Найбільшого спустошення монастир зазнав у 1240 р. під час взяття Києва монголо-татарськими полчищами хана Ба-тия. Вдруге монастир був сплюндрований у 1482 р. під час нападу на Київ кримсько-татарського хана Менглі-Прея.

Проте лавру кожного разу відбудовували відповідно до нових естетичних уподобань. Наприкінці XVII ст. почався останній етап кам'яного будівництва, який завершився у 1760-х рр. створенням унікального архітектурного ансамблю в стилі барокко. Майже в такому вигляді він і зберігся до нашого часу.

Ще з XII ст. монастирськими літописцями були описані житія Печерських Святих XI – XII ст. У XV ст. на основі цих житій склалася “Книга Святих Отців Печерських”, більше відома як “Патерик Печерський” – цінне джерело з історії, філософії й духовної культури України давньоруського

періоду.

З 1596 р. обитель очолює боротьбу проти насильницького покатоличення українського народу, розвиває активну і іросвітницьку діяльність.

У 1632 р. печерського архімандрита преп. Петра Могилу висвячено у сан митрополита Київського (зі збереженням лаврського настоятельства). Його подвижницькою працею в умовах жорсткої експансії католицизму й уніатства було зміцнено позиції українського православ'я. У Києві митрополит відкрив духовну школу, що згодом “виросла” у Києво-Могилянську академію – пеший університет України західноєвропейського взірця. У 1643 р. Петро Могила канонізував похованих у печерах чорноризців. їхні тіла були проголошені “святими мощами печерських угодників”. З цього часу печери лаври перетворюються на об'єкт масового релігійного паломництва. (Загалом у печерах знайдено 118 поховань, 49 з них домонгольского періоду). Того ж року печерська друкарня для всіх православних видає “Правило молебне до Преподобних Отців наших Печерських і усіх Святих, слава яких у Малій Русі просяяла, пе-ваємоє, коли і де хто ізволить”.

У 1627 р., зусиллями Петра Могили, з монастирської друкарні виходить перший український тлумачний словник “Лексикон славеноруський”, у 1635 р. – перше друковане видання “Патерика Печерського”. В подальші роки для контраргументації католицьким місіонерам (отцям домініканам, кармелітам, єзуїтам і ін.), які наводнили Україну, тут друкується польською мовою “Патерикон” та “Опис землі чудес, як у самому Печерському монастирі, так і в обох святих печерах” (“Тератургима”) з розповіддю про чини печерських монахів, чудеса, які творять їхні мощі у Ближніх і Далеких печерах та першими картами цих підземель. А в 1674 р. з монастирської друкарні виходить “Синопсис” – перший підручник української історії.

У 1688 р. Печерський монастир першим на теренах колишньої Русі набуває статусу Лаври. Київська митрополія Української православної церкви, підпорядкованої Константинопольському патріарху, у XVII ст. охоплювала територію сучасних Правобережної України, Білорусі й Литви (православні землі Речі Посполитої). У період національного відродження XVI – XVII ст. у лаврі творили видатні діячі української культури Єлисей Плетенецький, Памво Беринда, Захарія Копис-тенський, Іов Борецький, Петро Могила, Опанас Кальнофойський, Інокентій Гізель та інші.

У 1698-1701 рр. на кошти гетьмана Івана Мазепи навколо Верхньої Лаври було збудовано кам'яні фортечні мури, що відповідали усім вимогам тогочасного рівня військово-інженерного зодчества. Кам'яні стіни з бійницями замінили благенькі старижитні дерев'яні частоколи і цегляні стіни, закладені ще в давньоруські часи, що вже не давали надійного захисту під час ворожих навал. Загальна довжина оборонних стін сягала 1190 м, товщина – близько 3 м, висота – до 7 м. По периметру монастирського подвір'я вздовж усіх стін, на висоті трьох метрів від землі тягнувся поміст для стрільців у вигляді аркади, а над помостом у стіні – ряд стрільниць для стрільби з рушниць. Згодом ці масивні мури стали складовою частиною Печерської (Київської) фортеці, спорудженої в 1701-1723 рр. як опорний пункт російського царя Петра І у масштабній війні зі шведським королем Карлом XII. У ній тривалий час перебували київська адміністрація й міський гарнізон.

На кутах фортечних стін монастиря збереглося чотири башти: Св. Іоанна Кущника, Св. Онуфрія, Часова та Малярна. Над одними з шести воріт монастиря-фортеці – “Економічними” (виходять на Соборну площу) – гетьманом Іваном Мазепою у 1696-1698 рр. було збудовано п'ятиглаву Всіхсвятську церкву – перлину української архітектури стилю козацького барокко XVII ст. У заглибині північної стіни церкви викарбу-вано геральдичний щит її фундатора І.Мазепи.

З 1926 р. архітектурний комплекс лаври став державним історико-культурним заповідником, а монастир у 1928 р. закрито. З 1930 р. тут розміщені найбільші музеї Києва та України. З 1942 до 1961 рр. зусиллями архієпископа Давида Абашидзе діяльність монастиря було відновлено. (Д.Абашидзе відомий також тим, що під час його інспекційної перевірки Тифліської духовної семінарії з лав її спудеїв було виключено Й.Джугашвілі – майбутнього радянського вождя-антихриста Сталіна).

Комуністичні репресії і гоніння лаврського духовенства тривали аж до падіння радянського режиму. Тож лише з 1988 р. територія Дальніх, а з 1990 р. і Ближніх печер знову перейшла до діючого чоловічого монастиря Української православної церкви Московського патріархату, тут відкрито духовні семінарію й академію. Щодня о 6.00 та 9.00 у лаврі служиться ранкова літургія, а з 17.00 – вечірня служба. Відправляються літургії й акафісти і в підземних храмах лаври.

Територія заповідника площею 26 га міститься в південно-східній частині Києва. Вона має горбисту поверхню з двома плато і кількома терасами. На верхньому плато розташовані пам'ятки давньоруської культури, а також унікальні споруди XVII – XVIII ст. Це так звана Верхня лавра. її територію оточують фортечні мури з чотирма