Одна з основних проблем методики ППФП витікає з необхідності забезпечити адекватне і систематичне моделювання вимог, що пред'являються професійною діяльністю до функціональних можливостей організму, з поступовим перевищенням рівня цих вимог. Тут є своя суперечність. Ясно, що цілком точно і повно відтворити ці вимоги можна лише шляхом виконання трудових дій в режимі і умовах, характерних для професійної праці, але якщо сама по собі вона пред'являє порівняно невисокі по інтенсивності і вузькі вимоги до фізичної дієздатності (що, як вже наголошувалося, характерно для багатьох видів сучасної професійної праці), то точне моделювання їх у процесі ППФП не дозволить забезпечити необхідну дієвість модельних вправ як чинників збільшення функціональних можливостей. Саме тому моделювання вимог професійної діяльності при побудові ППФП виправдане постільки, поскільки воно забезпечує ефективність використовуваних засобів підготовки, і повинно відбуватися з певними варіаціями, сприяючими не тільки адаптації до професійної праці, але й збільшенню його результативності.

Принципове модельне відтворення в процесі ППФП тих або інших вимог професійної діяльності має тим більше значення, чим вище рівень мобілізації рухових і інших можливостей організму, необхідних для її результативного здійснення. Якщо ці вимоги вельми високі (як, наприклад, в екстремальних умовах професійної діяльності військовослужбовців, пожежників, водолазів, випробувачів авіаційної техніки), то спочатку їх доводиться моделювати з обмеженнями, а потім поступово збільшувати навантаження в модельно-тренувальних вправах, аж до перевищення рівня аналогічних професійних навантажень, щоб створити свого роду запас міцності ним. У таких випадках найбільш ефективним засобом збільшення функціональних резервів організму, що мобілізуються в екстремальних умовах професійної діяльності, можуть служити заняття відповідним професійно-прикладним видом спорту, організовані у формі систематичного тренування і участі в змаганнях. Вибіркове ж моделювання окремих вимог професійної діяльності в процесі ППФП досягається переважно засобами професійно-прикладної гімнастики, зокрема вправами на спеціалізованих тренажерах (наприклад, на тренажерах типу центрифуг і допінгів в ППФП льотчиків, монтажників-висотників і працівників інших спеціальностей, що пред'являють високі вимоги до функцій вестибулярного апарату) [23].

Хоча ступінь інтенсивності фізичних зусиль в більшості сучасних видів професійної діяльності порівняно невисокий і стабільний, в методиці побудови ППФП слід керуватися принципом поступового приросту тренувальних навантажень, причому в тій мірі, в якій це потрібно не тільки для підготовки до конкретних професійно-трудових навантажень, але і для загального підйому рівня функціональних можливостей організму, зміцнення і збереження здоров'я. Тут так само, як і у фізичному вихованні в цілому, зрозуміло, не може бути якихось універсальних кількісних норм приросту навантажень, однаково придатних у всіх випадках, оскільки межі доцільного збільшення і динаміка їх залежать від багатьох змінних обставин, зокрема від сумарного об'єму навантажень і режиму занять фізичними вправами, що реально складається, в індивідуальному способі життя (наприклад, одні паралельно з ППФП приділяють масу часу і сил поглибленим заняттям тим або іншим видом спорту, а у інших основні заняття фізичними вправами обмежуються переважно або виключно рамками ППФП).

У загальному вигляді система занять по ППФП при їх організації в офіційному порядку регламентується уніфікованими програмами, що розробляються зазвичай для груп споріднених професій або окремих професій. Основними формами занять при цьому служать, як правило, урочні форми, що мають типову у фізичному вихованні структуру, яка варіюється залежно від особливостей змісту і умов побудови занять.

Нерідко, особливо в рамках обов'язкового курсу фізичного виховання в спеціальних учбових закладах, урочні заняття, що включають матеріал ППФП, є комбінованими. Професійно-прикладні вправи в них виконуються разом з вправами, використовуваними як засоби загальної фізичної підготовки, що, окрім іншого, обумовлено дефіцитом учбового часу. У таких випадках раціональне компонування різних доданків заняття визначається за правилами побудови комплексного уроку. При великій трудомісткості вирішуваних задач з формування складних професійно-прикладних рухових навичок або виборчої масованої дії на розвиток професійно важливих фізичних здібностей переважно не тільки окремі заняття, але і серії їх будувати як однопредметні – сконцентровані в основній частині переважно на реалізації однієї з таких задач. Співвідношення однопредметних і комбінованих занять з курсу фізичного виховання, що включає матеріал ППФП, залежить багато в чому від загального бюджету часу, що виділяється на курс в цілому, і складності вирішуваних задач. Чим більше час і чим складніше за завдання, тим частіше слід практикувати однопредметні заняття; якщо ж бюджет часу малий, доцільно за однакових інших умов більшу частину занять робити комбінованою [24].

Як одна з ефективних форм організації і інтенсифікації занять з ППФП практикують змагання в професійно-прикладних вправах. Форми змагань занять найширше представлені, природно, у разі поглибленої спеціалізації у вибраному професійно-прикладному виді спорту. Система занять при цьому набуває характеру спеціалізованого спортивного тренування і регулярної участі в змаганнях, що висуває особливу проблему раціонального збалансування спортивної, професійно-освітньої, і трудової діяльності. Для спортсменів, які не переходять у сферу спорту вищих досягнень, пріоритетними повинні бути, звичайно, не власно-спортивні інтереси.

Важливу роль у здійсненні ППФП можуть грати і не зведені до спортивних самодіяльні фізкультурні заняття, що включають професійно-прикладні вправи разом з іншими засобами фізичного самовиховання в режимі повсякденного побуту і подовженого активного відпочинку (зокрема, у формі щоденної індивідуальної зарядки, фізкультурно-кондиційного тренування, туристських походів). Зрозуміло, що фактичний внесок