому 1704 р. після запеклих чотиримісячних штурмів повстанці вдерлися у Мукачівську твердиню. У супроводі чималого загону запорожських козаків Ференц II Ракоці урочисто в'їхав у своє родове гніздо. (Участь українського козацтва – “зухвальців з Подолу й Запорожжя” – у тогочасних подіях відома завдяки секретному донесенню російського посла у Відні П.О.Голіцина цареві Петру І).

Ференц II Ракоці перетворив найлегендарнішу карпатську твердиню на опору у Визвольній антигабсбургській війні. Керувати черговою реконструкцією твердині князь доручив французькому генералові де Мюссе. (Союзна Франція активно допомагала войовничому князеві Трансільванії у боротьбі проти Австрійської монархії). Талановиті французькі військові інженери реконструювали третю лінію оборони й на останній четвертій терасі Замкової гори побудували зіркоподібне в плані укріплення вхідних воріт з панцерними редутами, оснащеними протипіхотними гарматами. Ззовні нижню оборонну лінію доповнював рів шириною 17,5 м і глибиною 6,5 м, заповнений водою, підведеною з р.Латориці.

Таким чином у 1704-1713 рр. Мукачеве стало столицею незалежної Трансільванської держави Ференца II Ракоці. У замку князь приймав послів російського царя Петра І, османського султана, гетьмана Івана Мазепи, сейму Речі Посполтиої тощо. У дворі замку функціонував монетний двір, що карбував мідні, срібні й золоті монети з гаслом Ф.Ракоці “Pro libertate” (“За волю”) та латинською абвіатурою “СМ” (розшифровується як “Castrum Munkacs”, тобто замок Мукачеве).

Десять років знадобилося вишколеним арміям Габсбургів на те, щоб розгромити 75-тисячне військо куруців й приборкати повстання угорського нагору. І знову у 1711 р. Мукачівський замок залишився останнім оплотом борців за волю рідного краю. Сили були надто нерівними, і після тривалих й нищівних артобстрілів знекровлений й морально зломлений гарнізон замку 24 червня 1711 р. капітулював.

За Сатмарським мирним договором 1711 р. Ференцу II Ракоці гарантувалася повна амністія і